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万見
- PDB-2vra: Drosophila Robo IG1-2 (monoclinic form) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vra
タイトルDrosophila Robo IG1-2 (monoclinic form)
要素ROUNDABOUT 1
キーワードCELL ADHESION / IMMUNOGLOBULIN-LIKE DOMAIN / AXON GUIDANCE / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Slit-Robo signaling complex / dendrite guidance / regulation of epithelial cell migration, open tracheal system / salivary gland boundary specification / photoreceptor cell axon guidance / neuron recognition / gonad development / axon guidance receptor activity / regulation of dendrite development / positive regulation of cell-cell adhesion ...Slit-Robo signaling complex / dendrite guidance / regulation of epithelial cell migration, open tracheal system / salivary gland boundary specification / photoreceptor cell axon guidance / neuron recognition / gonad development / axon guidance receptor activity / regulation of dendrite development / positive regulation of cell-cell adhesion / Roundabout signaling pathway / entrainment of circadian clock / embryonic heart tube development / motor neuron axon guidance / axon midline choice point recognition / dendrite morphogenesis / muscle cell cellular homeostasis / outflow tract morphogenesis / axonal growth cone / axon guidance / cell-cell adhesion / heparin binding / vesicle / neuron projection / axon / neuronal cell body / dendrite / protein-containing complex / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Roundabout homologue 1 / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Fibronectin type-III domain profile. ...Roundabout homologue 1 / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Fukuhara, N. / Howitt, J.A. / Hussain, S. / Hohenester, E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Structural and Functional Analysis of Slit and Heparin Binding to Immunoglobulin-Like Domains 1 and 2 of Drosophila Robo
著者: Fukuhara, N. / Howitt, J.A. / Hussain, S. / Hohenester, E.
履歴
登録2008年3月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ROUNDABOUT 1
B: ROUNDABOUT 1
C: ROUNDABOUT 1
D: ROUNDABOUT 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,60316
ポリマ－92,3744
非ポリマー2,23012
水00
1
A: ROUNDABOUT 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3824
ポリマ－23,0931
非ポリマー2883
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ROUNDABOUT 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4584
ポリマ－23,0931
非ポリマー1,3653
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: ROUNDABOUT 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3824
ポリマ－23,0931
非ポリマー2883
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: ROUNDABOUT 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3824
ポリマ－23,0931
非ポリマー2883
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.935, 84.430, 107.133
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.55, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-1, -0.007, 0.016), (-0.009, -0.533, -0.846), (0.014, -0.846, 0.532)147.413, 109.345, 59.314
2given(0.812, -0.509, -0.287), (-0.505, -0.858, 0.093), (-0.294, 0.07, -0.953)49.701, 141.28, 66.539
3given(-0.819, 0.498, 0.286), (0.512, 0.406, 0.757), (0.261, 0.767, -0.587)99.09, -22.897, -23.491

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要素

#1: タンパク質
ROUNDABOUT 1 / ROBO


分子量: 23093.375 Da / 分子数: 4 / 断片: IG1-2, RESIDUES 51-254 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
細胞株 (発現宿主): 293-EBNA / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: O44924
#2: 多糖 2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose- ...2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1172.956 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1a_1-5_2*NSO/3=O/3=O_6*OSO/3=O/3=O][a2121A-1a_1-5_2*OSO/3=O/3=O]/1-2-1-2/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GlcpNSO36SO3]{[(4+1)][a-L-IdopA2SO3]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO36SO3]{[(4+1)][a-L-4-deoxy-IdopA2SO3]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
Has protein modificationY
配列の詳細N-TERMINAL APLA IS VECTOR DERIVED

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 % / 解説: SEARCH MODEL WAS ROBO IG1-2 TETRAGONAL FORM

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 1.12
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→20 Å / Num. obs: 19035 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 3.2→3.37 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VR9

2vr9


解像度: 3.2→20 Å / Data cutoff high absF: 10000 / Isotropic thermal model: INDIVIDUAL RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.286 1873 9.8 %RANDOM
Rwork0.2513 ---
obs0.2513 19024 99.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT / Bsol: 29.0017 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--19.595 Å20 Å2-3.101 Å2
2--9.04 Å20 Å2
3---10.555 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5814 0 125 0 5939
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.251.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.2862
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.2742
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.1162.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2HEPARIN.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4WATER_REP.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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