PDB-2vuo: Crystal structure of the rabbit IgG Fc fragment

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vuo

タイトル

Crystal structure of the rabbit IgG Fc fragment

要素

IG GAMMA CHAIN C REGION

キーワード

IMMUNE SYSTEM / IMMUNOGLOBULIN C REGION / IGG / RABBIT / FC FRAGMENT / GLYCOSYLATION / IMMUNOGLOBULINS / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN

機能・相同性

機能・相同性情報

immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / antigen binding / antibacterial humoral response / blood microparticle / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能

生物種

ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Girardi, E. / Holdom, M.D. / Davies, A.M. / Sutton, B.J. / Beavil, A.J.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2009
タイトル: The Crystal Structure of Rabbit Igg-Fc.
著者: Girardi, E. / Holdom, M.D. / Davies, A.M. / Sutton, B.J. / Beavil, A.J.

履歴

登録	2008年5月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2019年5月8日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2019年5月22日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb2vuo.ent.gz	162.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vuo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2vuo_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2vuo_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	2vuo_validation.xml.gz	23.2 KB	表示
CIF形式データ	2vuo_validation.cif.gz	34 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vu/2vuo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vu/2vuo	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1h3tS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2dts-d 5vgp-d 3ave-d 4q7d-d 6hhd-d 4w4n-d 7lf9-d 4wi9-d 6d58-d 4acp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: IG GAMMA CHAIN C REGION

B: IG GAMMA CHAIN C REGION

ヘテロ分子

53 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.662, 71.211, 69.036
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.78, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	IG GAMMA CHAIN C REGION / IMMUNOGLOBULIN GAMMA HEAVY CHAIN CONSTANT REGION 分子量: 24755.117 Da / 分子数: 2 / 断片: FC FRAGMENT, RESIDUES 229-447 / 由来タイプ: 天然詳細: FC FRAGMENT, COMMERCIALLY AVAILABLE RABBIT IGG PURIFIED FROM SERUM (SIGMA-ALDRICH, UK) 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ) / 参照: UniProt: P01870

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糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖

beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1479.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGalpb1-4DGlcpNAcb1-2DManpa1-6[DGlcpNAcb1-2DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/4,8,7/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-1-2-3-1-3-1-4/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f2-g1_g4-h1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1276.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGalpb1-4DGlcpNAcb1-2DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/4,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-1-2-3-3-1-4/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e2-f1_f4-g1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 410分子

#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド分子量: 42.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: N₃
#6: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 398 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

配列の詳細	SEQUENCE BELONGS TO ALLOTYPE E14 WHERE THR IS FOUND AT POSITION 309. ACCORDING TO DENSITY, AN ALA ...SEQUENCE BELONGS TO ALLOTYPE E14 WHERE THR IS FOUND AT POSITION 309. ACCORDING TO DENSITY, AN ALA WAS MODELLED AT POSITION 309, CORRESPONDING TO THE E15 ALLOTYPE. MOREOVER, A SER WAS MODELLED AT POSITION 408 ACCORDING TO DENSITY AND IN AGREEMENT WITH SEQUENCE VARIABILITY DESCRIBED AT THIS POSITION

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.1 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7 詳細: HANGING DROP, VAPOUR DIFFUSION AT 291K. 2M SODIUM FORMATE, 0.1M SODIUM ACETATE, PH 4.7, PROTEIN CONCENTRATION 2MG/ML

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→56.7 Å / Num. obs: 40194 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / B_iso Wilson estimate: 21.43 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 17.2
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1H3T

1h3t

解像度: 1.95→56.721 Å / SU ML: 0.2 / 位相誤差: 13.53 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.204	2013	5.01 %
R_work	0.1693	-	-
obs	0.1676	40177	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 54.381 Å² / k_sol: 0.378 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.63 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.9483 Å²	0 Å²	0.9031 Å²
2-	-	2.227 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.1752 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→56.721 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3344	0	234	398	3976

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	3825
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.938	5234
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	26.389	1488
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	612
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	654

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-1.9722	0.173	1334	0.173	1334	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9722-1.9954	0.1574	1325	0.1574	1325	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9954-2.0197	0.1643	1344	0.1643	1344	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0197-2.0453	0.1586	1320	0.1586	1320	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0453-2.0722	0.1576	1331	0.1576	1331	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0722-2.1006	0.1616	1346	0.1616	1346	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1006-2.1306	0.1711	1299	0.1711	1299	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1306-2.1624	0.1479	1369	0.1479	1369	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.1624-2.1962	0.1551	1311	0.1551	1311	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1962-2.2322	0.152	1351	0.152	1351	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2322-2.2707	0.1518	1307	0.1518	1307	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2707-2.312	0.1562	1373	0.1562	1373	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.312-2.3564	0.1645	1343	0.1645	1343	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3564-2.4045	0.1623	1294	0.1623	1294	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4045-2.4568	0.1627	1357	0.1627	1357	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4568-2.514	0.1692	1305	0.1692	1305	X-RAY DIFFRACTION	100
2.514-2.5768	0.1683	1345	0.1683	1345	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5768-2.6465	0.1733	1355	0.1733	1355	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6465-2.7244	0.1794	1327	0.1794	1327	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7244-2.8123	0.189	1337	0.189	1337	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8123-2.9128	0.1823	1353	0.1823	1353	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9128-3.0295	0.1726	1329	0.1726	1329	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0295-3.1673	0.1694	1338	0.1694	1338	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1673-3.3343	0.1641	1334	0.1641	1334	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3343-3.5432	0.1639	1355	0.1639	1355	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5432-3.8167	0.1503	1337	0.1503	1337	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8167-4.2007	0.1388	1358	0.1388	1358	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2007-4.8082	0.1422	1361	0.1422	1361	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8082-6.0568	0.1491	1355	0.1491	1355	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0568-56.745	0.1901	1384	0.1901	1384	X-RAY DIFFRACTION	98.86

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.9994	-2.6401	5.7677	0.2643	0.1041	-0.326	0.2543	1.1406	0.8025	-0.0267	-0.8032	-0.071	0.5892	0.5604	0.2553	0.3809	0.1812	0.2037	0.6546	0.2965	0.4832	-31.8551	2.9514	58.6006
2	1.5138	-0.3054	-0.5038	1.2628	0.0253	-0.4396	-0.056	-0.2766	-0.0858	0.199	-0.0065	0.0089	-0.0224	0.0736	0.0212	0.1277	0.0111	0.0025	0.1638	-0.017	0.1105	-18.851	15.7292	42.2418
3	7.77	0.301	6.4609	-1.7525	-1.6162	4.8963	-0.6097	-0.3393	0.8651	0.1984	-0.0781	0.1901	-0.7834	-0.1501	0.6553	0.3186	0.0376	-0.0955	0.2681	-0.1305	0.3642	-10.7799	24.8418	44.6196
4	1.2967	-3.3061	-1.3321	1.3701	2.1539	5.0643	-0.0816	-0.1385	0.3608	0.2356	-0.0131	-0.3627	0.2495	0.4263	0.0259	0.1534	0.031	0.049	0.2528	0.009	0.2156	-25.6525	21.7616	46.2954
5	0.2291	0.1294	-0.6508	0.3369	0.1861	1.2215	-0.0004	-0.1865	-0.1486	0.0831	-0.0143	-0.0719	-0.0773	0.2422	0.0146	0.0584	0.0248	-0.0097	0.119	0.0106	0.0893	-17.7343	15.839	41.1434
6	3.0504	-0.5648	-2.7045	0.2036	0.6206	5.72	-0.0709	-0.6788	-0.1062	0.1344	0.2007	-0.0695	0.0722	1.1836	-0.0563	0.1461	0.0479	-0.0186	0.2007	-0.0105	0.1395	-11.7412	9.8865	43.1096
7	0.1042	0.0298	-0.0581	1.196	-0.5491	1.7467	-0.0301	0.0593	0.0532	-0.13	0.1568	0.0058	0.1488	0.025	-0.0631	0.0507	-0.0196	-0.0324	0.0553	0.0117	0.0498	-23.0032	4.8084	10.7837
8	2.1947	-1.3473	2.7196	6.4	-4.4807	4.622	-0.2568	0.7499	0.5738	0.1882	0.3044	0.1121	-0.576	0.1663	0.0316	0.1562	-0.0326	-0.0687	0.2069	0.1445	0.2477	-28.7552	17.0331	9.3804
9	1.024	0.4314	0.459	1.2575	0.0613	1.1067	-0.0718	-0.0562	0.1316	-0.0746	0.1653	0.1078	-0.0313	-0.1183	-0.0697	0.0458	-0.0057	-0.0187	0.0771	0.0295	0.0831	-25.6331	7.35	12.4102
10	3.5414	0.8962	3.0698	0.3822	0.9491	3.1427	-0.1038	0.5077	0.2726	-0.0881	0.088	0.0709	0.0758	0.4852	0.0044	0.1274	-0.0244	-0.0361	0.1524	0.0451	0.1136	-17.2747	14.5697	9.5156
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13	5.0388	-1.4237	3.9833	0.869	-1.1973	4.1932	-0.0555	-0.7179	-0.4037	0.1248	0.3018	0.0937	-0.1972	-0.4913	-0.1852	0.1071	0.0024	0.0274	0.2607	0.024	0.0981	-33.6402	-22.3295	46.129
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18	1.8384	-0.0814	0.1982	0.615	0.4133	0.9351	-0.089	0.0448	-0.039	0.1041	0.0464	0.0237	0.0739	0.0669	0.0292	0.0591	0.0027	-0.0115	0.0594	0.0191	0.0611	-26.6182	-8.1969	15.6829
19	0.1562	-0.2758	-0.4492	0.2691	0.4727	1.7792	0.029	-0.0033	0.0022	-0.0021	0.0899	-0.0731	0.0646	0.3544	-0.0918	0.0799	-0.0086	0.0134	0.1992	-0.037	0.0851	-12.7229	-9.9785	2.6141
20	1.1229	0.4357	0.0457	0.7406	0.7436	0.1232	-0.1754	0.249	-0.1793	-0.0116	0.1678	-0.0138	0.0073	-0.0026	0.058	0.1093	-0.0247	0.0127	0.083	-0.0059	0.0739	-28.4187	-15.3381	8.7063

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 230:235)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 236:281)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 282:287)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESID 288:293)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESID 294:323)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESID 324:344)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESID 345:380)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN A AND (RESID 381:386)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN A AND (RESID 387:429)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN A AND (RESID 430:444)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESID 230:241)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN B AND (RESID 242:269)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN B AND (RESID 270:284)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN B AND (RESID 285:300)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN B AND (RESID 301:323)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN B AND (RESID 324:344)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN B AND (RESID 345:365)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN B AND (RESID 366:407)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN B AND (RESID 408:422)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	CHAIN B AND (RESID 423:444)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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