[日本語] English
万見
- PDB-2vri: Structure of the NSP3 X-domain of human coronavirus NL63 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vri
タイトルStructure of the NSP3 X-domain of human coronavirus NL63
要素NON-STRUCTURAL PROTEIN 3
キーワードVIRAL PROTEIN / RNA REPLICATION / NUCLEOTIDE-BINDING / ENDONUCLEASE / MACRO DOMAIN / ATP-BINDING / EXONUCLEASE / RNA-BINDING / TRANSFERASE / NSP3 / ADRP / ZINC / MEMBRANE / HELICASE / PROTEASE / METAL-BINDING / TRANSMEMBRANE / THIOL PROTEASE / NUCLEASE / HYDROLASE / CYTOPLASM / HCOV-NL63 / ZINC-FINGER / NUCLEOTIDYLTRANSFERASE / RIBOSOMAL FRAMESHIFTING / RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell membrane / viral genome replication / transferase activity / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / host cell perinuclear region of cytoplasm ...host cell membrane / viral genome replication / transferase activity / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / induction by virus of host autophagy / cysteine-type endopeptidase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Non-structural protein 5, alphacoronavirus / Non-structural protein 6, alphacoronavirus / Nonstructural protein 2, HCoV-229E-like / Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / Pectin lyase fold/virulence factor / : / Coronavirus 3Ecto domain profile. / : / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. ...Non-structural protein 5, alphacoronavirus / Non-structural protein 6, alphacoronavirus / Nonstructural protein 2, HCoV-229E-like / Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / Pectin lyase fold/virulence factor / : / Coronavirus 3Ecto domain profile. / : / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / : / Coronavirus (CoV) Nsp3 Y domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp8 cofactor domain profile. / Coronavirus Nsp9 single-stranded RNA (ssRNA)-binding domain profile. / Coronavirus (CoV) ExoN/MTase coactivator domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp4 C-terminal (Nsp4C) domain profile. / Papain-like protease, thumb domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP7 / Peptidase family C16 domain profile. / Non-structural protein NSP7, coronavirus / Peptidase C30, coronavirus / Peptidase C16, coronavirus / Non-structural protein NSP9, coronavirus / Non-structural protein NSP8, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP9 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP7 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP8 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal superfamily, coronavirus / Peptidase C30, domain 3, coronavirus / Non-structural protein 6, coronavirus / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Non-structural protein NSP4, N-terminal, coronavirus / Coronavirus endopeptidase C30 / Coronavirus papain-like peptidase / Coronavirus replicase NSP8 / Coronavirus RNA synthesis protein NSP10 / Coronavirus replicase NSP4, C-terminal / Coronavirus replicase NSP6 / Coronavirus replicase NSP4, N-terminal / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Coronavirus main protease (M-pro) domain profile. / Coronavirus replicase NSP9 / Non-structural protein 3, X-domain-like / Macro domain / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain-like / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Replicase polyprotein 1a
類似検索 - 構成要素
生物種HUMAN CORONAVIRUS NL63 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Piotrowski, Y. / Mesters, J.R. / Moll, R. / Hilgenfeld, R.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of the Nsp3 X-Domain of Human Coronavirus Nl63
著者: Piotrowski, Y. / Mesters, J.R. / Van Der Hoek, L. / Moll, R. / Hilgenfeld, R.
履歴
登録2008年4月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: NON-STRUCTURAL PROTEIN 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9993
ポリマ－18,8751
非ポリマー1242
水1,74797
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)53.970, 54.770, 57.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 NON-STRUCTURAL PROTEIN 3 / REPLICASE POLYPROTEIN 1AB / PP1AB / ORF1AB POLYPROTEIN


分子量: 18874.654 Da / 分子数: 1 / 断片: NSP3 X-DOMAIN, RESIDUES 1258-1421 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HUMAN CORONAVIRUS NL63 (ウイルス)
プラスミド: PGEX-DEST7 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0C6U6
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.2 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8075
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月6日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→40 Å / Num. obs: 19914 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.95 / Mean I/σ(I) obs: 1.64 / % possible all: 88.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0037精密化
HKLSUITEデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ACF

2acf


解像度: 1.9→39.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 3.261 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 990 7.1 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.189 12892 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.93 Å20 Å20 Å2
2--1.34 Å20 Å2
3----2.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→39.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1320 0 8 97 1425
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0221375
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.521.9691864
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4535180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.08225.42459
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.90215230
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.357153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2213
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021035
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.2704
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3150.2978
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1380.2114
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2620.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1590.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9351.5885
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.60421398
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5323535
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9064.5462
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 73 -
Rwork0.215 923 -
obs--100 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る