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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2vma | ||||||
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タイトル | The three-dimensional structure of the cytoplasmic domains of EpsF from the Type 2 Secretion System of Vibrio cholerae | ||||||
![]() | GENERAL SECRETION PATHWAY PROTEIN F | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / TRANSMEMBRANE / INNER MEMBRANE / TYPE 2 SECRETION / T4PB / T2SS / VIBRIO / CHOLERA / MEMBRANE / TRANSPORT / PROTEIN SECRETION | ||||||
機能・相同性 | ![]() protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Abendroth, J. / Korotkov, K.V. / Mitchell, D.D. / Kreger, A. / Hol, W.G.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Three-Dimensional Structure of the Cytoplasmic Domains of Epsf from the Type 2 Secretion System of Vibrio Cholerae. 著者: Abendroth, J. / Mitchell, D.D. / Korotkov, K.V. / Johnson, T.L. / Kreger, A. / Sandkvist, M. / Hol, W.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 62.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 51.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 435.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 437.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.99988, 0.00497, -0.01461), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14028.238 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 56-170 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: RESIDUES 56-170, PLUS C-TERMINAL TEV- CLEAVABLE HIS6-TAG 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-IOD / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | CYTOPLASMI | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.08 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7 詳細: 1UL PROTEIN, 1UL RESERVOIR: 12.5% PEG 400, 200MM CAOAC2, 100MM MES PH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月23日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: OSMIC VARIMAX / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→48.82 Å / Num. obs: 18609 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.11 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 16.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 77.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: NONE 解像度: 1.9→46.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 6.078 / SU ML: 0.112 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.5 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→46.32 Å
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拘束条件 |
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