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- PDB-2v4d: Re-refinement of MexA adaptor protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v4d
タイトルRe-refinement of MexA adaptor protein
要素MULTIDRUG RESISTANCE PROTEIN MEXA
キーワードMEMBRANE PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN / CELL INNER MEMBRANE / MEXA / MEMBRANE / PALMITATE / TRANSPORT / LIPOPROTEIN / ANTIBIOTIC RESISTANCE / ANTIBIOTIC EFFLUX PUMP / COILED COIL / CELL MEMBRANE / INNER MEMBRANE / PERIPLASMIC ADAPTOR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


efflux transmembrane transporter activity / protein homooligomerization / transmembrane transport / response to antibiotic / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
conserved putative lor/sdh protein from methanococcus maripaludis s2 fold - #20 / conserved putative lor/sdh protein from methanococcus maripaludis s2 fold / : / Helix hairpin bin / Efflux pump adaptor protein, beta barrel domain / Cation efflux system protein CusB, domain 1 / Cation efflux system protein CusB domain 1 / RND efflux pump, membrane fusion protein / RND efflux pump, membrane fusion protein, barrel-sandwich domain / Barrel-sandwich domain of CusB or HlyD membrane-fusion ...conserved putative lor/sdh protein from methanococcus maripaludis s2 fold - #20 / conserved putative lor/sdh protein from methanococcus maripaludis s2 fold / : / Helix hairpin bin / Efflux pump adaptor protein, beta barrel domain / Cation efflux system protein CusB, domain 1 / Cation efflux system protein CusB domain 1 / RND efflux pump, membrane fusion protein / RND efflux pump, membrane fusion protein, barrel-sandwich domain / Barrel-sandwich domain of CusB or HlyD membrane-fusion / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Helix Hairpins / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Multidrug resistance protein MexA
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Symmons, M.F. / Bokma, E. / Koronakis, E. / Hughes, C. / Koronakis, V.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: The Assembled Structure of a Complete Tripartite Bacterial Multidrug Efflux Pump.
著者: Symmons, M.F. / Bokma, E. / Koronakis, E. / Hughes, C. / Koronakis, V.
履歴
登録2008年9月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MULTIDRUG RESISTANCE PROTEIN MEXA
B: MULTIDRUG RESISTANCE PROTEIN MEXA
C: MULTIDRUG RESISTANCE PROTEIN MEXA
D: MULTIDRUG RESISTANCE PROTEIN MEXA
E: MULTIDRUG RESISTANCE PROTEIN MEXA
F: MULTIDRUG RESISTANCE PROTEIN MEXA
G: MULTIDRUG RESISTANCE PROTEIN MEXA
H: MULTIDRUG RESISTANCE PROTEIN MEXA
I: MULTIDRUG RESISTANCE PROTEIN MEXA
J: MULTIDRUG RESISTANCE PROTEIN MEXA
K: MULTIDRUG RESISTANCE PROTEIN MEXA
L: MULTIDRUG RESISTANCE PROTEIN MEXA
M: MULTIDRUG RESISTANCE PROTEIN MEXA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)503,56429
ポリマ－502,02713
非ポリマー1,53716
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area59430 Å2
ΔGint-297 kcal/mol
Surface area266000 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)130.551, 183.585, 213.314
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.38, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
MULTIDRUG RESISTANCE PROTEIN MEXA


分子量: 38617.449 Da / 分子数: 13 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P52477
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 24 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 24 TO SER ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 24 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 24 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, CYS 24 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, CYS 24 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, CYS 24 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, CYS 24 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN G, CYS 24 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN H, CYS 24 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN I, CYS 24 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN J, CYS 24 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN K, CYS 24 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN L, CYS 24 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN M, CYS 24 TO SER
配列の詳細SEQUENCE IN STRUCTURE IS OF PROCESSED FORM WHICH HAS 14 RESIDUES REMOVED POST-TRANSLATIONALLY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.65 %
解説: DATASET WAS SAME AS FOR 1T5E REFINEMENT BUT SUBJECT TO XTRIAGE AND RE-SCALING.
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9322
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月3日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: S1(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9322 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→65.58 Å / Num. obs: 156400 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Net I/σ(I): 9.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1T5E

1t5e


解像度: 3.2→65.58 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 0.34 / 位相誤差: 25.33 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: RESTRAINED B-FACTOR REFINEMENT WAS IN PHENIX 1.3 CONTINUOUS ELECTRON DENSITY FOR RESIDUES 13-28 AND 260-339 WAS OBSERVED ONLY FOR CHAIN F. SIDECHAINS FOR THIS REGION ARE INCLUDED ONLY IN THIS ...詳細: RESTRAINED B-FACTOR REFINEMENT WAS IN PHENIX 1.3 CONTINUOUS ELECTRON DENSITY FOR RESIDUES 13-28 AND 260-339 WAS OBSERVED ONLY FOR CHAIN F. SIDECHAINS FOR THIS REGION ARE INCLUDED ONLY IN THIS MOLECULE. OTHER MOLECULES HAD THE POSITION OF THIS REGION MODELLED AS POLY(ALA) BASED ON THE F CHAIN EXAMPLE AND TIGHTLY RESTRAINED TO IT GEOMETRICALLY. THIS REGION COULD NOT BE MODELLED AT ALL IN THE A AND D CHAIN MOLECULES.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 7669 4.9 %
Rwork0.239 --
obs0.24 156355 99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.21 Å2 / ksol: 0.31 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.9717 Å20 Å24.6583 Å2
2--14.6446 Å2-0 Å2
3---9.2766 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→65.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28523 0 80 0 28603
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00828944
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.21239441
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.55210029
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0844615
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065375
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.23640.32582820.31174906X-RAY DIFFRACTION99
3.2364-3.27450.33772290.29294930X-RAY DIFFRACTION98
3.2745-3.31440.30932540.28224940X-RAY DIFFRACTION100
3.3144-3.35640.30792660.2744908X-RAY DIFFRACTION98
3.3564-3.40050.30642940.26354918X-RAY DIFFRACTION100
3.4005-3.44710.312350.25954886X-RAY DIFFRACTION98
3.4471-3.49630.2922240.24654978X-RAY DIFFRACTION100
3.4963-3.54850.26812660.24134892X-RAY DIFFRACTION98
3.5485-3.6040.2532500.23064996X-RAY DIFFRACTION99
3.604-3.66310.25232330.22354937X-RAY DIFFRACTION99
3.6631-3.72620.22652970.22184891X-RAY DIFFRACTION99
3.7262-3.7940.26942460.21814968X-RAY DIFFRACTION100
3.794-3.86690.25472650.21394913X-RAY DIFFRACTION98
3.8669-3.94580.24082400.21654970X-RAY DIFFRACTION99
3.9458-4.03160.26252620.21324964X-RAY DIFFRACTION100
4.0316-4.12540.25432640.21824914X-RAY DIFFRACTION99
4.1254-4.22860.25792540.21734950X-RAY DIFFRACTION99
4.2286-4.34290.22552450.21014993X-RAY DIFFRACTION99
4.3429-4.47060.23762740.20634961X-RAY DIFFRACTION100
4.4706-4.61490.20962540.20384960X-RAY DIFFRACTION99
4.6149-4.77980.23812630.21214942X-RAY DIFFRACTION99
4.7798-4.97110.26572340.22795009X-RAY DIFFRACTION99
4.9711-5.19730.24162550.23344957X-RAY DIFFRACTION99
5.1973-5.47110.24322430.23284986X-RAY DIFFRACTION99
5.4711-5.81370.26712570.24074974X-RAY DIFFRACTION100
5.8137-6.26230.30642680.26445009X-RAY DIFFRACTION99
6.2623-6.89190.26532480.26855003X-RAY DIFFRACTION99
6.8919-7.88770.27792660.25234980X-RAY DIFFRACTION100
7.8877-9.93210.22592580.19765039X-RAY DIFFRACTION99
9.9321-65.59440.22832430.23425012X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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