PDB-2vl8: CRYSTAL STRUCTURE OF THE CATALYTIC DOMAIN OF LETHAL TOXIN FROM CL...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vl8

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF THE CATALYTIC DOMAIN OF LETHAL TOXIN FROM CLOSTRIDIUM SORDELLII IN COMPLEX WITH UDP, CASTANOSPERMINE AND CALCIUM ION

要素

CYTOTOXIN L

キーワード

TOXIN / GLYCOSYLTRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell cytosol / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / glycosyltransferase activity / cysteine-type peptidase activity / host cell endosome membrane / toxin activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

CLOSTRIDIUM SORDELLII (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.31 Å

データ登録者

Jank, T. / Ziegler, M.O.P. / Schulz, G.E. / Aktories, K.

引用

ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2008
タイトル: Inhibition of the Glucosyltransferase Activity of Clostridial Rho/Ras-Glucosylating Toxins by Castanospermine.
著者: Jank, T. / Ziegler, M.O.P. / Schulz, G.E. / Aktories, K.

履歴

登録	2008年1月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年6月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2vl8.cif.gz	337.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2vl8.ent.gz	276.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vl8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2vl8_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2vl8_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	2vl8_validation.xml.gz	59.3 KB	表示
CIF形式データ	2vl8_validation.cif.gz	83.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/2vl8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/2vl8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2vkd 2vkh
類似構造データ	2vkh-1 2vkh-2 4dmw-d 2vkd-3 2vkh-3 5uqk-d 6v6f-1 5rlh-1 5rlj-1 5rmb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#138 - 2011年6月グルカン分解酵素 (Glucansucrase) 類似性 (4) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (2) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (2) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CYTOTOXIN L

B: CYTOTOXIN L

C: CYTOTOXIN L

ヘテロ分子

193 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CYTOTOXIN L

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: CYTOTOXIN L

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: CYTOTOXIN L

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.689, 191.332, 205.384
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	CYTOTOXIN L 分子量: 63606.723 Da / 分子数: 3 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1-546 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM SORDELLII (バクテリア) 株: 6018 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q46342
#2: 化合物	ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₂O₁₂P₂ / コメント: UDP*YM
#3: 化合物	ChemComp-CTS / CASTANOSPERMINE / (1S,6S,7R,8R,8AR)-1,6,7,8-TETRAHYDROXYINDOLIZIDINE / カスタノスペルミン分子量: 189.209 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₄ / コメント: 抗ウイルス剤, 阻害剤, alkaloid*YM
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 400 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, VAL 13 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ILE 289 TO MET ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, VAL 13 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ILE 289 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, VAL 13 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ILE 289 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, VAL 13 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, ILE 289 TO MET

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.99 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.987
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.31→95.78 Å / Num. obs: 100405 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 8 % / R_merge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	最高解像度: 2.31 Å / 冗長度: 8 % / R_merge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.31→95.78 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.897 / SU B: 13.873 / SU ML: 0.173 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.288 / ESU R Free: 0.223 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.255	3013	3 %	RANDOM
R_work	0.217	-	-	-
obs	0.218	97392	99.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.56 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.41 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.91 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.31→95.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13201	0	119	400	13720

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	13562
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.372	1.974	18320
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.871	5	1603
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.664	25.985	685
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.354	15	2570
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.505	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	2033
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	10082
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	5796
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.303	0.2	9384
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	584
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.205	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.176	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.773	1.5	8328
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.321	2	13069
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.868	3	6020
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.915	4.5	5251
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.31→2.37 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.298	217
R_work	0.233	6998

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7203	-0.0724	-3.336	1.1026	0.7665	8.1967	-0.3161	-0.1357	-0.0921	-0.0256	0.0855	0.0205	0.4493	0.193	0.2307	-0.055	-0.0044	0.0399	-0.1072	-0.0189	-0.06	45.46	-0.243	7.065
2	0.5202	0.5407	-0.1312	1.7709	-0.0642	0.9255	-0.0683	-0.1144	0.0776	-0.0483	0.0237	0.0883	-0.2049	-0.1106	0.0447	-0.0515	0.0471	-0.0661	-0.0317	-0.0295	-0.1181	25.486	32.458	36.433
3	8.2816	0.5196	3.0825	2.9243	0.4968	4.6392	0.1549	-0.1753	-0.3095	0.0212	-0.1949	0.2335	0.1852	-0.5221	0.0399	-0.1578	-0.0051	0.0375	0.0276	0.0276	-0.043	2.601	5.819	36.863
4	0.8605	0.2905	-0.0078	1.431	-0.1578	1.2492	-0.1096	0.0189	-0.0078	-0.1222	0.0424	0.1461	-0.1196	-0.0696	0.0671	-0.0646	0.0029	-0.0646	-0.0417	0.0059	-0.1098	26.019	23.787	21.327
5	1.6931	0.0772	-2.7911	0.8255	-1.3192	7.3354	-0.1812	0.0136	-0.0524	0.0211	0.0203	0.0449	0.5452	-0.0846	0.1608	-0.0511	-0.0295	0.0134	-0.1069	0.0172	-0.0688	12.117	-34.046	93.999
6	0.7056	-0.0775	0.0511	2.2351	-0.4055	0.9139	-0.0299	0.2046	0.0929	0.0972	-0.0744	-0.0785	-0.2393	0.2119	0.1044	-0.0204	-0.0523	-0.0463	0.0427	0.0888	-0.1095	32.626	-2.056	64.18
7	6.4506	0.2263	2.1566	2.4911	-0.7029	4.277	0.1849	0.5938	-0.1682	-0.01	-0.0706	-0.4345	0.2406	0.6225	-0.1143	-0.1706	0.1114	0.0158	0.1943	0.0459	-0.0357	55.363	-28.701	64.179
8	0.4467	-0.2052	-0.0192	1.608	0.259	1.3327	-0.054	0.003	0.0233	0.13	-0.0019	-0.2204	-0.2408	0.1752	0.0558	-0.0233	-0.0165	-0.0467	-0.0044	0.0447	-0.0886	31.603	-10.601	79.663
9	1.6494	-0.4087	-2.7896	1.2667	0.9821	5.3535	-0.2303	-0.0291	-0.0711	-0.0959	0.0483	-0.074	0.323	-0.0035	0.1819	-0.0631	-0.02	0	-0.0276	-0.0604	-0.0147	45.781	-64.285	9.97
10	0.2899	0.1206	-0.1298	2.0687	0.0413	0.9538	-0.0089	-0.0598	0.1003	-0.0042	0.0165	-0.0051	-0.2398	-0.0026	-0.0075	-0.0111	-0.0078	-0.0333	-0.0026	-0.0321	-0.027	25.038	-28.793	35.719
11	8.2427	0.5863	2.0756	3.1394	0.8461	4.6554	0.273	-0.2676	-0.1639	0.0708	-0.2786	0.3383	0.2694	-0.4659	0.0055	-0.1432	-0.0513	-0.0045	-0.0072	-0.0305	-0.0462	2.489	-55.434	38.792
12	0.7081	0.6419	-0.2622	1.5192	-0.1822	1.2145	-0.0402	0.103	0.1008	-0.1659	0.0379	0.2135	-0.1518	-0.0309	0.0024	-0.0415	-0.0183	-0.0634	0.0407	-0.0104	-0.0414	26.15	-39.137	21.381

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 92
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	93 - 293
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	294 - 361
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	362 - 542
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	3 - 92
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	93 - 293
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	294 - 361
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	362 - 540
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	1 - 92
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	93 - 293
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	294 - 361
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	362 - 541

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