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- PDB-2veo: X-ray structure of Candida antarctica lipase A in its closed state. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2veo
タイトルX-ray structure of Candida antarctica lipase A in its closed state.
要素LIPASE A
キーワードHYDROLASE / LIPASE / INTERFACIAL ACTIVATION / SUBSTRATE SPECIFICITY
機能・相同性
機能・相同性情報


triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / lipid catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
434 Repressor (Amino-terminal Domain) - #130 / Secretory lipase / Lipase, secreted / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URANYL (VI) ION / Lipase A
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOZYMA ANTARCTICA (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Ericsson, D.J. / Kasrayan, A. / Johansson, P. / Bergfors, T. / Sandstrom, A.G. / Backvall, J.E. / Mowbray, S.L.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: X-Ray Structure of Candida Antarctica Lipase a Shows a Novel Lid Structure and a Likely Mode of Interfacial Activation.
著者: Ericsson, D.J. / Kasrayan, A. / Johansson, P. / Bergfors, T. / Sandstrom, A.G. / Backvall, J.E. / Mowbray, S.L.
履歴
登録2007年10月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LIPASE A
B: LIPASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,7708
ポリマ－94,4042
非ポリマー1,3666
水8,395466
1
A: LIPASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9364
ポリマ－47,2021
非ポリマー7343
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: LIPASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8344
ポリマ－47,2021
非ポリマー6323
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)91.539, 91.539, 299.842
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.7025, -0.7068, 0.0837), (0.7027, -0.7074, -0.0761), (0.113, 0.0053, 0.9936)
ベクター: 80.8888, -27.2256, 32.114)

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要素

#1: タンパク質 LIPASE A


分子量: 47201.984 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 88-528 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOZYMA ANTARCTICA (菌類)
解説: CANDIDA ANTARCTICA RECLASSIFIED AS PSEUDOZYMA APHIDIS IN 2006.
プラスミド: PPICZALPHA-C / 発現宿主: PICHIA PASTORIS (菌類) / 株 (発現宿主): X33 / 参照: UniProt: W3VKA4, triacylglycerol lipase
#2: 化合物
ChemComp-IUM / URANYL (VI) ION


分子量: 270.028 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2U
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 466 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細URANYL (VI) ION (IUM): URANYL OXYGENS IMPOSSIBLE TO PLACE DUE TO LOW OCCUPANCY.
配列の詳細PRIMARY AMINO ACID SEQUENCE UNAVAILABLE FROM ANY DATABASE AT TIME OF DEPOSITION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.4
詳細: 2 MICROLITER 10 MILLIGRAM/MILLILITER PROTEIN IN 0.002M TRIS-HCL, PH 8.0 MIXED WITH 1 MICROLITER 0.2M AMMONIUM SULFATE, 0.1M BIS-TRIS, PH 5.5, AND 25% (W/V) PEG 3350.

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9537
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 63098 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 21.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 85.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Oモデル構築
SCALAデータスケーリング
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
SHARP位相決定
O位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 3.698 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 3194 5.1 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.192 59774 96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20 Å20 Å2
2--0.07 Å20 Å2
3----0.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6504 0 23 466 6993
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0226705
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9371.9599176
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6225858
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.44725.109274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.17615970
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2241516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.21030
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.025184
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1710.23198
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.24675
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0960.2430
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1760.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1510.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2551.54395
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.45726948
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.56432630
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.9534.52228
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.315 194
Rwork0.256 3679

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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