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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2vtk | |||||||||
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タイトル | THYMIDINE KINASE FROM HERPES SIMPLEX VIRUS TYPE 1 IN COMPLEX WITH ADP AND DEOXYTHYMIDINE | |||||||||
要素 | THYMIDINE KINASE | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE / KEY ENZYME IN THYMIDINE SALVAGE PATHWAY / ADDITIONAL THYMIDYLATE KINASE ACTIVITY / TARGET FOR ANTI-HERPES VIRAL DRUGS | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 TMP biosynthetic process / thymidine kinase / thymidine kinase activity / DNA biosynthetic process / phosphorylation / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Herpes simplex virus (ヘルペスウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Wild, K. / Schulz, G.E. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1997 タイトル: The structures of thymidine kinase from herpes simplex virus type 1 in complex with substrates and a substrate analogue. 著者: Wild, K. / Bohner, T. / Folkers, G. / Schulz, G.E. #1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1995 タイトル: The Three-Dimensional Structure of Thymidine Kinase from Herpes Simplex Virus Type 1 著者: Wild, K. / Bohner, T. / Aubry, A. / Folkers, G. / Schulz, G.E. #2: ジャーナル: Protein Expr.Purif. / 年: 1994 タイトル: A Fast Method for Obtaining Highly Pure Recombinant Herpes Simplex Virus Type 1 Thymidine Kinase 著者: Fetzer, J. / Michael, M. / Bohner, T. / Hofbauer, R. / Folkers, G. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2vtk.cif.gz | 75.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2vtk.ent.gz | 55.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2vtk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2vtk_validation.pdf.gz | 762.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2vtk_full_validation.pdf.gz | 766.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2vtk_validation.xml.gz | 13.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2vtk_validation.cif.gz | 18.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/2vtk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/2vtk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37205.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Herpes simplex virus (type 1 / strain F) (ヘルペスウイルス) 属: Simplexvirus / 生物種: Human herpesvirus 1 / 株: F / プラスミド: PGEX2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): KY 895 参照: UniProt: P03176, UniProt: P0DTH5*PLUS, thymidine kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-ADP / |
#3: 化合物 | ChemComp-THM / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 67 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.5 / 詳細: pH 5.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Wild, K., (1995) FEBS Lett., 368, 289. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年1月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→100 Å / Num. obs: 11472 / % possible obs: 83.1 % / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 33 Å2 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 18.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.89 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Rsym value: 0.189 / % possible all: 63.7 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 26826 / Rmerge(I) obs: 0.045 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 63.7 % / Rmerge(I) obs: 0.189 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 2.8→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / 交差検証法: THROUGHOUT
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原子変位パラメータ | Biso mean: 32.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.27 Å / Luzzati d res low obs: 4.8 Å / Luzzati sigma a obs: 0.46 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.032 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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