[日本語] English
万見
- PDB-2vn2: Crystal structure of the N-terminal domain of DnaD protein from G... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vn2
タイトルCrystal structure of the N-terminal domain of DnaD protein from Geobacillus kaustophilus HTA426
要素CHROMOSOME REPLICATION INITIATION PROTEIN
キーワードREPLICATION / DNAD / DNA REPLICATION / PRIMOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


DnaD domain / DnaD-like domain superfamily / Replication initiation and membrane attachment / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chromosome replication initiation protein
類似検索 - 構成要素
生物種GEOBACILLUS KAUSTOPHILUS HTA426 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Huang, C.-Y. / Chang, Y.-W. / Chen, W.-T. / Sun, Y.-J. / Hsiao, C.-D.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2008
タイトル: Crystal Structure of the N-Terminal Domain of Geobacillus Kaustophilus Hta426 Dnad Protein.
著者: Huang, C.-Y. / Chang, Y.-W. / Chen, W.-T.
履歴
登録2008年1月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月29日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CHROMOSOME REPLICATION INITIATION PROTEIN
B: CHROMOSOME REPLICATION INITIATION PROTEIN
C: CHROMOSOME REPLICATION INITIATION PROTEIN
D: CHROMOSOME REPLICATION INITIATION PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6408
ポリマ－58,5434
非ポリマー974
水3,207178
1
A: CHROMOSOME REPLICATION INITIATION PROTEIN
C: CHROMOSOME REPLICATION INITIATION PROTEIN
ヘテロ分子

A: CHROMOSOME REPLICATION INITIATION PROTEIN
C: CHROMOSOME REPLICATION INITIATION PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6408
ポリマ－58,5434
非ポリマー974
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
Buried area11350 Å2
ΔGint-128.8 kcal/mol
Surface area19080 Å2
手法PISA
2
B: CHROMOSOME REPLICATION INITIATION PROTEIN
D: CHROMOSOME REPLICATION INITIATION PROTEIN
ヘテロ分子

B: CHROMOSOME REPLICATION INITIATION PROTEIN
D: CHROMOSOME REPLICATION INITIATION PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6408
ポリマ－58,5434
非ポリマー974
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_655-x+3/2,y,-z+1/21
Buried area10680 Å2
ΔGint-80.9 kcal/mol
Surface area18970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.514, 124.707, 157.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number22
Space group name H-MF222

-
要素

#1: タンパク質
CHROMOSOME REPLICATION INITIATION PROTEIN / DNAD


分子量: 14635.804 Da / 分子数: 4 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-128 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) GEOBACILLUS KAUSTOPHILUS HTA426 (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5KXY1
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.9794, 0.9795, 0.9643
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97941
20.97951
30.96431
反射解像度: 2.3→27.49 Å / Num. obs: 46920 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.3 % / Biso Wilson estimate: 21.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 22.59
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 12.5 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 9.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
Blu-IceCONTROL SOFTWAREデータ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.3→27.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 281278.37 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: BULK SOLVENT MODEL USED. RESIDUES GLU85 TO ASN94 AND GLY121 TO SER128 OF CHAIN A ARE DISORDERED. RESIDUES GLU85 TO ASN94 AND LEU120 TO SER128 OF CHAIN B ARE DISORDERED. RESIDUES MET1, GLU85 ...詳細: BULK SOLVENT MODEL USED. RESIDUES GLU85 TO ASN94 AND GLY121 TO SER128 OF CHAIN A ARE DISORDERED. RESIDUES GLU85 TO ASN94 AND LEU120 TO SER128 OF CHAIN B ARE DISORDERED. RESIDUES MET1, GLU85 TO ASN94, AND GLY121 TO SER128 OF CHAIN C ARE DISORDERED. RESIDUES MET1, GLU85 TO ASN94, AND GLY121 TO SER128 OF CHAIN D ARE DISORDERED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 4573 9.7 %RANDOM
Rwork0.217 ---
obs0.217 46920 95.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.8355 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 34.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.75 Å20 Å20 Å2
2--3.95 Å20 Å2
3---1.81 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.22 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→27.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3468 0 4 178 3650
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.034
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.43
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.51.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.452
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.562
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.792.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 654 8.6 %
Rwork0.229 6917 -
obs--92 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る