PDB-2vzz: Crystal structure of Rv0802c from Mycobacterium tuberculosis in C...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vzz

タイトル

Crystal structure of Rv0802c from Mycobacterium tuberculosis in Complex with Succinyl-CoA

要素

RV0802C

キーワード

TRANSFERASE / GCN5-RELATED N-ACETYLTRANSFERASE / MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS / RV0802C / SUCCINYLTRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

: / 転移酵素; 硫黄を含む基を移すもの; CoA転移酵素 / 転移酵素; 硫黄を含む基を移すもの; スルフルトランスキナーゼ類 / protein N-terminal-serine acetyltransferase activity / succinyl-CoA metabolic process / protein-N-terminal-alanine acetyltransferase activity / protein-lysine-acetyltransferase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Errey, J.C. / Blanchard, J.S.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2008
タイトル: Rv0802C from Mycobacterium Tuberculosis: The First Structure of a Succinyltransferase with the Gnat Fold.
著者: Vetting, M.W. / Errey, J.C. / Blanchard, J.S.

履歴

登録	2008年8月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年4月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2vzz.cif.gz	191 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2vzz.ent.gz	154.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vzz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2vzz_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2vzz_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	2vzz_validation.xml.gz	37 KB	表示
CIF形式データ	2vzz_validation.cif.gz	51.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/2vzz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/2vzz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2vzySC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2vzy-d 6fc4-d 5wb3-1 5w9g-2 5dbs-2 5ohu-d 5wfz-2 5vpt-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (3) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (3)

登録構造単位

A: RV0802C

B: RV0802C

C: RV0802C

D: RV0802C

ヘテロ分子

104 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	113.165, 135.172, 164.077
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	RV0802C 分子量: 25015.283 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌) 株: H37RV / プラスミド: PET23B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3(ROSETTA2) / 参照: UniProt: O06632, UniProt: P9WQG7*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SCA / SUCCINYL-COENZYME A / スクシニルCoA 分子量: 867.607 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₄₀N₇O₁₉P₃S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 413 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 詳細: PROTEIN AT 8 MG/ML IN 20 MM TEA PH 8.5, 100 MM AMMONIUM SULFATE, 1 MM EDTA, 1 MM DTT, 2 MM COA, 4 MM SUCCOA CRYSTALLIZED IN 1 M LICL, 100 MM HEPES PH 7.0. CRYOPROTECTED IN PRECIPITANT ...詳細: PROTEIN AT 8 MG/ML IN 20 MM TEA PH 8.5, 100 MM AMMONIUM SULFATE, 1 MM EDTA, 1 MM DTT, 2 MM COA, 4 MM SUCCOA CRYSTALLIZED IN 1 M LICL, 100 MM HEPES PH 7.0. CRYOPROTECTED IN PRECIPITANT SOLUTION PLUS 20 MM SUCCOA AND 20% GLYCEROL

結晶

マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: NONE

結晶化

pH: 7
詳細: PROTEIN AT 8 MG/ML IN 20 MM TEA PH 8.5, 100 MM AMMONIUM SULFATE, 1 MM EDTA, 1 MM DTT, 2 MM COA, 4 MM SUCCOA CRYSTALLIZED IN 1 M LICL, 100 MM HEPES PH 7.0. CRYOPROTECTED IN PRECIPITANT ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年3月16日 / 詳細: OSMIC BLUE CONFOCAL
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→104 Å / Num. obs: 53759 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15.3
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 92.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VZY

2vzy

解像度: 2.3→104.26 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 10.138 / SU ML: 0.136 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.236 / ESU R Free: 0.201 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.222	2730	5.1 %	RANDOM
R_work	0.169	-	-	-
obs	0.172	51029	95.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.81 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.33 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→104.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6763	0	220	413	7396

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	7179
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.684	1.979	9778
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.914	5	836
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.199	21.957	368
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.568	15	1112
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.542	15	96
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	1044
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	5596
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	3033
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.304	0.2	4804
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	483
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.188	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.155	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.779	1.5	4291
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.321	2	6734
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.247	3	3305
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.623	4.5	3044
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.288	209	-
R_work	0.198	3573	-
obs	-	-	91.62 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6265	-0.2685	-0.1391	0.26	0.061	0.5565	-0.0131	0.0423	-0.0078	0.0355	0.04	0.0158	0.0389	0.0568	-0.0268	0.0075	0.0019	-0.001	0.0412	-0.0027	0.0201	32.3265	37.8622	-0.7157
2	0.5772	-0.402	0.0034	0.2842	0.0277	0.2131	-0.0241	0.0286	-0.0546	0.0328	0.0646	-0.0173	-0.0898	-0.0019	-0.0404	0.0548	-0.0114	-0.0032	0.0083	0.0065	0.0261	26.7015	49.2006	1.3593
3	0.5666	0.4135	0.9479	1.2738	0.6766	2.228	-0.0306	0.0145	0.0572	0.0445	-0.0184	0.0892	-0.1909	-0.1136	0.049	0.0517	0.0367	0.0156	-0.0242	0.0045	0.0255	17.4832	54.2593	-2.2192
4	6.3765	-1.541	-3.2727	1.4759	1.2718	3.8868	0.019	-0.3395	0.1567	0.059	0.1083	-0.2101	-0.3366	0.4278	-0.1273	0.0311	-0.0781	-0.0255	-0.0593	-0.0362	0.0119	39.1085	54.6771	5.1446
5	0.5542	-0.0134	0.0157	0.5403	0.3308	1.5763	0.08	0.1212	-0.0816	0.0271	-0.0008	-0.1077	-0.3036	-0.1088	-0.0792	0.0823	0.0648	0.004	-0.0145	-0.0004	-0.0015	20.8659	56.5659	-37.5864
6	0.7151	0.1791	-0.6628	2.6931	-2.0685	4.0165	0.1469	0.0908	-0.0275	0.0733	-0.1954	-0.0916	-0.1651	-0.105	0.0485	0.0422	0.0729	-0.0215	0.0157	-0.038	-0.0037	13.058	52.6344	-30.474
7	0.994	0.3988	-0.7642	1.167	-0.6838	2.2206	0.0888	0.0997	-0.0196	-0.0495	-0.0821	-0.0789	-0.3052	-0.3676	-0.0068	0.0993	0.1379	-0.0023	0.0179	-0.0215	-0.0072	9.9292	60.3867	-29.8126
8	1.2974	0.0479	-0.0968	0.3689	-0.0313	1.7233	0.1394	-0.0756	0.0287	0.0338	-0.1626	0.0404	-0.3705	-0.366	0.0232	0.0525	0.0989	0.0002	-0.009	0.0023	-0.0259	10.3553	59.3817	-22.7146
9	0.0376	-0.1067	0.0858	0.4718	0.116	0.9565	-0.0192	-0.1325	-0.0422	0.1104	0.0071	-0.0156	0.1419	0.2021	0.0121	-0.0027	0.0478	-0.0085	0.1084	-0.0062	0.0087	49.3742	25.1508	-6.3017
10	3.5182	-1.5954	-4.0112	3.5364	0.3742	6.957	0.3185	0.1493	0.3157	-0.2808	-0.218	-0.2373	-0.4001	1.0244	-0.1006	-0.1191	-0.0617	0.003	0.3561	0.0013	-0.0412	58.9259	39.8459	-19.4498
11	0.4739	0.0376	-0.2553	0.3582	0.1711	1.1706	-0.0077	-0.0015	-0.0341	0.0326	0.0176	0.031	0.1293	0.1671	-0.0099	-0.0146	0.0441	-0.0082	0.0874	-0.0151	-0.0026	50.7056	24.5578	-18.8713
12	0.4746	0.0399	-0.2354	1.4398	-0.3997	1.9347	-0.0875	0.039	-0.0455	-0.0792	0.0407	-0.0383	0.3844	0.2258	0.0468	-0.0343	0.0767	-0.0374	0.0327	-0.0483	0.0079	50.6207	18.9035	-25.2284
13	0.3127	-0.0775	0.0781	0.6029	0.1625	0.9672	0.0273	0.0024	-0.0074	0.0007	0.0084	0.0185	-0.0252	-0.0915	-0.0357	0.0145	0.0209	-0.0069	0.0175	-0.0216	0.0248	26.6807	37.932	-47.2564
14	0.675	-0.1162	0.3125	0.6615	-0.1361	0.7519	0.0337	0.0379	0.0284	0.0002	-0.0203	-0.0103	0.0315	0.0791	-0.0134	0.0151	0.0214	0.0016	0.0355	-0.0323	0.0147	38.5239	34.2702	-50.153
15	1.3093	0.0802	-0.4095	1.3899	-0.4982	1.3274	0.0414	-0.0151	-0.0594	-0.0432	-0.083	-0.0955	0.2145	0.1275	0.0416	-0.0011	0.0291	-0.0183	0.0394	-0.0448	-0.0086	43.4593	23.4441	-43.2917
16	1.9874	-1.4678	-0.8425	3.7799	0.6382	2.8172	0.1001	0.1505	0.2703	-0.221	-0.002	-0.2576	-0.1987	0.3846	-0.0982	-0.0492	-0.0932	0.0326	0.0506	-0.0029	0.0008	45.9737	42.7435	-55.6117

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 88
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	89 - 156
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	157 - 192
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	193 - 211
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	2 - 76
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	77 - 108
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	109 - 146
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	147 - 211
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	2 - 35
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	36 - 56
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	57 - 162
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	163 - 211
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	2 - 75
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	76 - 159
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	160 - 187
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	188 - 211

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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