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- PDB-2w8r: The crystal structure of human SSADH in complex with NAD+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2w8r
タイトルThe crystal structure of human SSADH in complex with NAD+
要素SUCCINATE-SEMIALDEHYDE DEHYDROGENASE, MITOCHONDRIAL
キーワードOXIDOREDUCTASE / MITOCHONDRION / TRANSIT PEPTIDE / SSA / NAD / GABA / SSADH / POLYMORPHISM / MITOCHONDRIA / DISEASE MUTATION
機能・相同性
機能・相同性情報


Degradation of GABA / succinate-semialdehyde dehydrogenase (NAD+) / succinate-semialdehyde dehydrogenase (NAD+) activity / succinate metabolic process / gamma-aminobutyric acid catabolic process / glutamate metabolic process / synaptic transmission, GABAergic / post-embryonic development / central nervous system development / mitochondrial matrix ...Degradation of GABA / succinate-semialdehyde dehydrogenase (NAD+) / succinate-semialdehyde dehydrogenase (NAD+) activity / succinate metabolic process / gamma-aminobutyric acid catabolic process / glutamate metabolic process / synaptic transmission, GABAergic / post-embryonic development / central nervous system development / mitochondrial matrix / synapse / mitochondrion / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Succinate semialdehyde dehydrogenase / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain ...Succinate semialdehyde dehydrogenase / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Succinate-semialdehyde dehydrogenase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Kim, Y.-G. / Kim, K.-J.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2009
タイトル: Redox-Switch Modulation of Human Ssadh by Dynamic Catalytic Loop.
著者: Kim, Y.-G. / Lee, S. / Kwon, O.-S. / Park, S.-Y. / Lee, S.-J. / Park, B.-J. / Kim, K.-J.
履歴
登録2009年1月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月7日Group: Derived calculations / Non-polymer description ...Derived calculations / Non-polymer description / Other / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SUCCINATE-SEMIALDEHYDE DEHYDROGENASE, MITOCHONDRIAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,83114
ポリマ－52,2591
非ポリマー1,57213
水86548
1
A: SUCCINATE-SEMIALDEHYDE DEHYDROGENASE, MITOCHONDRIAL
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)645,967168
ポリマ－627,10312
非ポリマー18,864156
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation28_544x,-y-1/2,-z-1/21
crystal symmetry operation10_555-y,z,-x1
crystal symmetry operation83_545y+1/2,-z-1/2,-x1
crystal symmetry operation7_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation54_554z+1/2,-x,-y-1/21
crystal symmetry operation32_544-z,x-1/2,-y-1/21
crystal symmetry operation77_545z+1/2,x-1/2,y1
crystal symmetry operation36_544-y,-z-1/2,x-1/21
crystal symmetry operation57_554y+1/2,z,x-1/21
crystal symmetry operation51_554-x+1/2,y,-z-1/21
crystal symmetry operation74_545-x+1/2,-y-1/2,z1
Buried area58880 Å2
ΔGint-260.3 kcal/mol
Surface area242320 Å2
手法PQS
2
A: SUCCINATE-SEMIALDEHYDE DEHYDROGENASE, MITOCHONDRIAL
ヘテロ分子

A: SUCCINATE-SEMIALDEHYDE DEHYDROGENASE, MITOCHONDRIAL
ヘテロ分子

A: SUCCINATE-SEMIALDEHYDE DEHYDROGENASE, MITOCHONDRIAL
ヘテロ分子

A: SUCCINATE-SEMIALDEHYDE DEHYDROGENASE, MITOCHONDRIAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,32256
ポリマ－209,0344
非ポリマー6,28852
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation18_555-x,z,y1
crystal symmetry operation28_544x,-y-1/2,-z-1/21
crystal symmetry operation43_544-x,-z-1/2,-y-1/21
Buried area21430 Å2
ΔGint-90.2 kcal/mol
Surface area78970 Å2
手法PQS
3
A: SUCCINATE-SEMIALDEHYDE DEHYDROGENASE, MITOCHONDRIAL
ヘテロ分子

A: SUCCINATE-SEMIALDEHYDE DEHYDROGENASE, MITOCHONDRIAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,66128
ポリマ－104,5172
非ポリマー3,14426
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation28_544x,-y-1/2,-z-1/21
Buried area6300 Å2
ΔGint-37.2 kcal/mol
Surface area43900 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)265.925, 265.925, 265.925
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number209
Space group name H-MF432

-
要素

#1: タンパク質 SUCCINATE-SEMIALDEHYDE DEHYDROGENASE, MITOCHONDRIAL / SUCCINIC SEMIALDEHYDE DEHYDROGENASE / NAD(+)-DEPENDENT SUCCINIC SEMIALDEHYDE DEHYDROGENASE / ...SUCCINIC SEMIALDEHYDE DEHYDROGENASE / NAD(+)-DEPENDENT SUCCINIC SEMIALDEHYDE DEHYDROGENASE / ALDEHYDE DEHYDROGENASE FAMILY 5 MEMBER A1


分子量: 52258.586 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 49-535 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PQE30 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15(PREP4)
参照: UniProt: P51649, succinate-semialdehyde dehydrogenase (NAD+)
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 340 TO ALA

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.4 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.25 / 詳細: pH 7.25

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 6C1 / 波長: 1.2398
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2398 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 32022 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル最高解像度: 2.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 90.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→30 Å / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 1541 4.8 %RANDOM
Rwork0.226 ---
obs0.226 31077 97 %-
溶媒の処理Bsol: 24.78 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3656 0 89 48 3793
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.23
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4GOL.PAR
X-RAY DIFFRACTION5ADP.PAR

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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