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- PDB-2w36: Structures of endonuclease V with DNA reveal initiation of deamin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2w36
タイトルStructures of endonuclease V with DNA reveal initiation of deaminated adenine repair
要素
  • 5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*TP*GP*TP*AP*GP*CP)-3'
  • 5'-D(*GP*CP*BRUP*AP*CP*IP*GP*AP*BRUP*CP*GP)-3'
  • ENDONUCLEASE V
キーワードHYDROLASE / HYPOXANTHINE / ENDONUCLEASE / ENDONUCLEASEV / INOSINE / DNA DAMAGE / DNA REPAIR
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxyribonuclease V / deoxyribonuclease V activity / RNA endonuclease activity producing 5'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / single-stranded RNA binding / DNA repair / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Endonuclease V / Endonuclease V / archaeoglobus fulgidus dsm 4304 fold / archaeoglobus fulgidus dsm 4304 superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Endonuclease V
類似検索 - 構成要素
生物種THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Dalhus, B. / Arvai, A.S. / Rosnes, I. / Olsen, O.E. / Backe, P.H. / Alseth, I. / Gao, H. / Cao, W. / Tainer, J.A. / Bjoras, M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structures of Endonuclease V with DNA Reveal Initiation of Deaminated Adenine Repair.
著者: Dalhus, B. / Arvai, A.S. / Rosnes, I. / Olsen, O.E. / Backe, P.H. / Alseth, I. / Gao, H. / Cao, W. / Tainer, J.A. / Bjoras, M.
履歴
登録2008年11月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年12月25日Group: Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn ...pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / struct_conn
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENDONUCLEASE V
B: ENDONUCLEASE V
C: 5'-D(*GP*CP*BRUP*AP*CP*IP*GP*AP*BRUP*CP*GP)-3'
D: 5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*TP*GP*TP*AP*GP*CP)-3'
E: 5'-D(*GP*CP*BRUP*AP*CP*IP*GP*AP*BRUP*CP*GP)-3'
F: 5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*TP*GP*TP*AP*GP*CP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,8606
ポリマ－64,8606
非ポリマー00
水3,981221
1
A: ENDONUCLEASE V
C: 5'-D(*GP*CP*BRUP*AP*CP*IP*GP*AP*BRUP*CP*GP)-3'
D: 5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*TP*GP*TP*AP*GP*CP)-3'

A: ENDONUCLEASE V
C: 5'-D(*GP*CP*BRUP*AP*CP*IP*GP*AP*BRUP*CP*GP)-3'
D: 5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*TP*GP*TP*AP*GP*CP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,8606
ポリマ－64,8606
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
Buried area6280 Å2
ΔGint-1.9 kcal/mol
Surface area26670 Å2
手法PQS
2
B: ENDONUCLEASE V
E: 5'-D(*GP*CP*BRUP*AP*CP*IP*GP*AP*BRUP*CP*GP)-3'
F: 5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*TP*GP*TP*AP*GP*CP)-3'

B: ENDONUCLEASE V
E: 5'-D(*GP*CP*BRUP*AP*CP*IP*GP*AP*BRUP*CP*GP)-3'
F: 5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*TP*GP*TP*AP*GP*CP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,8606
ポリマ－64,8606
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_675-x+1,-y+2,z1
Buried area6530 Å2
ΔGint-2.6 kcal/mol
Surface area26610 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)51.979, 132.239, 191.616
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2035-

HOH

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要素

#1: タンパク質 ENDONUCLEASE V / DEOXYINOSINE 3'ENDONUCLEASE / DEOXYRIBONUCLEASE V / DNASE V


分子量: 25591.932 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア)
プラスミド: PET28B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: Q9X2H9, deoxyribonuclease V
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*BRUP*AP*CP*IP*GP*AP*BRUP*CP*GP)-3'


分子量: 3488.936 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*TP*GP*TP*AP*GP*CP)-3'


分子量: 3349.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 43 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ASP 43 TO ALA
配列の詳細ASP 43 ALA MUTATION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.16 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 0.9117
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9117 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 32087 / % possible obs: 87.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 69
反射 シェル解像度: 2.1→2.19 Å / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / % possible all: 62

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.1→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 3197 8.2 %RANDOM
Rwork0.217 ---
obs0.217 32087 82 %-
溶媒の処理Bsol: 41 Å2 / ksol: 0.29 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 58.1 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3574 648 0 221 4443
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 189 10 %
Rwork0.338 1882 -
obs--54 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2INOSIN.PARAMINOSIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION55BU.PARAM5BU.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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