PDB-2vy3: Type IV secretion system effector protein BepA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vy3

タイトル

Type IV secretion system effector protein BepA

要素

CELL FILAMENTATION PROTEIN

キーワード

CELL ADHESION / T4SS / OB FOLD / FIC DOMAIN / SUBSTRATE PROTEIN / PROTEIN TRANSLOCATION

機能・相同性

機能・相同性情報

AMPylase activity / protein adenylylation / protein adenylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / regulation of cell division / extracellular region / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

BARTONELLA HENSELAE (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Palanivelu, D.V. / Schirmer, T.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2011
タイトル: Fic Domain Catalyzed Adenylylation: Insight Provided by the Structural Analysis of the Type Iv Secretion System Effector Bepa.
著者: Palanivelu, D.V. / Goepfert, A. / Meury, M. / Guye, P. / Dehio, C. / Schirmer, T.

履歴

登録	2008年7月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年11月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2011年11月9日	Group: Database references
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2vy3.cif.gz	128.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2vy3.ent.gz	101.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vy3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2vy3_validation.pdf.gz	439.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2vy3_full_validation.pdf.gz	448.3 KB	表示
XML形式データ	2vy3_validation.xml.gz	25.2 KB	表示
CIF形式データ	2vy3_validation.cif.gz	32.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vy/2vy3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vy/2vy3	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2jk8C 2vzaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4hn2-d 4cc6-d 3t9e-d 4q4d-d 3t9b-d 3t9a-d 4dq5-d 5fpr-d 2vza-1 2vza-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CELL FILAMENTATION PROTEIN

B: CELL FILAMENTATION PROTEIN

ヘテロ分子

70 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CELL FILAMENTATION PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35 kDa, 1 ポリマー
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2

B: CELL FILAMENTATION PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	73.336, 84.610, 126.680
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B
1	3	A
2	3	B

NCSドメイン領域:

Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ILE	ILE	PRO	PRO	A	A	13 - 22	13 - 22
2	1	1	ILE	ILE	PRO	PRO	B	B	13 - 22	13 - 22
1	2	1	THR	THR	ILE	ILE	A	A	26 - 33	26 - 33
2	2	1	THR	THR	ILE	ILE	B	B	26 - 33	26 - 33
1	3	1	LEU	LEU	SER	SER	A	A	36 - 58	36 - 58
2	3	1	LEU	LEU	SER	SER	B	B	36 - 58	36 - 58
1	4	1	TYR	TYR	ALA	ALA	A	A	62 - 100	62 - 100
2	4	1	TYR	TYR	ALA	ALA	B	B	62 - 100	62 - 100
1	5	1	NI	NI	NI	NI	A	C	501
2	5	1	NI	NI	NI	NI	B	F	501
1	7	1	NI	NI	NI	NI	A	D	502
2	7	1	NI	NI	NI	NI	B	G	502
1	1	2	ARG	ARG	GLU	GLU	A	A	125 - 142	125 - 142
2	1	2	ARG	ARG	GLU	GLU	B	B	125 - 142	125 - 142
1	2	2	PHE	PHE	LEU	LEU	A	A	144 - 155	144 - 155
2	2	2	PHE	PHE	LEU	LEU	B	B	144 - 155	144 - 155
1	3	2	PRO	PRO	GLU	GLU	A	A	160 - 174	160 - 174
2	3	2	PRO	PRO	GLU	GLU	B	B	160 - 174	160 - 174
1	4	2	LEU	LEU	ARG	ARG	A	A	176 - 238	176 - 238
2	4	2	LEU	LEU	ARG	ARG	B	B	176 - 238	176 - 238
1	1	3	MSE	MSE	GLY	GLY	A	A	246 - 256	246 - 256
2	1	3	MSE	MSE	GLY	GLY	B	B	246 - 256	246 - 256
1	2	3	TYR	TYR	PRO	PRO	A	A	258 - 292	258 - 292
2	2	3	TYR	TYR	PRO	PRO	B	B	258 - 292	258 - 292
1	3	3	ILE	ILE	ALA	ALA	A	A	296 - 300	296 - 300
2	3	3	ILE	ILE	ALA	ALA	B	B	296 - 300	296 - 300

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.84351, -0.52903, -0.09279), (-0.52284, -0.84831, -0.0837), (-0.12299, 0.02208, -0.99216)	49.687, 147.868, 136.036
2	given	(0.84676, -0.53007, -0.04504), (-0.52918, -0.84795, 0.03074), (-0.05448, -0.0022, -0.99851)	47.464, 150.611, 134.693

#1: タンパク質	CELL FILAMENTATION PROTEIN / BEPA PROTEIN / BEPA 分子量: 34851.102 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-302 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-TERMINAL (HIS)6-TAG WITH THROMBIN CLEAVAGE SITE 由来: (組換発現) BARTONELLA HENSELAE (バクテリア) プラスミド: PRUN / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: Q6G2A9
#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	IN BOTH CHAINS, RESIDUES 1 TO 11 ARE MISSING DUE TO DISORDER AND RESIDUES 303 TO 544 ARE MISSING ...IN BOTH CHAINS, RESIDUES 1 TO 11 ARE MISSING DUE TO DISORDER AND RESIDUES 303 TO 544 ARE MISSING DUE TO PROTEOLYTIC CLEAVAGE AND - OR DISORDER.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8.7 詳細: 17 MG/ML PROTEIN IN 20 MM TRIS-HCL (PH 8.0), 500 MM NACL AND 2 MM BETA-MERCAPTOETHANOL MIXED WITH 22 % POLYETHYLENE GLYCOL 4000, 0.1 M TRIS PH 8.7, 5 MM NICL2 IN A 1:1 (V:V) RATIO

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.97935
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→85.13 Å / Num. obs: 18356 / % possible obs: 91.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.56 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 6.25
反射シェル	解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 2.58 % / R_merge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 2.37 / % possible all: 60.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHELX		位相決定
SHARP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.8→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.889 / SU B: 39.143 / SU ML: 0.321 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.411 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.276	937	5.1 %	RANDOM
R_work	0.216	-	-	-
obs	0.219	17372	91.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.03 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.39 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.82 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4668	0	6	7	4681

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	4545
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3066
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.019	1.946	6148
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.826	3	7419
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.205	5	567
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.97	24.977	221
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.036	15	734
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.988	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.053	0.2	678
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	5125
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	915
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	949
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.172	0.2	2976
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	2229
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.2	2357
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	75
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.137	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.159	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.212	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.216	1.5	3513
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.437	2	4549
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.641	3	1873
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.827	4.5	1599
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1106	tight positional	0.18	0.05
1	2	B	1106	tight positional	0.18	0.05
2	1	A	1435	tight positional	0.13	0.05
2	2	B	1435	tight positional	0.13	0.05
3	1	A	603	tight positional	0.12	0.05
3	2	B	603	tight positional	0.12	0.05
1	1	A	1106	tight thermal	0.38	0.5
1	2	B	1106	tight thermal	0.38	0.5
2	1	A	1435	tight thermal	0.3	0.5
2	2	B	1435	tight thermal	0.3	0.5
3	1	A	603	tight thermal	0.23	0.5
3	2	B	603	tight thermal	0.23	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.92 Å / Total num. of bins used: 12 /

	R_factor	反射数
R_free	0.364	88
R_work	0.342	1334

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.517	1.2866	-1.1052	2.4019	-1.343	3.0791	-0.1137	-0.0326	-0.0401	-0.1774	0.0064	-0.1581	0.2077	0.1213	0.1073	-0.3316	0.0372	-0.0095	0.005	-0.0153	-0.307	10.624	60.663	49.253
2	3.1806	3.2034	3.089	5.3483	1.5	4.2234	-0.1484	0.1836	0.4682	0.2514	0.2203	-0.6019	-0.1364	0.6152	-0.0719	-0.2281	-0.011	-0.0095	0.371	0.0396	-0.2472	12.625	58.992	70.123
3	7.826	0.7308	3.3767	3.441	-0.4176	7.8208	-0.0315	-1.0577	-0.1031	0.9662	-0.1693	-0.5141	0.4038	0.2731	0.2008	0.0754	-0.0143	-0.1337	0.534	0.0296	-0.144	17.061	58.676	85.921
4	1.4444	-1.3115	0.3238	4.9883	-0.3956	5.1434	0.0683	-0.1115	-0.0172	-0.3888	-0.039	0.135	-0.5969	0.0415	-0.0292	-0.1146	0.036	-0.021	0.0579	-0.0493	-0.2754	22.035	95.386	84.937
5	0.4351	0.5308	-0.7659	5.319	3.1022	4.8883	-0.0163	0.2118	-0.2236	-0.2856	0.0821	-0.0309	-1.1584	0.1514	-0.0658	0.0637	0.0373	-0.072	0.0707	0.0395	-0.2521	23.967	95.452	63.798
6	9.1853	-4.4423	-2.402	2.9905	-1.5903	9.6223	0.7531	1.734	-0.4631	-1.6681	-0.7088	-0.4557	-0.8421	-0.1842	-0.0443	0.5418	0.0729	-0.0784	0.6351	-0.1456	-0.2346	27.055	94.021	47.796

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	13 - 180
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	501 - 601
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	181 - 244
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	245 - 302
5	X-RAY DIFFRACTION	4	B	13 - 180
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	501 - 601
7	X-RAY DIFFRACTION	5	B	181 - 244
8	X-RAY DIFFRACTION	6	B	245 - 302

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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