PDB-2vy5: U11-48K CHHC Zn-finger protein domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vy5

タイトル

U11-48K CHHC Zn-finger protein domain

要素

U11/U12 SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN 48 KDA PROTEIN

キーワード

SPLICING / MRNA PROCESSING / ALTERNATIVE SPLICING / TRANSCRIPTION / NUCLEUS / SPLICEOSOME / POLYMORPHISM / MRNA SPLICING

機能・相同性

機能・相同性情報

U12-type spliceosomal complex / mRNA Splicing - Minor Pathway / RNA splicing / mRNA processing / nucleoplasm / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model type details

MINIMIZED AVERAGE

データ登録者

Tidow, H. / Andreeva, A. / Rutherford, T.J. / Fersht, A.R.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Solution structure of the U11-48K CHHC zinc-finger domain that specifically binds the 5' splice site of U12-type introns.
著者: Tidow, H. / Andreeva, A. / Rutherford, T.J. / Fersht, A.R.

履歴

登録	2008年7月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年2月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年4月18日	Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.3	2018年5月9日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_nmr_spectrometer Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.4	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2vy5.cif.gz	22.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2vy5.ent.gz	12.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vy5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2vy5_validation.pdf.gz	326.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2vy5_full_validation.pdf.gz	326.6 KB	表示
XML形式データ	2vy5_validation.xml.gz	2.4 KB	表示
CIF形式データ	2vy5_validation.cif.gz	2.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vy/2vy5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vy/2vy5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2vy4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2vy4-d 2ruv-d 1m36-d 1ff7-d 2elv-d 1bhi-d 6px7-d 5aaz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (2) #87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1)

PDBのページ

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (2)
#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (1)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: U11/U12 SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN 48 KDA PROTEIN

ヘテロ分子

4.25 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	1 / 25	LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデル

#1: タンパク質・ペプチド	U11/U12 SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN 48 KDA PROTEIN / U11/U12 SNRNP 48 KDA PROTEIN / U11/U12-48K / U11-48K CHHC ZN-FINGER 分子量: 4187.892 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 53-87 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q6IEG0
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

#1: タンパク質・ペプチド

U11/U12 SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN 48 KDA PROTEIN / U11/U12 SNRNP 48 KDA PROTEIN / U11/U12-48K / U11-48K CHHC ZN-FINGER

分子量: 4187.892 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 53-87 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q6IEG0

#2: 化合物

ChemComp-ZN / ZINC ION

分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	COSY
1	3	1	TOCSY
1	4	1	HN(CA)CB
1	5	1	CBCA

NMR実験の詳細

Text: ASSIGNMENT USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY

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試料調製

詳細	内容: 25MM PHOSPHATE, PH7.2, 150MM NACL, 5MM DTT, 5%D2O
試料状態	イオン強度: 213 mM / pH: 7.2 / 圧: 1.0 atm / 温度: 298.0 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
CNS	BRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS, GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES,PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN	精密化
CNS		構造決定

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: DETAILS CAN BE FOUND IN CITATION ABOVE

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 25 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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