PDB-2va8: DNA Repair Helicase Hel308

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2va8

タイトル

DNA Repair Helicase Hel308

要素

SKI2-TYPE HELICASE

キーワード

HYDROLASE / HEL308 / SSO2462 / HELICASE / DNA REPAIR / ATP-BINDING / NUCLEOTIDE-BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

Sec63 N-terminal domain-like fold - #30 / Sec63 N-terminal domain-like fold / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Johnson, K.A. / Richards, J. / Liu, H. / McMahon, S. / Oke, M. / Carter, L. / Naismith, J.H. / White, M.F.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Structure of the DNA Repair Helicase Hel308 Reveals DNA Binding and Autoinhibitory Domains.
著者: Richards, J.D. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcrobbie, A.M. / Mcmahon, S. / Oke, M. / Carter, L. / Naismith, J.H. / White, M.F.

履歴

登録	2007年8月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2014年12月31日	Group: Data collection / Derived calculations
改定 1.3	2019年10月16日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_status ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_status / reflns / reflns_shell Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.status_code_sf ..._exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.status_code_sf / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.4	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2va8.cif.gz	279.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2va8.ent.gz	225.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2va8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/2va8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/2va8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5wx1-d 2p6u-d 2awn-1 2zj8-d 1vci-1 5a9j-1 5a9j-2 4p3c-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SKI2-TYPE HELICASE

B: SKI2-TYPE HELICASE

ヘテロ分子

164 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SKI2-TYPE HELICASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
81.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: SKI2-TYPE HELICASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
82.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.657, 138.083, 107.551
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.65, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.44, -0.581, -0.685), (-0.574, -0.769, 0.283), (-0.691, 0.269, -0.671)
ベクター: 0.27901, 0.12339, 0.154)

#1: タンパク質	SKI2-TYPE HELICASE / SSO2462 分子量: 81584.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌) / 株: PBL 2025 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	THE SEQUENCE FOR THE PROTEIN HAS BEEN DEPOSITED WITH THE EMBL DATABASE WITH ACCESSION NUMBER: ...THE SEQUENCE FOR THE PROTEIN HAS BEEN DEPOSITED WITH THE EMBL DATABASE WITH ACCESSION NUMBER: AM778123. AT THE TIME OF PROCESSING, NO UNIPROT SEQUENCE ACCESSION IS AVAILABLE. AT A LATER DATE WHEN AN UNIPROT DATABASE REFERENCE IS AVAILABLE, THE CROSS-REFERENCE AND MAPPING WILL BE MAINTAINED VIA THE MSD SIFTS INITIATIVE AS DESCRIBED IN THE WWPDB ANNOTATION POLICY. HTTP://WWW.EBI.AC.UK/MSD-SRV/DOCS/SIFTS/ AUTHOR'S NOTE: THOUGH WE CLONED THE ENTIRE SEQUENCE, OUR COLLABORATOR NOW BELIEVES THAT THE TRUE START OF THE PROTEIN IS METHIONINE 8, HENCE OUR STRUCTURE IS NUMBERED FROM THIS RESIDUE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 57 % / 解説: NONE
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 15.3% PEG8000, 0.1M SODIUM CACODYLATE, PH6.5, 0.13M AMMONIUM SULFATE AND 0.03M MAGNESIUM CHLORIDE

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長
シンクロトロン	ESRF	ID14-1	1	0.934
シンクロトロン	ESRF	BM14	2	0.934

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
ADSC CCD	1	CCD	2006年12月12日	MIRRORS
ADSC CCD	2	CCD

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	DIAMOND (111)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2			M	x-ray	1

放射波長

波長: 0.934 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 79222 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 14.7

反射シェル

解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.309 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: TRACED FROM MAD DATASET

解像度: 2.3→107.21 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.907 / SU B: 15.656 / SU ML: 0.187 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.304 / ESU R Free: 0.235 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.259	3995	5 %	RANDOM
R_work	0.212	-	-	-
obs	0.214	75297	99.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.77 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.67 Å²	0 Å²	-3.11 Å²
2-	-	-0.11 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→107.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11116	0	35	146	11297

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	11340
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.182	1.987	15325
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.497	5	1384
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.879	24.651	516
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.02	15	2142
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.446	15	72
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	1736
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	8342
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	5157
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.297	0.2	7782
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	429
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.179	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.293	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.505	1.5	7143
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.827	2	11128
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.341	3	4807
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.101	4.5	4197
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.298	294
R_work	0.228	5486

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6615	-1.2467	1.5928	3.2545	-0.8153	4.7947	0.0463	-0.1744	-0.2068	0.1622	-0.0185	-0.0133	0.2487	-0.0465	-0.0277	-0.2675	0.025	0.0642	-0.0586	0.0631	-0.2531	14.6268	12.284	51.9516
2	4.1083	-1.3913	0.1387	6.6701	-0.0265	2.7759	0.1713	-0.5127	-0.7936	-0.0596	0.0437	0.4365	0.7429	-0.3747	-0.215	-0.0838	-0.1853	-0.0003	0.0174	0.2373	-0.1392	-12.5622	-0.2023	41.5706
3	2.7158	-1.4449	0.2469	3.3009	-0.3237	1.4391	-0.1974	0.6786	0.2756	-0.2422	-0.0019	-0.4194	0.1319	0.7343	0.1993	-0.2381	-0.0188	0.1222	0.2973	0.1591	-0.1279	21.8626	24.4463	28.6527
4	5.0561	1.8357	0.9016	3.4581	-0.273	3.2191	-0.3525	0.036	0.4727	-0.3106	-0.0967	0.1669	-0.4236	0.0221	0.4492	-0.2356	-0.0053	-0.0301	-0.3002	0.0245	-0.1995	-4.3471	34.052	27.7923
5	6.0334	0.1626	1.2831	7.4861	6.6075	14.5522	-0.0397	-0.4812	-0.2746	1.1688	-0.2693	0.5501	0.3939	-0.4566	0.309	0.2383	0.1108	0.1009	-0.1438	-0.1894	0.1422	-12.2921	45.5988	53.9844
6	2.7163	-0.6487	1.3059	3.1174	-1.6192	4.9539	0.244	0.5797	0.0931	-0.4614	-0.1653	0.0441	-0.1306	0.522	-0.0787	-0.0371	0.087	-0.02	-0.0925	-0.0308	-0.1937	-20.5103	13.9322	-25.0592
7	5.9173	1.7634	0.1754	4.6271	-0.3224	4.6713	-0.5734	0.1885	0.7843	-0.4377	0.0675	-0.0484	-1.0325	0.424	0.5059	0.1257	-0.0781	-0.2283	-0.3658	0.0649	-0.0302	-18.2398	35.9494	-2.8769
8	3.1607	-0.6522	-1.4038	3.4725	-0.6556	2.7632	0.3216	0.3111	-0.2094	-0.1034	-0.011	-0.3751	0.5413	0.7179	-0.3106	0.0544	0.2628	-0.2288	-0.1042	-0.189	-0.0018	-8.5349	-6.3344	-11.3002
9	3.3633	-0.6282	1.0537	4.4489	1.1321	3.7339	0.3659	-0.5126	-0.5568	0.3436	0.0663	0.1771	0.5516	-0.2741	-0.4323	-0.1951	-0.0899	-0.018	-0.2894	0.1166	-0.1522	-24.7737	1.0331	10.1609
10	14.7933	2.5121	8.5471	3.335	4.2697	11.6381	0.5703	-0.7783	-0.3058	-0.6	-0.7025	0.995	-0.3956	-1.3098	0.1322	-0.1897	0.0434	0.0051	0.1613	-0.0687	0.2791	-51.8255	5.5149	0.8589

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 199
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	200 - 415
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	416 - 500
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	501 - 644
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	645 - 705
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	1 - 199
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	200 - 415
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	416 - 500
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	501 - 644
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	645 - 705

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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