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- PDB-2w0n: Plasticity of PAS domain and potential role for signal transducti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2w0n
タイトルPlasticity of PAS domain and potential role for signal transduction in the histidine-kinase DcuS
要素SENSOR PROTEIN DCUS
キーワードTRANSFERASE / SIGNAL TRANSDUCTION / TWO-COMPONENT REGULATORY SYSTEM / PAS / DCUS / KINASE / MEMBRANE / SOLID STATE NMR / CELL INNER MEMBRANE / CELL MEMBRANE / TRANSMEMBRANE / PHOSPHOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


protein histidine kinase complex / protein histidine kinase activity / histidine kinase / phosphorelay signal transduction system / phosphorelay sensor kinase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / regulation of DNA-templated transcription / signal transduction / ATP binding / identical protein binding ...protein histidine kinase complex / protein histidine kinase activity / histidine kinase / phosphorelay signal transduction system / phosphorelay sensor kinase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / regulation of DNA-templated transcription / signal transduction / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
SpoOB, alpha-helical domain / Sensor_kinase_SpoOB-type, alpha-helical domain / Single cache domain 3 / Single cache domain 3 / Signal transduction histidine kinase, sporulation regulator SpoOB / Periplasmic sensor-like domain superfamily / PAS domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. ...SpoOB, alpha-helical domain / Sensor_kinase_SpoOB-type, alpha-helical domain / Single cache domain 3 / Single cache domain 3 / Signal transduction histidine kinase, sporulation regulator SpoOB / Periplasmic sensor-like domain superfamily / PAS domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Beta-Lactamase / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain / Histidine kinase-like ATPases / PAS domain superfamily / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sensor histidine kinase DcuS
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法個体NMR
データ登録者Etzkorn, M. / Kneuper, H. / Duennwald, P. / Vijayan, V. / Kraemer, J. / Griesinger, C. / Becker, S. / Unden, G. / Baldus, M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Plasticity of the Pas Domain and a Potential Role for Signal Transduction in the Histidine Kinase Dcus.
著者: Etzkorn, M. / Kneuper, H. / Duennwald, P. / Vijayan, V. / Kraemer, J. / Griesinger, C. / Becker, S. / Unden, G. / Baldus, M.
履歴
登録2008年8月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月24日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Other / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SENSOR PROTEIN DCUS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2841
ポリマ－13,2841
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 SENSOR PROTEIN DCUS


分子量: 13283.904 Da / 分子数: 1 / 断片: DCUS-PASC, RESIDUES 211-325 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PMW309 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AEC8, histidine kinase
配列の詳細THE THREE N TERMINAL RESIDUES G,H,M ARE INSERTED AND NOT PART OF THE NATIVE SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR

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解析

NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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