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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2v4n | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Salmonella typhimurium SurE at 1.7 angstrom resolution in orthorhombic form | ||||||
要素 | MULTIFUNCTIONAL PROTEIN SUR E | ||||||
キーワード | HYDROLASE / SUR E / SURVIVAL PROTEIN / STATIONARY PHASE / PHOSPHATASE / MONONUCLEOTIDASE / DIVALENT METAL ION / DOMAIN SWAPPING / ROSSMANN FOLD | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 3'-nucleotidase / exopolyphosphatase / 3'-nucleotidase activity / exopolyphosphatase activity / XMP 5'-nucleosidase activity / 5'-nucleotidase / 5'-nucleotidase activity / nucleotide binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | SALMONELLA TYPHIMURIUM (サルモネラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Anju, P. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: FEBS J. / 年: 2008 タイトル: Structural and Functional Studies on a Mesophilic Stationary Phase Survival Protein (Sur E) from Salmonella Typhimurium 著者: Pappachan, A. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2v4n.cif.gz | 71 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2v4n.ent.gz | 50.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2v4n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2v4n_validation.pdf.gz | 428.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2v4n_full_validation.pdf.gz | 429.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2v4n_validation.xml.gz | 14.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2v4n_validation.cif.gz | 21.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/2v4n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/2v4n | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27094.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) SALMONELLA TYPHIMURIUM (サルモネラ菌) 株: LT2 / プラスミド: PRSET-C / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS 参照: UniProt: P66881, 5'-nucleotidase, 3'-nucleotidase, exopolyphosphatase | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.6 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M TRISODIUM CITRATE DIHYDRATE, 0.1M HEPES PH 7.5, 30% MPD MICROBATCH METHOD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 35384 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 26.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→50 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2.33 / % possible all: 97.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1J9J 解像度: 1.7→71.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 3.817 / SU ML: 0.066 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.095 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.555 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→71.61 Å
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拘束条件 |
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