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- PDB-2vza: Type IV secretion system effector protein BepA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vza
タイトルType IV secretion system effector protein BepA
要素CELL FILAMENTATION PROTEIN
キーワードCELL ADHESION / T4SS / OB FOLD / FIC DOMAIN / SUBSTRATE PROTEIN / PROTEIN TRANSLOCATION
機能・相同性
機能・相同性情報


AMPylase activity / protein adenylylation / protein adenylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / regulation of cell division / extracellular region / ATP binding
類似検索 - 分子機能
BepA, intracellular delivery domain / Intracellular delivery domain / Fido-like domain / Fic-like fold / Fido-like domain superfamily / Fic/DOC family / Fido domain / Fido domain profile. / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) ...BepA, intracellular delivery domain / Intracellular delivery domain / Fido-like domain / Fic-like fold / Fido-like domain superfamily / Fic/DOC family / Fido domain / Fido domain profile. / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein adenylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種BARTONELLA HENSELAE (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Meury, M. / Schirmer, T.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2011
タイトル: Fic Domain Catalyzed Adenylylation: Insight Provided by the Structural Analysis of the Type Iv Secretion System Effector Bepa.
著者: Palanivelu, D.V. / Goepfert, A. / Meury, M. / Guye, P. / Dehio, C. / Schirmer, T.
履歴
登録2008年7月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22011年10月26日Group: Database references / Other
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CELL FILAMENTATION PROTEIN
B: CELL FILAMENTATION PROTEIN
C: CELL FILAMENTATION PROTEIN
D: CELL FILAMENTATION PROTEIN
E: CELL FILAMENTATION PROTEIN
F: CELL FILAMENTATION PROTEIN
G: CELL FILAMENTATION PROTEIN
H: CELL FILAMENTATION PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)273,04518
ポリマ－272,0858
非ポリマー96110
水00
1
A: CELL FILAMENTATION PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1072
ポリマ－34,0111
非ポリマー961
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: CELL FILAMENTATION PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2033
ポリマ－34,0111
非ポリマー1922
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: CELL FILAMENTATION PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1072
ポリマ－34,0111
非ポリマー961
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: CELL FILAMENTATION PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1072
ポリマ－34,0111
非ポリマー961
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
5
E: CELL FILAMENTATION PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1072
ポリマ－34,0111
非ポリマー961
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
6
F: CELL FILAMENTATION PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2033
ポリマ－34,0111
非ポリマー1922
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
7
G: CELL FILAMENTATION PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1072
ポリマ－34,0111
非ポリマー961
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
8
H: CELL FILAMENTATION PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1072
ポリマ－34,0111
非ポリマー961
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)229.902, 229.902, 308.994
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H
12A
22B
32C
42D
52E
62F
72G
82H
13A
23B
33C
43D
53E
63F
73G
83H
14A
24B
34C
44D
54E
64F
74G
84H

NCSドメイン領域:

Refine code: 1

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111THRTHRPROPROAA11 - 163 - 8
211THRTHRPROPROBB11 - 163 - 8
311THRTHRPROPROCC11 - 163 - 8
411THRTHRPROPRODD11 - 163 - 8
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611THRTHRPROPROFF11 - 163 - 8
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811THRTHRPROPROHH11 - 163 - 8
121HISHISASNASNAA18 - 3710 - 29
221HISHISASNASNBB18 - 3710 - 29
321HISHISASNASNCC18 - 3710 - 29
421HISHISASNASNDD18 - 3710 - 29
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721HISHISASNASNGG18 - 3710 - 29
821HISHISASNASNHH18 - 3710 - 29
131LEULEULYSLYSAA75 - 10567 - 97
231LEULEULYSLYSBB75 - 10567 - 97
331LEULEULYSLYSCC75 - 10567 - 97
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631LEULEULYSLYSFF75 - 10567 - 97
731LEULEULYSLYSGG75 - 10567 - 97
831LEULEULYSLYSHH75 - 10567 - 97
112ALAALAGLNGLNAA38 - 7430 - 66
212ALAALAGLNGLNBB38 - 7430 - 66
312ALAALAGLNGLNCC38 - 7430 - 66
412ALAALAGLNGLNDD38 - 7430 - 66
512ALAALAGLNGLNEE38 - 7430 - 66
612ALAALAGLNGLNFF38 - 7430 - 66
712ALAALAGLNGLNGG38 - 7430 - 66
812ALAALAGLNGLNHH38 - 7430 - 66
113ALAALAPROPROAA112 - 160104 - 152
213ALAALAPROPROBB112 - 160104 - 152
313ALAALAPROPROCC112 - 160104 - 152
413ALAALAPROPRODD112 - 160104 - 152
513ALAALAPROPROEE112 - 160104 - 152
613ALAALAPROPROFF112 - 160104 - 152
713ALAALAPROPROGG112 - 160104 - 152
813ALAALAPROPROHH112 - 160104 - 152
123PHEPHEGLYGLYAA161 - 166153 - 158
223PHEPHEGLYGLYBB161 - 166153 - 158
323PHEPHEGLYGLYCC161 - 166153 - 158
423PHEPHEGLYGLYDD161 - 166153 - 158
523PHEPHEGLYGLYEE161 - 166153 - 158
623PHEPHEGLYGLYFF161 - 166153 - 158
723PHEPHEGLYGLYGG161 - 166153 - 158
823PHEPHEGLYGLYHH161 - 166153 - 158
133THRTHRHISHISAA168 - 182160 - 174
233THRTHRHISHISBB168 - 182160 - 174
333THRTHRHISHISCC168 - 182160 - 174
433THRTHRHISHISDD168 - 182160 - 174
533THRTHRHISHISEE168 - 182160 - 174
633THRTHRHISHISFF168 - 182160 - 174
733THRTHRHISHISGG168 - 182160 - 174
833THRTHRHISHISHH168 - 182160 - 174
143GLNGLNMETMETAA183 - 233175 - 225
243GLNGLNMETMETBB183 - 233175 - 225
343GLNGLNMETMETCC183 - 233175 - 225
443GLNGLNMETMETDD183 - 233175 - 225
543GLNGLNMETMETEE183 - 233175 - 225
643GLNGLNMETMETFF183 - 233175 - 225
743GLNGLNMETMETGG183 - 233175 - 225
843GLNGLNMETMETHH183 - 233175 - 225
114VALVALVALVALAA240 - 247232 - 239
214VALVALVALVALBB240 - 247232 - 239
314VALVALVALVALCC240 - 247232 - 239
414VALVALVALVALDD240 - 247232 - 239
514VALVALVALVALEE240 - 247232 - 239
614VALVALVALVALFF240 - 247232 - 239
714VALVALVALVALGG240 - 247232 - 239
814VALVALVALVALHH240 - 247232 - 239
124ALAALAHISHISAA248 - 306240 - 298
224ALAALAHISHISBB248 - 306240 - 298
324ALAALAHISHISCC248 - 306240 - 298
424ALAALAHISHISDD248 - 306240 - 298
524ALAALAHISHISEE248 - 306240 - 298
624ALAALAHISHISFF248 - 306240 - 298
724ALAALAHISHISGG248 - 306240 - 298
824ALAALAHISHISHH248 - 306240 - 298

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.992557, 0.117928, 0.030391), (0.118415, -0.992854, -0.014775), (0.028432, 0.018264, -0.999429)-9.287, 133.6263, 127.9978
2given(0.188564, -0.899338, 0.394506), (-0.07614, -0.413892, -0.907136), (0.979105, 0.141015, -0.14652)29.9693, 177.3464, 60.7275
3given(-0.382974, -0.527779, -0.758143), (-0.855425, -0.107166, 0.506719), (-0.348683, 0.842594, -0.410433)107.0033, 11.6916, 46.1396
4given(-0.433856, -0.535946, -0.724245), (-0.825809, -0.0849, 0.557523), (-0.360291, 0.839973, -0.405755)102.3143, 7.3174, -32.6353
5given(-0.475725, -0.496042, -0.726381), (0.804219, 0.089183, -0.587605), (0.356257, -0.863707, 0.356499)93.7869, 129.9321, 89.1448
6given(0.536022, 0.368222, -0.759666), (0.728413, -0.656591, 0.19571), (-0.426725, -0.658256, -0.620166)54.0723, 124.9574, 76.8873
7given(0.893915, -0.29754, 0.33524), (0.170868, 0.917633, 0.358822), (-0.414391, -0.263475, 0.871126)49.5209, 19.6665, -63.02
8given(0.430365, 0.516969, 0.739969), (-0.468906, -0.572424, 0.672631), (0.771305, -0.636453, -0.003941)-108.2985, 35.0402, 85.6203
9given(-0.661802, -0.187728, 0.72578), (0.43061, -0.88769, 0.16303), (0.613672, 0.420433, 0.668332)-59.0241, 114.0452, -38.248
10given(0.047474, -0.995898, 0.077008), (-0.78411, -0.084927, -0.614799), (0.618803, -0.031212, -0.784917)63.8723, 116.2178, 149.058
11given(-0.000795, -0.999415, 0.034157), (-0.768033, -0.021276, -0.640071), (0.64041, -0.026758, -0.767558)65.799, 115.5365, 69.8431
12given(-0.011463, -0.998076, -0.060951), (0.788112, -0.046522, 0.613783), (-0.615424, -0.040984, 0.787119)66.4337, 25.1714, -16.7258
13given(0.951711, -0.210971, 0.223031), (-0.211934, 0.074071, 0.974472), (-0.222104, -0.974681, 0.025759)2.6308, -7.278, 37.3313
14given(0.032279, 0.40756, 0.912617), (0.445432, 0.811525, -0.37815), (-0.894733, 0.418713, -0.155352)-62.4614, 100.1076, -11.8853
15given(0.998856, 0.036647, -0.030712), (0.036538, -0.999324, -0.004087), (-0.030841, 0.00296, -0.99952)1.4753, 133.3349, 129.015
16given(0.236282, -0.907146, 0.34822), (-0.148819, -0.387924, -0.909598), (0.960221, 0.1631, -0.22666)32.2195, 175.4079, 66.1615
17given(-0.388821, -0.614238, -0.68668), (-0.837997, -0.073941, 0.540641), (-0.382856, 0.785649, -0.48598)104.9416, 7.4133, 56.4789
18given(-0.41591, -0.629445, -0.656367), (-0.840175, -0.010259, 0.542219), (-0.348031, 0.776977, -0.524577)101.0774, 3.7226, -16.5922
19given(-0.479438, -0.593995, -0.645994), (0.794426, 0.018993, -0.607064), (0.372863, -0.804244, 0.462779)91.0253, 132.5449, 74.6117
20given(0.489207, 0.206401, -0.847393), (0.711408, -0.656507, 0.250795), (-0.504555, -0.725532, -0.468003)67.7663, 116.4881, 66.2752
21given(0.913462, -0.325948, 0.243608), (0.278317, 0.937177, 0.210331), (-0.296861, -0.124329, 0.946793)50.6918, 36.6986, -71.0233

-
要素

#1: タンパク質
CELL FILAMENTATION PROTEIN / BEPA PROTEIN / BEPA


分子量: 34010.574 Da / 分子数: 8 / 断片: RESIDUES 10-303 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-TERMINAL (HIS)6-TAG
由来: (組換発現) BARTONELLA HENSELAE (バクテリア)
プラスミド: PRUN / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: Q6G2A9
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
非ポリマーの詳細SULPHATES 310 OF CHAINS A TO H ARE BOUND TO THE PUTATIVE ACTIVE SITE AT THE N-TERMINUS OF ALPHA- ...SULPHATES 310 OF CHAINS A TO H ARE BOUND TO THE PUTATIVE ACTIVE SITE AT THE N-TERMINUS OF ALPHA-HELIX 5 OF EACH CHAIN. THEY OCCUPY TWO ALTERNATIVE, MUTUALLY EXCLUSIVE POSITIONS. AN OCCUPANCY OF 0.5 IS ASSIGNED TO EACH POSITION. SULPHATE B 311 MEDIATES CRYSTAL CONTACT BETWEEN CHAINS A AND B SULPHATE F 311 MEDIATES CRYSTAL CONTACT BETWEEN CHAINS E AND F

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.94 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.25
詳細: 30 MG/ML PROTEIN IN 20 MM TRIS_HCL (PH 8.0), 500 MM NACL AND 2 MM BETA-MERCAPTOETHANOL MIXED WITH 1.5 M AMMONIUM SULFATE, 10 MM TRIS-HCL (PH 8.25) AND 0.1 M LITHIUM SULFATE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.0001
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→83.62 Å / Num. obs: 55048 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.91 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 5.34
反射 シェル解像度: 3.05→3.21 Å / 冗長度: 1.84 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 1.61 / % possible all: 75.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VY3

2vy3


解像度: 3.05→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / SU B: 53.121 / SU ML: 0.424 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.517 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 2796 5.1 %RANDOM
Rwork0.244 ---
obs0.246 52197 92.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 60.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.27 Å20.13 Å20 Å2
2--0.27 Å20 Å2
3----0.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.05→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19008 0 50 0 19058
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02118285
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0212029
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0171.94524769
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.821329200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.19852290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.77124.75880
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.492152882
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.731566
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.22657
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0220700
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023692
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2230.24464
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1670.211897
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.180.29133
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.29200
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1420.2383
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2320.286
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2350.2137
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1580.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2281.514600
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.277218122
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.44837919
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.7094.56647
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A775tight positional0.070.05
12B775tight positional0.070.05
13C775tight positional0.070.05
14D775tight positional0.070.05
15E775tight positional0.080.05
16F775tight positional0.060.05
17G775tight positional0.070.05
18H775tight positional0.060.05
21A501tight positional0.050.05
22B501tight positional0.050.05
23C501tight positional0.060.05
24D501tight positional0.050.05
25E501tight positional0.050.05
26F501tight positional0.050.05
27G501tight positional0.060.05
28H501tight positional0.050.05
31A1525tight positional0.060.05
32B1525tight positional0.060.05
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34D1525tight positional0.070.05
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37G1525tight positional0.070.05
38H1525tight positional0.050.05
41A803tight positional0.050.05
42B803tight positional0.060.05
43C803tight positional0.040.05
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47G803tight positional0.050.05
48H803tight positional0.040.05
11A775tight thermal0.10.5
12B775tight thermal0.090.5
13C775tight thermal0.10.5
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22B501tight thermal0.090.5
23C501tight thermal0.090.5
24D501tight thermal0.070.5
25E501tight thermal0.080.5
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28H501tight thermal0.060.5
31A1525tight thermal0.090.5
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36F1525tight thermal0.080.5
37G1525tight thermal0.10.5
38H1525tight thermal0.070.5
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44D803tight thermal0.070.5
45E803tight thermal0.060.5
46F803tight thermal0.090.5
47G803tight thermal0.070.5
48H803tight thermal0.060.5
LS精密化 シェル解像度: 3.05→3.13 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.367 147
Rwork0.36 2677
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.57410.5396-1.42766.33371.3716.91130.0729-0.2053-0.34810.4171-0.5021-0.7350.45840.43530.4291-0.4625-0.1278-0.0436-0.6012-0.0433-0.005520.87680.50279.464
25.30440.0706-5.67537.6518-2.00836.56030.3886-0.176-0.1815-0.425-0.5608-0.2682-0.0786-0.00650.1722-0.4217-0.0593-0.0644-0.6847-0.1083-0.134517.62687.12775.452
33.42390.33642.50018.0755-4.21698.85230.3184-0.21230.65881.02-0.31411.5277-0.227-0.7988-0.0042-0.178-0.32180.1579-0.2247-0.3296-0.0492-0.67279.04784.641
42.68354.1937-0.021110.1681-2.34432.52110.777-0.1089-0.20340.9296-0.9168-0.52090.16560.31260.13980.0057-0.33530.0511-0.3201-0.0465-0.32067.42464.28383.78
55.60817.24840.877413.892.81265.27510.6636-0.1515-0.86240.2465-0.4449-1.29780.30250.1467-0.2187-0.0195-0.2864-0.051-0.42820.0534-0.28173.21643.92183.292
65.9311-0.27390.76024.99182.49538.69490.44470.33490.3238-0.2702-0.2735-0.9692-0.6580.8538-0.1712-0.30750.06610.1518-0.51450.05410.048623.36854.99250.643
76.19680.14741.966411.1059-1.87033.97910.2088-0.00110.26770.29010.0354-0.4517-0.3392-0.3452-0.2442-0.18590.07640.1304-0.4409-0.0083-0.229720.7848.16554.656
83.941-1.6148-1.77766.8485-1.85014.23350.64210.5028-0.6994-0.7985-0.49830.95770.0978-0.9199-0.1438-0.14160.30420.0151-0.0818-0.1155-0.15962.01254.04944.793
92.3355-4.4455-1.290610.39240.43672.82640.79490.23110.3658-0.6264-0.657-0.8189-0.8408-0.109-0.1380.07070.36240.1057-0.12860.1775-0.32118.89169.37945.428
106.4894-5.85070.58216.09223.64888.27760.4401-0.21781.8313-0.6283-0.8905-1.421-0.5210.06970.45040.25260.63380.1323-0.18020.2463-0.12813.73689.14645.584
116.0537-3.55111.90869.442-0.47987.8565-0.3173-0.61890.47590.3599-0.00690.2941-0.2105-1.20860.3242-0.5697-0.1869-0.0947-0.231-0.2502-0.34284.062107.26383.076
126.8203-1.41872.51124.2482-5.41736.9857-0.2299-0.19660.6774-0.1968-0.1543-0.45070.0859-0.6140.3842-0.587-0.093-0.0832-0.5617-0.1835-0.153611.518106.75278.916
139.6781-4.32132.42785.85951.40447.0597-0.33680.41671.7641-0.7699-0.4113-0.8084-0.8279-0.45250.7481-0.29040.1269-0.0427-0.11670.0907-0.0734-2.094115.04463.161
149.7548-0.98033.68892.00421.05514.3957-0.1308-1.6627-0.12990.3636-0.1250.2041-0.0778-1.81310.2557-0.3650.2211-0.04490.6434-0.0587-0.3111-13.821106.85772.053
1517.3892-3.62032.430712.6312-8.276113.1327-0.0417-3.5992-2.05741.73830.12460.4373-0.8844-0.5432-0.0829-0.12040.01660.06471.45070.3581-0.1474-32.80498.94470.165
165.21322.2670.402411.4081-2.23086.6917-0.11560.8303-0.3889-0.26930.47270.98080.5771-0.4772-0.357-0.41170.19420.1535-0.3175-0.177-0.20669.12526.96947.081
172.34110.2462-0.99190.7617-1.85894.60430.14620.0905-0.20710.4119-0.31760.059-0.108-0.27080.1714-0.32670.08150.0352-0.4612-0.1479-0.20415.18430.32553.76
1812.89315.5674-0.66365.60060.31584.96060.2785-1.019-1.52130.2957-0.522-0.6060.33320.21290.2435-0.038-0.01720.0089-0.31210.0828-0.12212.74121.16767.042
198.4789-0.1617-2.75811.9521-0.93791.7407-0.25211.02730.0567-0.79920.29990.0990.0947-0.7826-0.0477-0.1413-0.2811-0.020.00280.0292-0.2366-8.95726.94356.788
2012.37660.3144-2.57910.5511-0.39748.17940.05912.05341.6657-0.12410.16160.4965-1.1797-0.6464-0.2206-0.2034-0.1001-0.1120.37820.37740.0005-28.15634.18256.933
216.0162-1.1107-2.18774.65240.1416.5489-0.4045-0.2045-0.26750.190.0434-0.67760.31560.16520.3612-0.39870.1357-0.1358-0.3337-0.2551-0.04920.50780.9111.355
228.17333.5578-2.59415.9976-0.86940.8385-0.1908-0.17060.2621-0.23860.1085-0.35280.03970.06080.0824-0.30590.1345-0.1485-0.4249-0.2361-0.143917.64987.67-2.576
235.28121.6359-0.12758.864-5.94377.9413-0.2765-0.68440.36550.79210.51240.7908-0.4247-0.6068-0.236-0.28080.2478-0.0082-0.0051-0.1034-0.3072-1.23980.8276.647
242.01132.52091.04157.8206-2.35243.4101-0.3299-0.4377-0.5047-0.25780.3593-0.66661.0504-0.18-0.02940.01750.12190.14160.08060.0063-0.20555.88665.5676.201
252.34250.25990.870711.2680.527210.6014-0.723-0.697-1.1555-1.01450.5266-1.04170.77510.70410.19640.5405-0.07720.328-0.11150.27570.22390.46745.496.496
265.71191.01053.80227.03312.7226.8412-0.2360.01970.17990.2379-0.05650.0039-0.00790.5380.2925-0.43580.10140.0953-0.3269-0.2202-0.084420.21957.148-28.49
274.04420.20184.004410.1062-2.51164.69310.0626-0.2581-0.15091.1314-0.28730.83280.18590.0150.2246-0.07750.05270.1951-0.3787-0.1716-0.088517.00150.296-24.781
284.50382.65750.93398.8766-2.52546.70040.0189-0.5107-0.1963-0.0828-0.03381.79220.6439-0.73420.0148-0.34930.03730.0654-0.1977-0.51080.4806-1.26757.673-34.914
291.4666-3.3807-0.885810.32450.04272.46830.17160.108-0.19790.2034-0.38860.25880.05730.38930.2169-0.29960.0554-0.0073-0.171-0.2401-0.06795.72172.805-33.054
307.6973-4.27120.11729.69392.45838.25120.06920.21560.5027-0.1976-0.1107-0.4134-0.3973-0.08330.0414-0.3560.12250.0368-0.3999-0.1394-0.20270.21292.668-31.824
316.3359-1.00221.94937.9488-3.57937.58-0.162-0.3746-0.13190.42610.50180.6342-0.5059-0.1693-0.3398-0.5087-0.0506-0.154-0.4801-0.2174-0.35724.497107.8495.482
322.1022-0.83411.74611.2707-2.24444.0122-0.22970.2710.1236-0.00590.4209-0.2510.23060.3171-0.1912-0.52570.0188-0.1341-0.2317-0.154-0.181510.884105.46-1.051
3313.613-4.35862.3845.62961.43495.79920.13950.93511.3409-0.6897-0.2679-0.4994-0.6260.26270.1284-0.34630.0089-0.045-0.33240.0387-0.281-2.009114.177-14.271
347.5725-0.24023.2911.43230.18124.8637-0.1563-1.0033-0.18170.60830.0351-0.13390.1495-0.93470.1211-0.4590.152-0.0223-0.0609-0.0079-0.3188-13.67107.079-4.755
3514.89382.77323.45188.02121.40788.99460.0898-2.2048-1.67030.2184-0.14570.4290.9171-1.58930.0559-0.5809-0.07950.05590.67930.2379-0.1963-32.61498.834-6.234
367.1141.8745-2.080810.3018-1.87525.3361-0.17940.1533-0.30910.12850.17670.95510.5442-0.18530.0027-0.1970.1430.2517-0.3412-0.1245-0.25424.09530.216-32.875
374.2902-1.5460.4872.2318-3.12285.2426-0.2538-0.3073-0.41590.96560.20720.31510.2033-0.17750.0467-0.03630.08590.129-0.3315-0.0365-0.121311.3730.732-28.547
386.02221.99461.38168.6226-0.89077.3462-0.3474-0.8592-1.3180.32120.1316-0.24140.62280.15740.21580.41620.11640.4277-0.08790.1260.1288-2.20722.221-12.826
399.46871.7307-0.20031.07250.73431.1632-0.35120.0039-0.2407-0.0953-0.0860.53490.0037-0.69910.43720.4181-0.01470.53430.0436-0.00030.1877-14.15930.305-21.575
409.54144.99011.531510.7572-0.19335.2166-0.62840.05320.4162-0.98920.8835-0.3416-0.545-0.0824-0.25510.24160.11820.40770.2765-0.0443-0.0089-33.36837.781-19.483
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A11 - 74
2X-RAY DIFFRACTION2A75 - 109
3X-RAY DIFFRACTION3A110 - 160
4X-RAY DIFFRACTION4A161 - 247
5X-RAY DIFFRACTION5A248 - 302
6X-RAY DIFFRACTION6B11 - 74
7X-RAY DIFFRACTION7B75 - 109
8X-RAY DIFFRACTION8B110 - 160
9X-RAY DIFFRACTION9B161 - 247
10X-RAY DIFFRACTION10B248 - 302
11X-RAY DIFFRACTION11C11 - 74
12X-RAY DIFFRACTION12C75 - 109
13X-RAY DIFFRACTION13C110 - 160
14X-RAY DIFFRACTION14C161 - 247
15X-RAY DIFFRACTION15C248 - 302
16X-RAY DIFFRACTION16D11 - 74
17X-RAY DIFFRACTION17D75 - 109
18X-RAY DIFFRACTION18D110 - 160
19X-RAY DIFFRACTION19D161 - 247
20X-RAY DIFFRACTION20D248 - 302
21X-RAY DIFFRACTION21E11 - 74
22X-RAY DIFFRACTION22E75 - 109
23X-RAY DIFFRACTION23E110 - 160
24X-RAY DIFFRACTION24E161 - 247
25X-RAY DIFFRACTION25E248 - 302
26X-RAY DIFFRACTION26F11 - 74
27X-RAY DIFFRACTION27F75 - 109
28X-RAY DIFFRACTION28F110 - 160
29X-RAY DIFFRACTION29F161 - 247
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38X-RAY DIFFRACTION38H110 - 160
39X-RAY DIFFRACTION39H161 - 247
40X-RAY DIFFRACTION40H248 - 302

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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