PDB-2vlb: Structure of unliganded arylmalonate decarboxylase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vlb

タイトル

Structure of unliganded arylmalonate decarboxylase

要素

ARYLMALONATE DECARBOXYLASE

キーワード

LYASE / PROTEIN DYNAMICS / AMDASE / DECARBOXYLASE / DECARBOXYLATION

機能・相同性

機能・相同性情報

arylmalonate decarboxylase / arylmalonate decarboxylase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

BORDETELLA BRONCHISEPTICA (気管支敗血症菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.92 Å

データ登録者

Kuettner, E.B. / Keim, A. / Kircher, M. / Rosmus, S. / Strater, N.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Active Site Mobility Revealed by the Crystal Structure of Arylmalonate Decarboxylase from Bordetella Bronchiseptica
著者: Kuettner, E.B. / Keim, A. / Kircher, M. / Rosmus, S. / Strater, N.

履歴

登録	2008年1月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年3月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2019年5月8日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.3	2019年5月29日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / struct_biol / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.4	2025年4月9日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb2vlb.ent.gz	152.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vlb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2vlb_validation.pdf.gz	492.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2vlb_full_validation.pdf.gz	518.8 KB	表示
XML形式データ	2vlb_validation.xml.gz	45.3 KB	表示
CIF形式データ	2vlb_validation.cif.gz	60.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/2vlb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/2vlb	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	5qb3-1 3eis-2 3lyf-3 5qa4-3 3qqm-2 5zjk-6 5qap-2 5qan-1 5zjk-1 5qb0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ARYLMALONATE DECARBOXYLASE

B: ARYLMALONATE DECARBOXYLASE

C: ARYLMALONATE DECARBOXYLASE

D: ARYLMALONATE DECARBOXYLASE

ヘテロ分子

105 kDa, 4 ポリマー
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1

A: ARYLMALONATE DECARBOXYLASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: ARYLMALONATE DECARBOXYLASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: ARYLMALONATE DECARBOXYLASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.4 kDa, 1 ポリマー
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4

D: ARYLMALONATE DECARBOXYLASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	83.214, 100.988, 139.548
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	ARYLMALONATE DECARBOXYLASE / AMDASE 分子量: 25970.602 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現詳細: IN ALL PROTEIN CHAINS, C148 AND C188 ARE LINKED TO BETA-MERCAPTO ETHANOL 由来: (組換発現) BORDETELLA BRONCHISEPTICA (気管支敗血症菌) 解説: ALCALIGENES BRONCHISEPTICUS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 (DH10B) (INVITROGEN) / 参照: UniProt: Q05115, arylmalonate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL 分子量: 78.133 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 446 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N
非ポリマーの詳細	1,2-ETHANEDIOL (EDO): ORIGINATES FROM CRYSTAL CRYO PROTECTION SOLUTION. BETA-MERCAPTOETHANOL (BME): ...1,2-ETHANEDIOL (EDO): ORIGINATES FROM CRYSTAL CRYO PROTECTION SOLUTION. BETA-MERCAPTOETHANOL (BME): BME IS DISULFID BONDED TO C148 AND C188 IN ALL PROTEIN CHAINS.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: HANGING-DROP VAPOUR-DIFFUSION SETUP WITH 0.5 ML RESERVOIR SOLUTION AT 292 K. DROPS COMPOSED OF 1 MICROLITER OF PROTEIN AND RESERVOIR SOLUTIONS EACH. PROTEIN SOLUTION CONTAINS 7-8 MG/ML ...詳細: HANGING-DROP VAPOUR-DIFFUSION SETUP WITH 0.5 ML RESERVOIR SOLUTION AT 292 K. DROPS COMPOSED OF 1 MICROLITER OF PROTEIN AND RESERVOIR SOLUTIONS EACH. PROTEIN SOLUTION CONTAINS 7-8 MG/ML AMDASE, 20 MM TRIS-HCL PH 8 AND 0.5 MM BETA-MERCAPTO ETHANOL. RESERVOIR SOLUTION CONTAINS 1.4-1.8 M NA/K PHOSPHATE PH 5.8-6.4.

結晶

マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56 % / 解説: NONE

結晶化

温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: HANGING-DROP VAPOUR-DIFFUSION SETUP WITH 0.5 ML RESERVOIR SOLUTION AT 292 K. DROPS COMPOSED OF 1 MICROLITER OF PROTEIN AND RESERVOIR SOLUTIONS EACH. PROTEIN SOLUTION CONTAINS 7-8 MG/ML ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月15日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射	モノクロメーター: DIAMOND(111), GE(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.92→30 Å / Num. obs: 89247 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15.3
反射シェル	解像度: 1.92→2.02 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 93.7

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
Auto-Rickshaw		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.92→29.64 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 7.529 / SU ML: 0.106 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.207	1324	1.5 %	RANDOM
R_work	0.178	-	-	-
obs	0.178	87922	98.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.86 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.59 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.23 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.92→29.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6633	0	83	446	7162

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	6869
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.403	2	9317
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.592	5	911
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.561	21.626	246
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.31	15	1035
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.036	15	75
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	1107
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	5115
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	3079
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.297	0.2	4756
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	345
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.188	0.2	117
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.139	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.587	3	4659
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.229	4	7236
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.955	6	2455
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.85	9	2081
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.92→1.97 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.356	86
R_work	0.282	5888

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.763	1.2951	1.6809	8.5689	1.1768	4.2139	-0.0474	-0.0444	-0.1925	-0.0493	0.0623	0.0044	0.2187	-0.1006	-0.015	-0.1985	-0.037	0.0432	-0.1722	0.0459	-0.2171	85.7063	41.5469	17.6045
2	2.682	-0.0798	-0.85	3.0573	0.1935	1.4488	-0.1013	-0.0976	-0.0738	-0.3292	0.1342	-0.1403	0.1954	0.1431	-0.0329	-0.1192	-0.0727	0.037	-0.1918	0.0202	-0.2714	86.7684	49.082	13.7922
3	2.5917	0.1552	-0.1856	2.9937	0.0806	1.9396	-0.0482	0.0798	-0.0715	-0.3188	0.1651	0.4904	0.1711	-0.2909	-0.117	-0.0975	-0.1054	-0.1228	-0.1366	0.0774	-0.0924	65.4944	43.0087	12.03
4	12.807	7.1558	-0.3716	7.5636	1.9088	1.2671	-0.665	1.4981	-0.2888	-1.0201	0.55	0.2946	0.1325	-0.2467	0.115	0.3274	-0.1982	-0.0316	0.016	-0.0551	-0.117	76.7896	37.2249	-0.0368
5	5.938	0.762	-1.5091	5.2524	0.4491	7.2962	-0.2718	-0.0383	-0.6695	0.3134	0.2089	0.4519	1.0249	0.0118	0.0629	0.0638	-0.0089	0.2272	-0.1944	0.0006	-0.0646	102.2681	46.949	-1.2008
6	1.3334	-2.1075	-1.759	6.4425	4.1825	10.0829	0.0418	0.1579	-0.0628	-0.2008	0.1272	0.1107	0.5287	0.377	-0.169	-0.1377	0.0429	0.1505	-0.1192	-0.0181	-0.0949	109.5459	52.8245	-12.1861
7	1.7187	-2.0128	1.6651	12.236	2.1099	8.524	0.1871	0.4562	-0.946	-0.1182	0.3484	1.7703	1.2353	0.2419	-0.5355	0.2404	0.1054	0.082	-0.0425	-0.0602	0.3732	107.6251	40.7323	-24.8662
8	4.0404	-1.9654	-0.6783	9.1286	3.2849	13.2543	0.0205	0.4961	-0.4633	0.0959	0.3075	-0.0399	2.1883	1.8565	-0.328	0.3464	0.3934	0.098	0.1748	-0.0937	0.0043	115.8152	37.6284	-11.6504
9	2.8917	-3.8603	0.8997	10.0175	-2.0608	1.5839	-0.2084	-0.0558	0.2722	0.2378	0.258	-0.2769	-0.165	0.1217	-0.0496	-0.1226	-0.0265	0.1091	-0.109	0.0431	-0.1362	108.1604	80.5727	-8.0787
10	1.5888	-0.156	0.1761	2.4637	-1.4528	4.8042	-0.044	0.2379	0.1328	-0.0694	0.1634	0.4769	0.122	-0.1082	-0.1194	-0.1872	-0.0045	0.1326	-0.1515	0.0703	-0.0468	100.2268	73.824	-11.1784
11	2.6199	0.5923	-0.6678	3.2669	0.0857	2.5093	-0.0319	0.4812	0.0432	-0.1638	0.2036	0.5593	0.0696	-0.4241	-0.1717	-0.1679	0.0021	-0.0629	0.0295	0.1258	-0.0132	98.4459	84.2444	-27.1723
12	3.412	-3.9551	1.0162	6.905	-4.0676	6.8873	-0.3936	-0.2647	-0.237	0.8277	0.7898	1.2722	-0.5267	-0.9957	-0.3961	-0.1443	0.112	0.1998	0.0251	0.1852	0.2067	91.4526	86.497	-10.67
13	2.4321	0.8705	-0.9157	2.8382	0.906	4.8043	-0.121	0.1678	0.245	-0.6856	0.2961	-0.1332	-0.4853	0.109	-0.1751	-0.1592	-0.0309	0.0603	-0.1795	-0.002	-0.2152	93.4938	70.4854	16.0859
14	3.1034	0.7091	0.1392	4.4807	2.5734	2.2723	-0.1013	-0.2181	0.0106	0.0757	0.052	0.2767	0.2334	-0.264	0.0493	-0.2865	0.0193	0.0134	-0.0509	-0.0185	-0.2378	78.4732	74.4738	29.3623
15	2.2941	-0.6422	1.8707	3.665	0.2143	5.6335	-0.3008	-0.0268	0.3624	-0.0501	0.1907	0.0897	-0.4241	-0.2332	0.11	-0.2316	0.0483	-0.0472	-0.1076	-0.0578	-0.1964	83.073	87.3788	29.6894
16	2.9686	-2.6192	-1.7795	11.3553	7.2783	5.1694	-0.3775	-0.5544	0.3533	0.6522	0.6609	-1.0437	0.1043	0.8139	-0.2835	-0.2372	-0.0011	-0.0154	-0.0072	-0.0878	-0.1082	99.037	78.2843	30.2843

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 58
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	59 - 104
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	105 - 217
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	218 - 240
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	6 - 72
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	73 - 121
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	122 - 199
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	200 - 238
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	6 - 58
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	59 - 123
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	124 - 207
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	208 - 240
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	7 - 112
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	113 - 151
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	152 - 211
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	212 - 240

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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