PDB-2v18: Crystal structure of the T. thermophilus dodecin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2v18

タイトル

Crystal structure of the T. thermophilus dodecin

要素

DODECIN

キーワード

FLAVOPROTEIN / HYPOTHETICAL PROTEIN / FLAVIN BINDING PROTEIN / DODECINS / COENZYME A / FLAVIN DIMER / FLAVOPROTEIN PUTATIVE STORAGE PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.59 Å

データ登録者

Meissner, B. / Essen, L.-O.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: The Dodecin from Thermus Thermophilus, a Bifunctional Cofactor Storage Protein.
著者: Meissner, B. / Schleicher, E. / Weber, S. / Essen, L.-O.

履歴

登録	2007年5月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年9月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2011年8月3日	Group: Database references / Derived calculations / Other
改定 1.3	2017年7月5日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.4	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2v18.cif.gz	185.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2v18.ent.gz	154.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2v18.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/2v18 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/2v18	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ux9C 2v19C 2v21C 1mogS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2ux9-1 2vyx-d 2yj0-1 2deg-1 6r1e-1 2v19-d 2cz8-2 3qn0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: DODECIN

B: DODECIN

C: DODECIN

D: DODECIN

E: DODECIN

F: DODECIN

G: DODECIN

H: DODECIN

I: DODECIN

J: DODECIN

K: DODECIN

L: DODECIN

ヘテロ分子

104 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.481, 98.038, 137.595
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H
9	1	I
10	1	J
11	1	K
12	1	L

NCSドメイン領域:
NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.06101, -0.90002, -0.43155), (-0.47519, 0.35403, -0.80552), (0.87777, 0.25421, -0.40608)	75.01335, 68.2186, 23.22009
2	given	(0.06235, -0.46562, 0.88279), (-0.9037, 0.34906, 0.24794), (-0.42359, -0.81324, -0.39902)	6.93078, 38.0041, 96.07857
3	given	(-0.69871, -0.52281, -0.48834), (-0.50984, -0.11496, 0.85255), (-0.50186, 0.84466, -0.18623)	119.61303, -14.67936, 88.31556
4	given	(0.63379, -0.2922, -0.71619), (0.54591, -0.48699, 0.68178), (-0.54799, -0.82308, -0.14913)	57.33044, -64.22738, 90.07703
5	given	(-0.2358, 0.77242, -0.58971), (0.33445, 0.63426, 0.69704), (0.91244, -0.03287, -0.40789)	98.27059, -54.10136, 21.73809
6	given	(0.6, 0.17273, 0.78113), (0.17566, -0.98103, 0.08201), (0.78048, 0.088, -0.61896)	-18.22406, -12.53655, 39.80697
7	given	(-0.46017, 0.8566, 0.2334), (-0.8504, -0.5008, 0.16134), (0.25508, -0.12424, 0.9589)	68.40688, 40.01682, -12.0124
8	given	(0.63724, 0.54591, -0.54398), (-0.29641, -0.47794, -0.82687), (-0.71138, 0.68816, -0.14275)	47.56391, 60.21171, 97.84086
9	given	(-0.8954, 0.33701, -0.29099), (0.33963, 0.09435, -0.93581), (-0.28793, -0.93676, -0.19894)	119.74323, 29.79404, 78.20866
10	given	(-0.22382, 0.32479, 0.91892), (0.76546, 0.6422, -0.04054), (-0.6033, 0.69433, -0.39235)	20.36069, -39.88252, 104.64338
11	given	(-0.46174, -0.84693, 0.26363), (0.85538, -0.50382, -0.12037), (0.23476, 0.16993, 0.95708)	68.38116, -40.09285, -11.04261

#1: タンパク質	DODECIN / HYPOTHETICAL PROTEIN TTHA1431 分子量: 7628.735 Da / 分子数: 12 / 断片: RESIDUES 2-69 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) 株: HB8 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)GOLD / 参照: UniProt: Q5SIE3
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A / CoA 分子量: 767.534 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
非ポリマーの詳細	COENZYME A (COA): COA IS BOUND AS TRIMERS ALONG THE THREEFOLD SYMMETRY AXES. COA TRIMER A,H,L IS ...COENZYME A (COA): COA IS BOUND AS TRIMERS ALONG THE THREEFOLD SYMMETRY AXES. COA TRIMER A,H,L IS OMITTED SINCE ONLY RESIDUAL DENSITY WAS OBSERVED FLAVIN MONONUCLEOTIDE (FMN): FMN IS BOUND AS DIMERS ALONG THE TWOFOLD SYMMETRY AXES.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.2 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.2 M SODIUM CITRATE, 0.1 M TRIS/HCL, PH 7.5, 25% PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.54
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年12月28日 / 詳細: OSMIC MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→24.8 Å / Num. obs: 22085 / % possible obs: 76 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.75 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 19
反射シェル	解像度: 2.59→2.73 Å / R_merge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 3.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1MOG

1mog

解像度: 2.59→24.76 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.917 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.907 / SU B: 29.146 / SU ML: 0.316 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.414 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.244	1125	5.1 %	RANDOM
R_work	0.219	-	-	-
obs	0.22	20911	76.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.04 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.22 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.12 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.59→24.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6372	0	804	25	7201

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	7290
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4845
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.277	2.108	9915
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.801	3	11781
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.662	5	792
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.361	23.6	300
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.585	15	1248
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.258	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	1044
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	7449
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1332
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.179	0.2	1065
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.192	0.2	4802
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	3264
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.08	0.2	3902
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.183	0.2	118
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.257	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.301	0.2	70
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.527	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.522	1.5	5137
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.579	2	6252
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.993	3	4297
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.738	4.5	3663
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	880	tight positional	0.02	0.05
2	B	880	tight positional	0.03	0.05
3	C	880	tight positional	0.02	0.05
4	D	880	tight positional	0.03	0.05
5	E	880	tight positional	0.03	0.05
6	F	880	tight positional	0.02	0.05
7	G	880	tight positional	0.03	0.05
8	H	880	tight positional	0.02	0.05
9	I	880	tight positional	0.03	0.05
10	J	880	tight positional	0.03	0.05
11	K	880	tight positional	0.03	0.05
12	L	880	tight positional	0.02	0.05
1	A	70	medium positional	0.69	0.5
2	B	70	medium positional	1.1	0.5
3	C	70	medium positional	1.39	0.5
4	D	70	medium positional	0.75	0.5
5	E	70	medium positional	0.84	0.5
6	F	70	medium positional	1.34	0.5
7	G	70	medium positional	1.36	0.5
8	H	70	medium positional	0.79	0.5
9	I	70	medium positional	0.94	0.5
10	J	70	medium positional	0.83	0.5
11	K	70	medium positional	1.54	0.5
12	L	70	medium positional	0.91	0.5
1	A	880	tight thermal	0.13	1
2	B	880	tight thermal	0.14	1
3	C	880	tight thermal	0.14	1
4	D	880	tight thermal	0.13	1
5	E	880	tight thermal	0.14	1
6	F	880	tight thermal	0.14	1
7	G	880	tight thermal	0.14	1
8	H	880	tight thermal	0.11	1
9	I	880	tight thermal	0.13	1
10	J	880	tight thermal	0.13	1
11	K	880	tight thermal	0.13	1
12	L	880	tight thermal	0.12	1
1	A	70	medium thermal	0.16	2
2	B	70	medium thermal	0.34	2
3	C	70	medium thermal	0.26	2
4	D	70	medium thermal	0.32	2
5	E	70	medium thermal	0.26	2
6	F	70	medium thermal	0.33	2
7	G	70	medium thermal	0.39	2
8	H	70	medium thermal	0.27	2
9	I	70	medium thermal	0.18	2
10	J	70	medium thermal	0.3	2
11	K	70	medium thermal	0.26	2
12	L	70	medium thermal	0.21	2

LS精密化シェル

解像度: 2.59→2.73 Å / Total num. of bins used: 10 /

	R_factor	反射数
R_free	0.388	75
R_work	0.373	1129

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 55.491 Å / Origin y: 0.733 Å / Origin z: 51.37 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.5226 Å²	0.0053 Å²	0.0009 Å²	-	-0.4011 Å²	0.0177 Å²	-	-	-0.0786 Å²
L	1.1943 °²	-0.188 °²	-0.1424 °²	-	1.6793 °²	0.3252 °²	-	-	0.8155 °²
S	-0.0207 Å °	0.1642 Å °	0.0978 Å °	-0.1055 Å °	0.0192 Å °	-0.0563 Å °	-0.0109 Å °	0.0474 Å °	0.0015 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 68
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	2 - 68
3	X-RAY DIFFRACTION	1	C	2 - 68
4	X-RAY DIFFRACTION	1	D	2 - 68
5	X-RAY DIFFRACTION	1	E	2 - 68
6	X-RAY DIFFRACTION	1	F	2 - 68
7	X-RAY DIFFRACTION	1	G	2 - 68
8	X-RAY DIFFRACTION	1	H	2 - 68
9	X-RAY DIFFRACTION	1	I	2 - 68
10	X-RAY DIFFRACTION	1	J	2 - 68
11	X-RAY DIFFRACTION	1	K	2 - 68
12	X-RAY DIFFRACTION	1	L	2 - 68

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)