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- PDB-2vh9: CRYSTAL STRUCTURE OF NXG1-DELTAYNIIG IN COMPLEX WITH XLLG, A XYLO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vh9
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF NXG1-DELTAYNIIG IN COMPLEX WITH XLLG, A XYLOGLUCAN DERIVED OLIGOSACCHARIDE
要素CELLULASE
キーワードHYDROLASE / GLYCOSIDASE / FAMILY GH16 / TROPAEOLUM MAJUS XYLOGLUCANASE / XLLG OLIGOSACCHARIDE / LOOP MUTANT NXG1-YNIIG / SUBSTRATE COMPLEX / GLYCOSIDE HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


xyloglucan:xyloglucosyl transferase / xyloglucan:xyloglucosyl transferase activity / xyloglucan metabolic process / cell wall biogenesis / apoplast / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / cell wall organization / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Xyloglucan endo-transglycosylase, C-terminal / Xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase / Xyloglucan endo-transglycosylase (XET) C-terminus / Beta-glucanase/XTH / Glycosyl hydrolases family 16 / Glycoside hydrolase family 16 / Glycosyl hydrolases family 16 (GH16) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls ...Xyloglucan endo-transglycosylase, C-terminal / Xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase / Xyloglucan endo-transglycosylase (XET) C-terminus / Beta-glucanase/XTH / Glycosyl hydrolases family 16 / Glycoside hydrolase family 16 / Glycosyl hydrolases family 16 (GH16) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranose / Xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種TROPAEOLUM MAJUS (ノウゼンハレン)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Czjzek, M. / Mark, P. / Baumann, M.J. / Eklof, J.M. / Michel, G. / Brumer, H.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2009
タイトル: Analysis of Nasturtium Tmnxg1 Complexes by Crystallography and Molecular Dynamics Provides Detailed Insight Into Substrate Recognition by Family Gh16 Xyloglucan Endo-Transglycosylases and Endo-Hydrolases.
著者: Mark, P. / Baumann, M.J. / Eklof, J.M. / Gullfot, F. / Michel, G. / Kallas, A.M. / Teeri, T.T. / Brumer, H. / Czjzek, M.
履歴
登録2007年11月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月17日Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22017年7月12日Group: Derived calculations / カテゴリ: struct_conn
Item: _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id ..._struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CELLULASE
B: CELLULASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,16314
ポリマ－65,9652
非ポリマー3,19812
水9,278515
1
A: CELLULASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5817
ポリマ－32,9831
非ポリマー1,5996
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: CELLULASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5817
ポリマ－32,9831
非ポリマー1,5996
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.540, 100.540, 61.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.49973, -0.86618, 0.00027), (-0.86618, -0.49973, -0.00053), (0.00033, -0.0005, -1)
ベクター: 50.2437, 29.0705, 141.496)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 CELLULASE / XYLOGLUCAN HYDROLASE


分子量: 32982.691 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) TROPAEOLUM MAJUS (ノウゼンハレン)
組織: SEEDLING / 発現宿主: PICHIA PASTORIS (菌類)
参照: UniProt: Q07524, xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase, cellulase

-
糖 , 3種, 8分子

#2: 多糖
beta-D-galactopyranose-(1-2)-alpha-D-xylopyranose-(1-6)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 474.412 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-2DXylpa1-6DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5][a212h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2-3/a6-b1_b2-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Glcp]{[(6+1)][a-D-Xylp]{[(2+1)][b-D-Galp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-xylopyranose-(1-6)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 312.271 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DXylpa1-6DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][a212h-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Glcp]{[(6+1)][a-D-Xylp]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 519分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 515 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THE LOOP YNIIG (RESIDUES 122-126) HAS BEEN DELETED

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: THE PROTEIN CRYSTALLIZED IN SITTING DROPS (CORNING 96 WELL PLATE) MIXING 300 NL OF PROTEIN SOLUTION WITH 150 NL OF WELL SOLUTION CONTAINING 0.2 M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1 M MES BUFFER AT PH 6.0 AND 20% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→45 Å / Num. obs: 213252 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2UWB

2uwb


解像度: 2.1→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 3.913 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.203 2010 5 %RANDOM
Rwork0.148 ---
obs0.151 37994 99.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.18 Å2-0.09 Å20 Å2
2---0.18 Å20 Å2
3---0.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4298 0 200 515 5013
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0224654
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023822
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4721.9786348
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.81538938
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1765530
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.17223.894226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.00215650
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8771522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2674
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025046
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02976
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2580.2877
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2070.23901
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1880.22222
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.22427
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.180.2417
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.140.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1860.274
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2260.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8991.53402
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.03724300
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.67632466
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.524.52048
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.257 139
Rwork0.195 2719

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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