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- PDB-2v7e: Crystal structure of coactivator-associated arginine methyltransf... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v7e
タイトルCrystal structure of coactivator-associated arginine methyltransferase 1 (CARM1), unliganded
要素HISTONE-ARGININE METHYLTRANSFERASE CARM1
キーワードTRANSFERASE / ARGININE METHYLTRANSFERASE / S-ADENOSYL-L-METHIONINE / TRANSCRIPTION REGULATION / HISTONE MODIFICATION / CO- ACTIVATOR / METHYLTRANSFERASE / CHROMATIN REGULATOR / NUCLEUS / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3R26 methyltransferase activity / regulation of growth plate cartilage chondrocyte proliferation / histone H3R17 methyltransferase activity / endochondral bone morphogenesis / histone H3R2 methyltransferase activity / RMTs methylate histone arginines / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / type I protein arginine methyltransferase / negative regulation of dendrite development / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity ...histone H3R26 methyltransferase activity / regulation of growth plate cartilage chondrocyte proliferation / histone H3R17 methyltransferase activity / endochondral bone morphogenesis / histone H3R2 methyltransferase activity / RMTs methylate histone arginines / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / type I protein arginine methyltransferase / negative regulation of dendrite development / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / Cytoprotection by HMOX1 / protein methyltransferase activity / Estrogen-dependent gene expression / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / replication fork reversal / protein-arginine N-methyltransferase activity / histone methyltransferase activity / nuclear replication fork / positive regulation of fat cell differentiation / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / response to cAMP / protein localization to chromatin / estrogen receptor signaling pathway / nuclear receptor coactivator activity / lysine-acetylated histone binding / RNA polymerase II transcription regulator complex / methylation / cell population proliferation / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Histone-arginine methyltransferase CARM1, N-terminal / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 N terminal / Ribosomal protein L11 methyltransferase (PrmA) / Hnrnp arginine n-methyltransferase1 / Hnrnp arginine n-methyltransferase1 / Arginine methyltransferase oligomerization subdomain / Protein arginine N-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase PRMT-type domain profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / Distorted Sandwich ...Histone-arginine methyltransferase CARM1, N-terminal / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 N terminal / Ribosomal protein L11 methyltransferase (PrmA) / Hnrnp arginine n-methyltransferase1 / Hnrnp arginine n-methyltransferase1 / Arginine methyltransferase oligomerization subdomain / Protein arginine N-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase PRMT-type domain profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / Distorted Sandwich / PH-like domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Histone-arginine methyltransferase CARM1
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Yue, W.W. / Hassler, M. / Roe, S.M. / Thompson-Vale, V. / Pearl, L.H.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2007
タイトル: Insights Into Histone Code Syntax from Structural and Biochemical Studies of Carm1 Methyltransferase
著者: Yue, W.W. / Hassler, M. / Roe, S.M. / Thompson-Vale, V. / Pearl, L.H.
履歴
登録2007年7月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HISTONE-ARGININE METHYLTRANSFERASE CARM1
B: HISTONE-ARGININE METHYLTRANSFERASE CARM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,8115
ポリマ－78,2092
非ポリマー6023
水1,874104
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3850 Å2
ΔGint-37.4 kcal/mol
Surface area32000 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)74.146, 98.018, 206.915
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2023-

HOH

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要素

#1: タンパク質 HISTONE-ARGININE METHYLTRANSFERASE CARM1 / PROTEIN ARGININE N-METHYLTRANSFERASE 4 / COACTIVATOR-ASSOCIATED ARGININE METHYLTRANSFERASE 1


分子量: 39104.582 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 147-490 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PFASTBAC-HTA / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9WVG6, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細RESIDUES 145 AND 146 OF CHAINS A AND B ARE VECTOR-DERIVED SEQUENCE (VECTOR USED IS PFASTBAC-HTA).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.99 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 1.6M DI-AMMONIUM HYDROGENPHOSPHATE, 100MM HEPES PH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9776
検出器検出器: CCD / 日付: 2005年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9776 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 19941 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.21 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ORI

1ori


解像度: 2.7→30.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 30.831 / SU ML: 0.31 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.387 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: DISORDERED REGIONS WERE MODELED STEREOCHEMICALLY. CRYOBUFFER CONTAINS 1MM EMP. 3 PARTIALLY- DISORDERED HG ATOMS WITH LOW OCCUPANCY (< 0.5) WERE FOUND CLOSE TO CYS194 CHAIN B, CYS439 CHAIN A AND CYS421 CHAIN A.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 1082 5.2 %RANDOM
Rwork0.228 ---
obs0.23 19925 99.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.4 Å20 Å20 Å2
2--0.09 Å20 Å2
3----2.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→30.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5039 0 3 104 5146
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0225169
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.141.9427025
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2165642
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.84824.224232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.01115829
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3341520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2787
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023931
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.22351
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.23498
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1290.2205
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2260.286
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1860.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2241.53294
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.39725159
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.58632138
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.9094.51866
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.351 74
Rwork0.274 1437
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
118.873-2.36890.26142.83940.15562.77460.43130.40180.3214-0.2707-0.20330.0774-0.07120.039-0.228-0.0294-0.06970.0221-0.22640.0355-0.277716.91-38.67735.543
26.94182.2216-6.54978.57623.02279.51120.31410.23690.2197-0.6393-0.21260.2338-0.7891-0.2223-0.10150.0383-0.0724-0.0279-0.26850.012-0.247820.304-33.27245.502
32.80251.5763-1.3772.1653-0.3813.15230.07880.19120.2536-0.0410.1196-0.0506-0.94630.0514-0.19840.1342-0.03270.0469-0.115-0.0434-0.190618.696-27.59742.194
40.8383-0.5906-0.00460.5398-0.24990.51770.15460.39780.263-0.0621-0.2483-0.0816-0.17560.08220.09370.2422-0.05070.1004-0.03020.0185-0.14847.948-21.48415.028
52.7518-0.38631.90811.1518-2.37315.36110.07320.14150.13930.0050.0462-0.0192-0.36570.2922-0.11940.134-0.02260.096-0.0859-0.0475-0.214320.214-28.32816.124
61.57911.12641.05942.5828-0.36657.2610.0059-0.44550.34470.41950.03040.8235-1.4891-0.4082-0.03630.40680.12210.16020.2260.04910.086616.01-18.27412.455
78.3515-2.4521-1.57666.0983-0.07284.78870.27290.2089-0.118-0.2521-0.08840.1289-0.2789-0.3848-0.18450.18340.10260.0662-0.17130.0228-0.3473-20.014-15.4415.311
83.48371.5322-3.22723.66480.82078.28470.3615-0.13760.32740.1002-0.024-0.2671-0.86810.2766-0.33750.53430.08830.0921-0.13280.0348-0.1282-16.318-2.40717.932
91.1132-0.15670.42740.2469-0.1810.75560.0807-0.0048-0.02030.0532-0.02190.0944-0.2236-0.175-0.0588-0.01740.04260.062-0.22580.0029-0.3191-13.185-26.70134.624
102.0951-1.2275-0.50264.0939-0.60713.3011-0.00740.0592-0.1215-0.05110.02730.28640.0731-0.4817-0.0198-0.17460.01720.0188-0.1654-0.0303-0.2764-24.382-28.35831.749
114.66881.5649-1.4934.47090.55113.8048-0.0881-0.243-0.00060.02590.02250.13140.1769-0.10380.0656-0.03170.07490.0076-0.16480.0086-0.2922-19.318-31.95443.18
1212.99876.0453-7.5455.6882-2.79688.90570.1642-0.8077-0.49520.6959-0.5-0.079-0.08810.21710.3358-0.04810.1280.0246-0.17190.0059-0.2089-16.2-34.91241.794
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A155 - 184
2X-RAY DIFFRACTION2A185 - 221
3X-RAY DIFFRACTION3A222 - 275
4X-RAY DIFFRACTION4A276 - 335
5X-RAY DIFFRACTION5A336 - 429
6X-RAY DIFFRACTION6A430 - 476
7X-RAY DIFFRACTION7B155 - 185
8X-RAY DIFFRACTION8B186 - 250
9X-RAY DIFFRACTION9B251 - 336
10X-RAY DIFFRACTION10B337 - 422
11X-RAY DIFFRACTION11B423 - 455
12X-RAY DIFFRACTION12B456 - 476

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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