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- PDB-2w61: Saccharomyces cerevisiae Gas2p apostructure (E176Q mutant) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2w61
タイトルSaccharomyces cerevisiae Gas2p apostructure (E176Q mutant)
要素GLYCOLIPID-ANCHORED SURFACE PROTEIN 2
キーワードGLYCOPROTEIN / CELL MEMBRANE / FUNGAL CELL WALL / TRANSGLYCOSYLATION / GLUCAN / MEMBRANE / GPI-ANCHOR / LIPOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


1,3-beta-glucanosyltransferase activity / fungal-type cell wall (1->3)-beta-D-glucan biosynthetic process / fungal-type cell wall beta-glucan biosynthetic process / ascospore wall assembly / fungal-type cell wall organization / fungal-type cell wall / fungal-type vacuole / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / side of membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1040 / Glucanosyltransferase / Glucanosyltransferase / X8 domain / X8 domain / Possibly involved in carbohydrate binding / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1040 / Glucanosyltransferase / Glucanosyltransferase / X8 domain / X8 domain / Possibly involved in carbohydrate binding / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,3-beta-glucanosyltransferase GAS2
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Schuettelkopf, A.W. / Hurtado-Guerrero, R. / van Aalten, D.M.F.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Molecular Mechanisms of Yeast Cell Wall Glucan Remodeling.
著者: Hurtado-Guerrero, R. / Schuttelkopf, A.W. / Mouyna, I. / Ibrahim, A.F.M. / Shepherd, S. / Fontaine, T. / Latge, J. / Van Aalten, D.M.F.
履歴
登録2008年12月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLYCOLIPID-ANCHORED SURFACE PROTEIN 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,4251
ポリマ－62,4251
非ポリマー00
水12,196677
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)51.883, 64.479, 152.038
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 GLYCOLIPID-ANCHORED SURFACE PROTEIN 2 / GAS2P


分子量: 62425.016 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
株: W303 / プラスミド: PPICZALPHA-BASED / 発現宿主: PICHIA PASTORIS (菌類) / 株 (発現宿主): X33
参照: UniProt: Q06135, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 677 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 176 TO GLN
Has protein modificationY
配列の詳細E176Q POINT MUTANT, MISSING RESIDUES WERE NOT MODELLED DUE TO LACKING ELECTRON DENSITY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 100 MM SODIUM ACETATE PH 4.5; 5% ACETONE; 20% 1,4-BUTANEDIOL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→20 Å / Num. obs: 64209 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル解像度: 1.62→1.68 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 4.12 / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: DERIVATIVE MODEL, NOT DEPOSITED

解像度: 1.62→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 3.089 / SU ML: 0.057 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 969 1.5 %RANDOM
Rwork0.175 ---
obs0.176 63183 98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.75 Å20 Å20 Å2
2---0.13 Å20 Å2
3---0.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.62→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3732 0 0 677 4409
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0223861
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2781.9585239
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7255479
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.71424.684190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.56515643
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8461517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2552
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022994
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.21788
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.22686
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1370.2497
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1740.269
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1330.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8721.52423
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.26423809
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.00531651
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9294.51424
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.62→1.66 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.321 62
Rwork0.229 4303
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 4.1889 Å / Origin y: 24.6283 Å / Origin z: 19.3914 Å
111213212223313233
T-0.1556 Å20.0188 Å20.0153 Å2--0.1422 Å2-0.0032 Å2---0.1589 Å2
L0.6007 °20.2524 °20.0684 °2-0.8017 °20.1306 °2--0.5752 °2
S-0.0035 Å °0.0067 Å °0.0004 Å °-0.0488 Å °0.0143 Å °-0.0284 Å °0.0469 Å °0.0016 Å °-0.0107 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A27 - 64
2X-RAY DIFFRACTION1A71 - 359
3X-RAY DIFFRACTION1A364 - 506

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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