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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2vtv | ||||||
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タイトル | PhaZ7 depolymerase from Paucimonas lemoignei | ||||||
![]() | PHB depolymerase PhaZ7 | ||||||
![]() | HYDROLASE / POLYMERASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Papageorgiou, A.C. / Hermawan, S. / Singh, C.B. / Jendrossek, D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis of poly(3-hydroxybutyrate) hydrolysis by PhaZ7 depolymerase from Paucimonas lemoignei. 著者: Papageorgiou, A.C. / Hermawan, S. / Singh, C.B. / Jendrossek, D. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2005 タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of a Novel Thermoalkalophilic Poly(3-Hydroxybutyrate) Depolymerase (Phaz7) from Paucimonas Lemoignei. 著者: Kapetaniou, E.G. / Braaz, R. / Jendrossek, D. / Papageorgiou, A.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 151.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 126.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36237.008 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 39-380 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #2: 化合物 | ChemComp-GOL / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.4 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 手法: microdialysis / 詳細: MICRODIALYSIS, PH 10.5, NACL 150 MM |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→99 Å / Num. obs: 53749 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 15 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 30.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.93 Å / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / % possible all: 94 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: RESIDUES 293 AND 294 FROM BOTH SUBUNITS HAVE NOT BEEN MODELLED DUE TO LACK OF DENSITY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.46 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→87.04 Å
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拘束条件 |
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