PDB-2vgx: Structure of the Yersinia enterocolitica Type III Secretion Trans...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vgx

タイトル

Structure of the Yersinia enterocolitica Type III Secretion Translocator Chaperone SycD

要素

(CHAPERONE SYCD) x 2

キーワード

CHAPERONE / ALTERNATIVE DIMER ASSEMBLY / SYCD / TETRATRICOPEPTIDE REPEAT / TYPE III SECRETION

機能・相同性

機能・相同性情報

Tetratricopeptide TPR-3 / Tetratricopeptide repeat / Type III secretion system, low calcium response, chaperone LcrH/SycD, subgroup / Type III secretion system, low calcium response, chaperone LcrH/SycD / Tetratricopeptide repeat domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

YERSINIA ENTEROCOLITICA (腸炎エルシニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Buttner, C.R. / Sorg, I. / Cornelis, G.R. / Heinz, D.W. / Niemann, H.H.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structure of the Yersinia Enterocolitica Type III Secretion Chaperone Sycd
著者: Buttner, C.R. / Sorg, I. / Cornelis, G.R. / Heinz, D.W. / Niemann, H.H.

履歴

登録	2007年11月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2019年4月3日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2019年7月17日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.5	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2vgx.cif.gz	70.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2vgx.ent.gz	53.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vgx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2vgx_validation.pdf.gz	432.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2vgx_full_validation.pdf.gz	439.3 KB	表示
XML形式データ	2vgx_validation.xml.gz	14.6 KB	表示
CIF形式データ	2vgx_validation.cif.gz	19.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vg/2vgx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vg/2vgx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2vgyC 2fo7S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5kbn-2 2xcb-1 3aei-d 3hue-d 7a26-7 7a26-3 3ks2-3 5uhq-1 3ljn-d 6bx4-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CHAPERONE SYCD

B: CHAPERONE SYCD

33.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: CHAPERONE SYCD

B: CHAPERONE SYCD

A: CHAPERONE SYCD

B: CHAPERONE SYCD

ソフトウェアが定義した集合体
66.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.247, 32.979, 96.731
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 122.34, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.52427, -0.17018, 0.83437), (-0.11921, -0.98485, -0.12596), (0.84317, -0.03343, -0.53661)
ベクター: 3.39018, -4.65049, -8.92715)

#1: タンパク質	CHAPERONE SYCD 分子量: 16655.039 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 21-163 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) YERSINIA ENTEROCOLITICA (腸炎エルシニア) 解説: YERSINIA ENTEROCOLITICA VIRULENCE PLASMID PYVE227 FROM STRAIN W22703 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: O87496
#2: タンパク質	CHAPERONE SYCD 分子量: 16736.174 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 21-163 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) YERSINIA ENTEROCOLITICA (腸炎エルシニア) 解説: YERSINIA ENTEROCOLITICA VIRULENCE PLASMID PYVE227 FROM STRAIN W22703 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: O87496
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
非ポリマーの詳細	N-DIMETHYL-LYSINE (MLY): REDUCTIVE METHYLATION
配列の詳細	SYCD RESIDUES 21-163. FIVE ADDITIONAL RESIDUES AT THE N- TERMINUS DUE TO PRESCISSION PROTEASE CLEAVAGE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 43 % / 解説: MR SEARCH MODEL WAS PREPARED AS MIXED MODEL
結晶化	温度: 277 K 詳細: 0.1M TRI-SODIUM CITRATE, 20% PEG 4000, 20% 2-PROPANOL AT 4 DEGREES CELSIUS

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長
シンクロトロン	ESRF	ID23-1	1	0.97925
シンクロトロン	EMBL/DESY, HAMBURG	X12	2	1.2781

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC CCD	1	CCD	2007年2月15日
	2

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2		M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97925	1
2	1.2781	1

反射

解像度: 1.95→45.3 Å / Num. obs: 21282 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 22.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / R_sym value: 0.1 / Net I/σ(I): 13.1

反射シェル

解像度: 1.95→2.05 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / R_sym value: 0.41 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2FO7

2fo7

解像度: 1.95→45.31 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.903 / SU B: 3.306 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.227	1065	5 %	RANDOM
R_work	0.175	-	-	-
obs	0.178	20217	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.93 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.91 Å²	0 Å²	-0.13 Å²
2-	-	0.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→45.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2205	0	0	137	2342

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.021	2248
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.443	2.009	3028
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.39	5	277
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.967	24.857	105
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.743	15	328
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.81	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	319
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1744
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	949
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.309	0.2	1549
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.191	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.273	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.014	2	1421
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.998	3	2177
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.439	2	929
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.542	3	851
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.256	79
R_work	0.201	1484

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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