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- PDB-2v78: Crystal structure of Sulfolobus solfataricus 2-keto-3-deoxyglucon... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v78
タイトルCrystal structure of Sulfolobus solfataricus 2-keto-3-deoxygluconate kinase
要素FRUCTOKINASE
キーワードTRANSFERASE / KINASE / PFKB FAMILY CARBOHYDRATE KINASE / 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


2-dehydro-3-deoxyglucono/galactono-kinase / 2-dehydro-3-deoxygalactonokinase activity / 2-dehydro-3-deoxygluconokinase activity / phosphorylation / nucleotide binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-dehydro-3-deoxygluconokinase/2-dehydro-3-deoxygalactonokinase
類似検索 - 構成要素
生物種SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Potter, J.A. / Theodossis, A. / Kerou, M. / Lamble, H.J. / Bull, S.D. / Hough, D.W. / Danson, M.J. / Taylor, G.L.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2008
タイトル: The Structure of Sulfolobus Solfataricus 2-Keto-3-Deoxygluconate Kinase.
著者: Potter, J.A. / Kerou, M. / Lamble, H.J. / Bull, S.D. / Hough, D.W. / Danson, M.J. / Taylor, G.L.
履歴
登録2007年7月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FRUCTOKINASE
B: FRUCTOKINASE
C: FRUCTOKINASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,7563
ポリマ－104,7563
非ポリマー00
水8,323462
1
A: FRUCTOKINASE
B: FRUCTOKINASE
C: FRUCTOKINASE

A: FRUCTOKINASE
B: FRUCTOKINASE
C: FRUCTOKINASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,5126
ポリマ－209,5126
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area16110 Å2
ΔGint-85.53 kcal/mol
Surface area62750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.865, 104.865, 422.502
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 2 - 311 / Label seq-ID: 2 - 311

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.499, 0.357, 0.79), (0.314, -0.775, 0.548), (0.808, 0.521, 0.275)-74.49928, 15.89086, 40.03625
2given(-0.508, -0.359, -0.783), (0.322, 0.764, -0.559), (0.799, -0.536, -0.272)-74.70044, 16.36462, 39.8315

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要素

#1: タンパク質 FRUCTOKINASE / 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASE


分子量: 34918.715 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97U29, fructokinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 462 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.09 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→76.3 Å / Num. obs: 91205 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 7.2 / 冗長度: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 26.8
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.21 / Mean I/σ(I) obs: 7.2 / % possible all: 81.4

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→46.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 5.536 / SU ML: 0.08 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.198 4554 5 %RANDOM
Rwork0.162 ---
obs0.164 86496 96.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→46.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7335 0 0 462 7797
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0227819
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7991.97610642
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.08951016
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.02224.494356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.572151416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.951547
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1390.21200
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.025948
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.23536
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3160.25520
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.2484
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.260.2100
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1850.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1461.55017
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.72527881
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.03533201
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4364.52737
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2228 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Amedium positional0.320.5
2Bmedium positional0.290.5
3Cmedium positional0.280.5
1Amedium thermal1.432
2Bmedium thermal1.452
3Cmedium thermal1.422
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.247 260
Rwork0.177 4785
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.15150.1048-0.04150.39760.00770.22830.0141-0.0104-0.0119-0.02310.0006-0.0246-0.02760.0245-0.01480.0172-0.02320.0071-0.0334-0.0054-0.0263-26.801220.37294.8145
20.14130.1553-0.06520.25860.00680.25180.0216-0.032-0.01180.0048-0.0269-0.0310.0073-0.00380.00530.008-0.0238-0.0027-0.0165-0.0006-0.0269-50.1125-5.662830.2916
30.1260.00750.10520.5713-0.06280.1615-0.0116-0.00270.01340.03510.01790.0592-0.0414-0.0411-0.00640.01210.0190.0131-0.02890.0052-0.0034-72.099120.55716.1924
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 312
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 312
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 312

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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