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- PDB-2vtv: PhaZ7 depolymerase from Paucimonas lemoignei -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vtv
タイトルPhaZ7 depolymerase from Paucimonas lemoignei
要素PHB depolymerase PhaZ7
キーワードHYDROLASE / POLYMERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


lipase activity / lipid catabolic process
類似検索 - 分子機能
Lipase EstA/Esterase EstB / Lipase (class 2) / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Paucimonas lemoignei (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Papageorgiou, A.C. / Hermawan, S. / Singh, C.B. / Jendrossek, D.
引用
ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural basis of poly(3-hydroxybutyrate) hydrolysis by PhaZ7 depolymerase from Paucimonas lemoignei.
著者: Papageorgiou, A.C. / Hermawan, S. / Singh, C.B. / Jendrossek, D.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2005
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of a Novel Thermoalkalophilic Poly(3-Hydroxybutyrate) Depolymerase (Phaz7) from Paucimonas Lemoignei.
著者: Kapetaniou, E.G. / Braaz, R. / Jendrossek, D. / Papageorgiou, A.C.
履歴
登録2008年5月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年12月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / entity / entity_src_nat / pdbx_entity_src_syn / refine / struct_ref
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity.src_method / _refine.pdbx_starting_model / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code
改定 1.42019年1月30日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.52019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.62019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.72024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHB depolymerase PhaZ7
B: PHB depolymerase PhaZ7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,5663
ポリマ－72,4742
非ポリマー921
水18,0331001
1
A: PHB depolymerase PhaZ7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3292
ポリマ－36,2371
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: PHB depolymerase PhaZ7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2371
ポリマ－36,2371
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)176.383, 46.380, 85.779
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.78, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2463-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 PHB depolymerase PhaZ7


分子量: 36237.008 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 39-380 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paucimonas lemoignei (バクテリア) / 参照: UniProt: Q939Q9
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1001 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.4 % / 解説: NONE
結晶化手法: microdialysis / 詳細: MICRODIALYSIS, PH 10.5, NACL 150 MM

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→99 Å / Num. obs: 53749 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 15 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 30.1
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / % possible all: 94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.9→87.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 2.553 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: RESIDUES 293 AND 294 FROM BOTH SUBUNITS HAVE NOT BEEN MODELLED DUE TO LACK OF DENSITY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.188 2609 4.9 %RANDOM
Rwork0.142 ---
obs0.145 51068 99.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.59 Å20 Å2-0.2 Å2
2---0.8 Å20 Å2
3---0.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→87.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5058 0 6 1001 6065
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0225233
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2271.927120
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9275688
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.73723.738214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.42315735
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3551516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2748
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024080
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1960.22872
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3110.23633
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1460.2917
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.160.265
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6161.53397
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.01225316
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.66632163
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0684.51798
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.214 176
Rwork0.165 3427

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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