PDB-2vkh: CRYSTAL STRUCTURE OF THE CATALYTIC DOMAIN OF LETHAL TOXIN FROM CL...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vkh

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF THE CATALYTIC DOMAIN OF LETHAL TOXIN FROM CLOSTRIDIUM SORDELLII IN COMPLEX WITH UDP-GLC AND CALCIUM ION

要素

CYTOTOXIN L

キーワード

TOXIN / GLYCOSYLTRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell cytosol / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / glycosyltransferase activity / cysteine-type peptidase activity / host cell endosome membrane / toxin activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

CLOSTRIDIUM SORDELLII (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Ziegler, M.O.P. / Jank, T. / Aktories, K. / Schulz, G.E.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Conformational Changes and Reaction of Clostridial Glycosylating Toxins.
著者: Ziegler, M.O.P. / Jank, T. / Aktories, K. / Schulz, G.E.

履歴

登録	2007年12月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年3月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2vkh.cif.gz	332.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2vkh.ent.gz	272.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vkh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2vkh_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2vkh_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	2vkh_validation.xml.gz	59.4 KB	表示
CIF形式データ	2vkh_validation.cif.gz	81.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/2vkh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/2vkh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2vk9C 2vkdC 2vl8 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2vl8-1 2vkd-3 2vl8-3 4dmw-d 2vkd-2 5rlj-1 5rma-1 5rlf-2 5uqk-d 5rlh-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#138 - 2011年6月グルカン分解酵素 (Glucansucrase) 類似性 (4) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (2) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CYTOTOXIN L

B: CYTOTOXIN L

C: CYTOTOXIN L

ヘテロ分子

193 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CYTOTOXIN L

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: CYTOTOXIN L

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: CYTOTOXIN L

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.170, 188.590, 203.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	CYTOTOXIN L / LETHAL TOXIN 分子量: 63606.723 Da / 分子数: 3 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1-546 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM SORDELLII (バクテリア) 株: 6018 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q46342
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-UPG / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE GLUCOPYRANOSYL-MONOPHOSPHATE ESTER / UDP-グルコ-ス分子量: 566.302 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₄N₂O₁₇P₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, VAL 13 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ILE 289 TO MET ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, VAL 13 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ILE 289 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, VAL 13 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ILE 289 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, VAL 13 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, ILE 289 TO MET

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.17 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99932
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99932 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→69.17 Å / Num. obs: 95620 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 9.8
反射シェル	解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 86

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→69.17 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.912 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.892 / SU B: 17.41 / SU ML: 0.208 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.322 / ESU R Free: 0.242 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.273	2869	3 %	RANDOM
R_work	0.235	-	-	-
obs	0.236	92751	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.72 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.66 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→69.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13201	0	111	199	13511

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	13556
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.503	1.974	18311
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.396	5	1603
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.147	25.985	685
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.094	15	2570
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.504	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	2033
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	10082
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	6526
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.313	0.2	9470
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	574
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.256	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.232	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.003	1.5	8264
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.372	2	13057
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.244	3	6032
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.349	4.5	5254
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.336	183
R_work	0.275	5916

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2327	-0.0041	-2.3012	0.7437	0.7007	7.0028	-0.2112	-0.0644	-0.1016	-0.0893	0.0234	-0.0513	0.3916	0.1401	0.1878	-0.0233	0.0043	0.0365	-0.0746	-0.0276	-0.0273	44.84	-0.429	6.935
2	0.335	0.192	0.2298	0.7312	0.0983	0.8768	-0.0889	-0.0908	0.0407	-0.0781	-0.016	0.073	-0.1791	-0.1566	0.1048	-0.035	0.0435	-0.0537	-0.0129	-0.0251	-0.0222	25.382	28.157	29.149
3	6.4956	0.6509	1.4921	2.3775	0.3255	3.9468	0.1568	-0.553	-0.0433	-0.1146	-0.1399	0.1787	0.1079	-0.5471	-0.0168	-0.1875	-0.012	0.0183	0.1638	0.0373	-0.008	2.298	5.889	36.502
4	1.3763	0.1623	-1.9701	0.7847	-0.8708	6.4211	-0.1782	0.0083	-0.0416	0.0222	0.0412	0.0487	0.3948	-0.176	0.1371	-0.0078	-0.0283	0.0239	-0.149	0.0001	-0.0381	12.081	-33.552	92.923
5	0.2577	-0.1347	-0.0234	0.8723	-0.2088	1.1234	-0.0455	0.0216	0.0013	0.098	-0.0188	-0.0748	-0.1899	0.1326	0.0642	-0.02	-0.0329	-0.04	-0.0667	0.0048	-0.0334	31.984	-5.653	70.393
6	2.8696	-0.0819	1.4178	2.1214	-0.5556	2.7609	0.1029	0.4341	0.0277	0.0513	-0.0143	-0.2514	0.1734	0.6081	-0.0885	-0.1445	0.0433	-0.0001	0.171	-0.0092	-0.0129	54.914	-28.234	63.307
7	1.3498	-0.373	-2.2427	1.0065	1.0775	5.0615	-0.1743	0.0276	-0.1078	-0.0541	-0.0478	-0.0436	0.2031	0.0227	0.2221	-0.0623	-0.0224	0.0167	-0.0544	-0.046	-0.0234	45.096	-63.598	9.881
8	0.163	0.1671	-0.1771	1.0538	0.0801	0.8443	-0.0166	0.0645	0.0016	-0.0812	0.0009	0.0696	-0.1186	-0.0399	0.0158	-0.065	-0.0148	-0.0535	-0.027	-0.0147	-0.0198	25.047	-32.989	28.811
9	3.4591	0.3628	0.9724	1.2276	0.1837	2.7722	0.0318	-0.2234	-0.0629	-0.0034	-0.0929	0.1764	0.2229	-0.4262	0.061	-0.1169	-0.0651	0.0006	0.0284	-0.0191	0.0383	2.085	-54.592	38.412

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 92
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	93 - 293
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	362 - 542
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	294 - 361
5	X-RAY DIFFRACTION	4	B	3 - 92
6	X-RAY DIFFRACTION	5	B	93 - 293
7	X-RAY DIFFRACTION	5	B	362 - 540
8	X-RAY DIFFRACTION	6	B	294 - 361
9	X-RAY DIFFRACTION	7	C	1 - 92
10	X-RAY DIFFRACTION	8	C	93 - 293
11	X-RAY DIFFRACTION	8	C	362 - 541
12	X-RAY DIFFRACTION	9	C	294 - 361

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関連情報:EMDBヘッダ

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