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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2w68 | |||||||||
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タイトル | ENHANCING THE RECEPTOR AFFINITY OF THE SIALIC ACID-BINDING DOMAIN OF VIBRIO CHOLERAE SIALIDASE THROUGH MULTIVALENCY | |||||||||
![]() | SIALIDASE | |||||||||
![]() | HYDROLASE / CBM / CALCIUM / SECRETED / GLYCOSIDASE / SIALIC ACID / CARBOHYDRATE-BINDING-DOMAIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() sialic acid binding / exo-alpha-sialidase activity / ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / intracellular membrane-bounded organelle / extracellular region ...sialic acid binding / exo-alpha-sialidase activity / ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / intracellular membrane-bounded organelle / extracellular region / membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Connaris, H. / Crocker, P.R. / Taylor, G.L. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Enhancing the Receptor Affinity of the Sialic Acid-Binding Domain of Vibrio Cholerae Sialidase Through Multivalency 著者: Connaris, H. / Crocker, P.R. / Taylor, G.L. | |||||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 128.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 100.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21102.248 Da / 分子数: 3 / 断片: CBM40 DOMAIN, RESIDUES 25-216 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 多糖 | #3: 化合物 | ChemComp-CA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.31 % / 解説: NONE |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 37806 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.57 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 89 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.24 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→28.88 Å
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拘束条件 |
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