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万見
- PDB-2v6f: Structure of Progesterone 5beta-Reductase from Digitalis Lanata -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v6f
タイトルStructure of Progesterone 5beta-Reductase from Digitalis Lanata
要素PROGESTERONE 5-BETA-REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / TYROSINE-DEPENDENT OXIDOREDUCTASE / SDR / REDUCTASE / CARDENOLIDES / CARDIAC GLYCOSIDES
機能・相同性
機能・相同性情報


Delta4-3-oxosteroid 5beta-reductase / Delta4-3-oxosteroid 5beta-reductase activity / lipid metabolic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / PRISE-like Rossmann-fold domain / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-oxo-Delta(4,5)-steroid 5-beta-reductase
類似検索 - 構成要素
生物種DIGITALIS LANATA (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Thorn, A. / Egerer-Sieber, C. / Jaeger, C.M. / Herl, V. / Mueller-Uri, F. / Kreis, W. / Muller, Y.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: The Crystal Structure of Progesterone 5{Beta}-Reductase from Digitalis Lanata Defines a Novel Class of Short Chain Dehydrogenases/Reductases.
著者: Thorn, A. / Egerer-Sieber, C. / Jaeger, C.M. / Herl, V. / Mueller-Uri, F. / Kreis, W. / Muller, Y.A.
履歴
登録2007年7月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROGESTERONE 5-BETA-REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3512
ポリマ－41,3281
非ポリマー231
水2,504139
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)78.660, 78.660, 180.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 PROGESTERONE 5-BETA-REDUCTASE


分子量: 41327.770 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 26-389 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) DIGITALIS LANATA (植物) / 器官: LEAVES / プラスミド: PQE30 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15PREP4 / 参照: UniProt: Q6PQJ9
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細AT POSITION 298 GLUTAMIC ACID INSTEAD OF GLYCINE. (INITIAL SEQUENCING ERROR)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.8 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.6
詳細: 1 MICROL OF PROTEIN SOLUTION WAS MIXED WITH 1 MICROL OF RESERVOIR SOLUTION (15 % PEG 4000, 0.1 M AMMONIUM ACETATE, 0.1 M SODIUM CITRATE, PH 5.6) AND THE DROPLET SUSPENDED OVER 700 ML OF RESERVOIR SOLUTION.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9537
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→40 Å / Num. obs: 23196 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 18.9 % / Biso Wilson estimate: 62.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 33.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.56 Å / 冗長度: 14.6 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.4→39.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 16.477 / SU ML: 0.198 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.29 / ESU R Free: 0.234 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 2304 10 %RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.21 20737 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.51 Å20 Å20 Å2
2--5.51 Å20 Å2
3----11.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→39.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2787 0 1 139 2927
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0222864
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.021904
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4321.9413892
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96834639
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1515352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.95724.737133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.63915455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.551510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2410
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023216
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02579
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.2601
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1840.21904
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1860.21366
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.090.21420
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1720.2144
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1080.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1850.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2610.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5341.51760
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.95522829
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.43931169
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.114.51063
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.333 166
Rwork0.306 1499
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.72971.22320.64083.38290.47114.09760.1484-0.2009-0.35710.0806-0.23490.40440.7078-1.01250.0865-0.3211-0.1751-0.0355-0.1768-0.02550.4456-0.636-30.52142.27
22.95520.32143.89190.59941.10587.2019-0.2846-0.21010.2763-0.3107-0.19310.311-0.6652-0.72660.4777-0.27230.1095-0.0823-0.2878-0.05650.4771-3.476-11.21324.502
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A26 - 208
2X-RAY DIFFRACTION1A250 - 279
3X-RAY DIFFRACTION1A353 - 368
4X-RAY DIFFRACTION2A209 - 249
5X-RAY DIFFRACTION2A280 - 352
6X-RAY DIFFRACTION2A369 - 389

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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