PDB-2v90: Crystal structure of the 3rd PDZ domain of intestine- and kidney-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2v90

タイトル

Crystal structure of the 3rd PDZ domain of intestine- and kidney- enriched PDZ domain IKEPP (PDZD3)

要素

PDZ DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 3

キーワード

PROTEIN BINDING / PDZD3 / MEMBRANE / PDZ DOMAIN / PROTEIN-BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

guanylate cyclase inhibitor activity / Intestinal infectious diseases / receptor guanylyl cyclase signaling pathway / water transport / negative regulation of cGMP-mediated signaling / apical junction complex / ion channel inhibitor activity / ubiquitin-specific protease binding / brush border / monoatomic ion transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Uppenberg, J. / Gileadi, C. / Phillips, C. / Elkins, J. / Bunkoczi, G. / Cooper, C. / Pike, A.C.W. / Salah, E. / Ugochukwu, E. / Arrowsmith, C.H. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the 3Rd Pdz Domain of Intestine- and Kidney-Enriched Pdz Domain Ikepp (Pdzd3)
著者: Uppenberg, J. / Gileadi, C. / Phillips, C. / Elkins, J. / Bunkoczi, G. / Cooper, C. / Pike, A.C.W. / Salah, E. / Ugochukwu, E. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Doyle, D.A.

履歴

登録	2007年8月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2018年2月28日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.3	2020年3月4日	Group: Derived calculations / Other カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop Item: _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.4	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2v90.cif.gz	123.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2v90.ent.gz	98.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2v90_validation.pdf.gz	470.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2v90_full_validation.pdf.gz	477.1 KB	表示
XML形式データ	2v90_validation.xml.gz	26.5 KB	表示
CIF形式データ	2v90_validation.cif.gz	37.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v9/2v90 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v9/2v90	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1g9oS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2c0m-1 5ibk-1 4a6o-d 4w6y-d 5ibk-2 5ohb-d 5oha-d 1dpr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PDZ DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 3

B: PDZ DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 3

C: PDZ DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 3

D: PDZ DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 3

E: PDZ DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 3

F: PDZ DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 3

ヘテロ分子

61.8 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PDZ DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 3

C: PDZ DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 3

E: PDZ DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PDZ DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 3

D: PDZ DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 3

F: PDZ DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.150, 97.950, 59.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.59, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	5	A	244 - 267
2	1	1	5	B	244 - 267
3	1	1	5	C	244 - 267
4	1	1	5	D	244 - 267
5	1	1	5	E	244 - 267
6	1	1	5	F	244 - 267
1	2	1	5	A	275 - 299
2	2	1	5	B	275 - 299
3	2	1	5	C	275 - 299
4	2	1	5	D	275 - 299
5	2	1	5	E	275 - 299
6	2	1	5	F	275 - 299
1	3	1	5	A	300 - 332
2	3	1	5	B	300 - 332
3	3	1	5	C	300 - 332
4	3	1	5	D	300 - 332
5	3	1	5	E	300 - 332
6	3	1	5	F	300 - 332

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.99996, -0.00619, 0.00578), (0.00632, 0.99972, -0.02263), (-0.00564, 0.02266, 0.99973)	19.25825, 48.58855, 30.25384
2	given	(-0.99996, 0.0079, -0.00499), (0.00035, -0.50209, -0.86482), (-0.00933, -0.86478, 0.50206)	29.15355, -51.12002, -29.03732
3	given	(-0.99977, 0.0197, -0.008), (-0.00293, -0.50012, -0.86595), (-0.02106, -0.86573, 0.50006)	48.38662, -2.11191, 0.71022
4	given	(0.99994, -0.0072, 0.00877), (-0.01131, -0.57358, 0.81907), (-0.00087, -0.81912, -0.57362)	0.2344, -28.58708, -43.79194
5	given	(0.99996, -0.00392, 0.00802), (-0.00881, -0.57748, 0.81635), (0.00143, -0.81639, -0.5775)	19.1838, 20.06012, -14.01673

#1: タンパク質	PDZ DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 3 / PDZ DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2 / INTESTINAL AND KIDNEY-ENRICHED PDZ PROTEIN / INTESTINE- AND ...PDZ DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2 / INTESTINAL AND KIDNEY-ENRICHED PDZ PROTEIN / INTESTINE- AND KIDNEY-ENRICHED PDZ DOMAIN IKEPP 分子量: 10257.568 Da / 分子数: 6 / 断片: PDZ DOMAIN, RESIDUES 246-335 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC-BSA4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): R3 / 参照: UniProt: Q86UT5
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 388 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE LAST 4 RESIDUES (GLU336-VAL339) IS A COMMON PDZ-BINDING SEQUENCE ENGINEERED AT THE C-TERMINUS ...THE LAST 4 RESIDUES (GLU336-VAL339) IS A COMMON PDZ-BINDING SEQUENCE ENGINEERED AT THE C-TERMINUS OF THE PROTEIN TO PROMOTE MACROMOLECULAR CONTACTS. THE FIRST TWO RESIDUES BELONG TO A CLEAVED HIS-TAG LINKER

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 42 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 5.5 / 詳細: 2M (NH4)2SO4, 0.1M BIS-TRIS, PH=5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.03315
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月16日
放射	モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03315 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→42.7 Å / Num. obs: 36079 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 9.8
反射シェル	解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 94.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.3.0034	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1G9O

1g9o

解像度: 2→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 9.184 / SU ML: 0.135 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.216 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.256	1798	5 %	RANDOM
R_work	0.193	-	-	-
obs	0.196	34206	97.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.85 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.64 Å²	0 Å²	-0.59 Å²
2-	-	0.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4213	0	15	388	4616

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	4320
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3042
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.475	1.992	5825
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.923	3	7415
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.891	5	560
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.09	24.233	189
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.858	15	738
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.96	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	625
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4886
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	816
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	720
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.202	0.2	3059
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	1965
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	2520
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	282
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.259	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.25	0.2	103
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.153	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.276	3	2885
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.324	5	4429
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.078	8	1597
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.687	11	1396
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	458	medium positional	0.22	0.5
2	B	458	medium positional	0.2	0
3	C	458	medium positional	0.17	0
4	D	458	medium positional	0.2	0
5	E	458	medium positional	0.24	0
6	F	458	medium positional	0.28	0
1	A	522	loose positional	0.52	5
2	B	522	loose positional	0.58	0.01
3	C	522	loose positional	0.4	0
4	D	522	loose positional	0.41	0
5	E	522	loose positional	0.51	0
6	F	522	loose positional	0.62	0
1	A	458	medium thermal	1.35	2
2	B	458	medium thermal	1.23	0
3	C	458	medium thermal	1.19	0
4	D	458	medium thermal	1.17	0
5	E	458	medium thermal	1.11	0
6	F	458	medium thermal	1.15	0
1	A	522	loose thermal	1.23	10
2	B	522	loose thermal	1.15	0.02
3	C	522	loose thermal	1.26	0
4	D	522	loose thermal	1.16	0
5	E	522	loose thermal	1.19	0
6	F	522	loose thermal	1.12	0

LS精密化シェル

解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.316	109
R_work	0.212	2477

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4807	-0.1868	-0.2934	1.0563	-0.2742	0.6207	0.1687	-0.2304	0.0532	0.1656	-0.0877	-0.0234	0.0417	-0.0337	-0.0809	-0.021	-0.0306	0.0058	-0.0803	-0.0122	-0.0702	5.2995	-41.8697	-9.6254
2	3.0706	0.328	0.0924	1.1388	0.2339	1.2009	0.1567	-0.2553	0.1195	0.2491	-0.1393	0.0433	0.011	-0.0693	-0.0174	-0.0122	-0.0278	0.0207	-0.068	-0.0156	-0.0683	24.7695	7.0052	19.6598
3	3.3846	-0.5972	-0.2844	1.5008	0.1992	0.7576	-0.0078	-0.08	-0.3736	0.2709	0.0279	-0.123	0.1497	0.0288	-0.0201	-0.0386	0.0087	-0.0177	-0.05	-0.0275	-0.0192	23.7061	-21.5426	1.95
4	3.3111	-0.9149	-0.5183	2.2305	0.8506	1.0788	-0.0142	-0.1475	-0.2936	0.3336	0.0264	-0.1596	0.1467	0.1002	-0.0122	0.0129	0.0052	-0.0304	-0.0652	-0.0088	-0.0588	42.5827	27.2955	31.6913
5	2.7214	-0.3478	0.9577	0.9487	0.1659	1.5781	-0.0155	0.1338	0.0797	-0.0223	-0.0865	0.0371	-0.0951	-0.0824	0.1019	-0.0519	0.0249	0.0076	-0.0444	-0.0379	-0.0551	5.6602	-12.6624	-3.8867
6	3.222	-0.3194	1.2404	0.8533	0.3897	1.4356	0.0595	0.1987	0.1127	-0.0673	-0.1346	0.0731	-0.1336	-0.0896	0.0751	0.0221	0.0325	-0.0158	-0.0174	-0.0282	-0.0493	24.439	36.1391	25.7232

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	244 - 339
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	244 - 339
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	244 - 339
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	244 - 339
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	244 - 339
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	244 - 339

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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