PDB-2vxf: Solution structure of the LSm-domain of zebrafish RAP55

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vxf

タイトル

Solution structure of the LSm-domain of zebrafish RAP55

要素

LSM14A PROTEIN

キーワード

TRANSCRIPTION / LSM PROTEINS / TRANSLATIONAL REPRESSION / EDC3 / RAP55 / CAR-1 / P-BODIES / DECAPPING / MRNA DECAY

機能・相同性

機能・相同性情報

P-body assembly / stress granule assembly / P-body / mRNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

DANIO RERIO (ゼブラフィッシュ)

手法

溶液NMR / XPLOR

データ登録者

Tritschler, F. / Coles, M. / Truffault, V.

引用

ジャーナル: Mol. Cell. Biol. / 年: 2008
タイトル: Similar modes of interaction enable Trailer Hitch and EDC3 to associate with DCP1 and Me31B in distinct protein complexes.
著者: Tritschler, F. / Eulalio, A. / Helms, S. / Schmidt, S. / Coles, M. / Weichenrieder, O. / Izaurralde, E. / Truffault, V.

履歴

登録	2008年7月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月7日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年4月4日	Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy カテゴリ: citation / entity_src_gen Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.title / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.4	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2vxf.cif.gz	540.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2vxf.ent.gz	454.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vxf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2vxf_validation.pdf.gz	340.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2vxf_full_validation.pdf.gz	473.3 KB	表示
XML形式データ	2vxf_validation.xml.gz	25.7 KB	表示
CIF形式データ	2vxf_validation.cif.gz	44.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vx/2vxf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vx/2vxf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2vxeC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3vdz-2 5rks-d 5rjk-d 5s98-d 3vdz-1 5e2x-2 5rjr-d 5rky-d 2ldu-d 1ub9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#107 - 2008年11月機械受容チャネル (Mechanosensitive Channels) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: LSM14A PROTEIN

10.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	MINIMUM ENERGY
代表モデル	モデル #1

#1: タンパク質	LSM14A PROTEIN / DANIO RERIO RAP55 分子量: 10704.024 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) DANIO RERIO (ゼブラフィッシュ) プラスミド: PEU-HIS / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: Q7SXR4
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, MET 1 TO PRO
配列の詳細	METHIONINE 1 IS REPLACED BY A PROLINE

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-SEPARATED NOESY
1	2	1	3D 13C-SEPARATED NOESY
1	3	1	HNCO
1	4	1	HN(CA)CB
1	5	1	CC(CO)NH
1	6	1	(H)CC(CO)NH
1	7	1	CBCA(CO)NH
1	8	1	HBHA(CO)NH
1	9	1	HCH-TOCSY
1	10	1	CCH- TOCSY

NMR実験の詳細

Text: NONE

-
試料調製

詳細	内容: 100 MM NACL, 10 MM BIS- TRIS, PH 7.0, 5 MM DTT, 90% H2O, 10% D2O
試料状態	イオン強度: 100 mM / pH: 7 / 圧: 1.0 atm / 温度: 289.0 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	2.9.4	BRUNGER	精密化
Sparky			構造決定

精密化

手法: XPLOR / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT AS BEEN DONE SIMILARLY TO THE N-TERMINAL LSM DOMAIN OF TRAL

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: MINIMUM ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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