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- PDB-2w1a: Non-covalent complex between dahp synthase and chorismate mutase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2w1a
タイトルNon-covalent complex between dahp synthase and chorismate mutase from Mycobacterium tuberculosis with bound tsa
要素
  • 3-DEOXY-D-ARABINO-HEPTULOSONATE 7-PHOSPHATE SYNTHASE AROG
  • CHORISMATE MUTASE
キーワードTRANSFERASE/ISOMERASE / TRANSFERASE-ISOMERASE COMPLEX / AROMATIC AMINO ACID BIOSYNTHESIS / MULTI-ENZYME COMPLEX / PROTEIN-PROTEIN INTERACTIONS / SHIKIMATE PATHWAY
機能・相同性
機能・相同性情報


aromatic amino acid family biosynthetic process, prephenate pathway / salicylic acid biosynthetic process / chorismate metabolic process / chorismate mutase / chorismate mutase activity / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / Chorismate via Shikimate Pathway / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process ...aromatic amino acid family biosynthetic process, prephenate pathway / salicylic acid biosynthetic process / chorismate metabolic process / chorismate mutase / chorismate mutase activity / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / Chorismate via Shikimate Pathway / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / peptidoglycan-based cell wall / protein homooligomerization / manganese ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Chorismate mutase, high GC Gram-positive bacteria/archaeal / DAHP synthetase, class II / Class-II DAHP synthetase family / Chorismate mutase / Chorismate Mutase Domain, subunit A / Chorismate mutase domain superfamily / Chorismate mutase II, prokaryotic-type / Chorismate mutase type II / Chorismate mutase domain profile. / Chorismate mutase type II ...Chorismate mutase, high GC Gram-positive bacteria/archaeal / DAHP synthetase, class II / Class-II DAHP synthetase family / Chorismate mutase / Chorismate Mutase Domain, subunit A / Chorismate mutase domain superfamily / Chorismate mutase II, prokaryotic-type / Chorismate mutase type II / Chorismate mutase domain profile. / Chorismate mutase type II / Chorismate mutase type II superfamily / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
O-DODECANYL OCTAETHYLENE GLYCOL / : / Chem-TSA / Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase AroG / Intracellular chorismate mutase / Intracellular chorismate mutase
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Okvist, M. / Sasso, S. / Roderer, K. / Gamper, M. / Codoni, G. / Krengel, U. / Kast, P.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2009
タイトル: Structure and Function of a Complex between Chorismate Mutase and Dahp Synthase: Efficiency Boost for the Junior Partner.
著者: Sasso, S. / Okvist, M. / Roderer, K. / Gamper, M. / Codoni, G. / Krengel, U. / Kast, P.
履歴
登録2008年10月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月11日Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-DEOXY-D-ARABINO-HEPTULOSONATE 7-PHOSPHATE SYNTHASE AROG
B: 3-DEOXY-D-ARABINO-HEPTULOSONATE 7-PHOSPHATE SYNTHASE AROG
C: CHORISMATE MUTASE
D: CHORISMATE MUTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,86216
ポリマ－123,9994
非ポリマー1,86412
水3,855214
1
A: 3-DEOXY-D-ARABINO-HEPTULOSONATE 7-PHOSPHATE SYNTHASE AROG
B: 3-DEOXY-D-ARABINO-HEPTULOSONATE 7-PHOSPHATE SYNTHASE AROG
C: CHORISMATE MUTASE
D: CHORISMATE MUTASE
ヘテロ分子

A: 3-DEOXY-D-ARABINO-HEPTULOSONATE 7-PHOSPHATE SYNTHASE AROG
B: 3-DEOXY-D-ARABINO-HEPTULOSONATE 7-PHOSPHATE SYNTHASE AROG
C: CHORISMATE MUTASE
D: CHORISMATE MUTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)251,72532
ポリマ－247,9978
非ポリマー3,72724
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area30260 Å2
ΔGint-188.3 kcal/mol
Surface area90070 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)205.910, 205.910, 67.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2036-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.467531, -0.838453, -0.28002), (-0.843062, -0.518186, 0.143978), (-0.265821, 0.16876, -0.949136)103.35, 180.584, -0.915
2given(0.464172, -0.845132, -0.265133), (-0.844764, -0.512395, 0.154358), (-0.266306, 0.152326, -0.951776)104.038, 180.17, 0.084

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 3-DEOXY-D-ARABINO-HEPTULOSONATE 7-PHOSPHATE SYNTHASE AROG / DAHP SYNTHETASE / PHENYLALANINE-REPRESSIBLE


分子量: 51891.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
株: H37RV / プラスミド: PKTDS-HN / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): KA13
参照: UniProt: O53512, 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase
#2: タンパク質 CHORISMATE MUTASE / RV0948C/MT0975


分子量: 10107.812 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 16-105 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
株: H37RV / プラスミド: PKTCMM-H / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): KA13
参照: UniProt: P64767, UniProt: P9WIC1*PLUS, chorismate mutase

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非ポリマー , 7種, 226分子

#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-CE1 / O-DODECANYL OCTAETHYLENE GLYCOL / THESIT / オクタエチレングリコ-ルモノドデシルエ-テル


分子量: 538.755 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H58O9
#6: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物 ChemComp-TSA / 8-HYDROXY-2-OXA-BICYCLO[3.3.1]NON-6-ENE-3,5-DICARBOXYLIC ACID / (1R,5S)-2-オキサ-8β-ヒドロキシビシクロ[3.3.1]ノナ-6-エン-3α,5-ジカルボン酸


分子量: 228.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12O6
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細N-TERMINALLY HIS-TAGGED MTDS (472 RESIDUES)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.8 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.9 / 詳細: 0.9M AMMONIUM SULFATE, 0.1M TRIS PH 7.9, 5% PEG400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→40.86 Å / Num. obs: 67275 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 3.62 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 9.85
反射 シェル解像度: 2.35→2.48 Å / 冗長度: 3.25 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 95.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.35→39.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 11.149 / SU ML: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.242 / ESU R Free: 0.2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22918 3394 5 %RANDOM
Rwork0.19057 ---
obs0.19252 63874 98.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.102 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å2-0.05 Å20 Å2
2---0.1 Å20 Å2
3---0.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→39.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8127 0 105 214 8446
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0218372
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025739
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1571.9811346
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9193.00113868
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.60751049
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.60323.024377
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.282151381
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8151587
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.21287
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.029313
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021661
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1820.21643
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1880.25939
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.160.23986
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.24284
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1330.2241
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.030.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0920.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2190.285
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1220.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.82225753
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.12922134
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.25738435
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.58343294
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.28652911
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 213 -
Rwork0.24 4383 -
obs--91.37 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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