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- PDB-2ux9: Crystal structure of the T. thermophilus dodecin R65A mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ux9
タイトルCrystal structure of the T. thermophilus dodecin R65A mutant
要素DODECIN
キーワードFLAVOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / Dodecin / Dodecin-like superfamily / Dodecin / Flavin-binding protein dodecin / Dodecin-like / Dodecin subunit-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / PHOSPHATE ION / Dodecin
類似検索 - 構成要素
生物種THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Meissner, B. / Essen, L.-O.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: The Dodecin from Thermus Thermophilus, a Bifunctional Cofactor Storage Protein.
著者: Meissner, B. / Schleicher, E. / Weber, S. / Essen, L.-O.
履歴
登録2007年3月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22011年8月3日Group: Database references / Other
改定 1.32019年7月24日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年12月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DODECIN
B: DODECIN
C: DODECIN
D: DODECIN
E: DODECIN
F: DODECIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,76325
ポリマ－46,0436
非ポリマー7,72019
水9,170509
1
A: DODECIN
B: DODECIN
C: DODECIN
D: DODECIN
E: DODECIN
F: DODECIN
ヘテロ分子

A: DODECIN
B: DODECIN
C: DODECIN
D: DODECIN
E: DODECIN
F: DODECIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,52650
ポリマ－92,08612
非ポリマー15,44038
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area40330 Å2
ΔGint-148.6 kcal/mol
Surface area38670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.585, 67.585, 169.188
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.17815, -0.6781, -0.71305), (-0.67889, -0.60925, 0.40978), (-0.7123, 0.41109, -0.56889)26.17493, 45.60958, -0.08363
2given(0.89002, 0.37465, 0.25981), (-0.05097, -0.48453, 0.87329), (0.45306, -0.79049, -0.41215)-7.19316, 34.67849, 11.91695
3given(-0.28991, -0.71894, -0.63173), (-0.30789, 0.69505, -0.6497), (0.90618, 0.00615, -0.42285)33.1838, 11.29104, -12.28365
4given(-0.12376, -0.37867, -0.91722), (0.95975, -0.28052, -0.01369), (-0.25211, -0.882, 0.39814)23.35889, 16.59588, 23.07646
5given(0.88998, -0.05577, 0.45258), (0.37218, -0.48461, -0.7916), (0.26347, 0.87295, -0.41054)2.77646, 28.87946, -23.57622

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
DODECIN


分子量: 7673.815 Da / 分子数: 6 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア)
株: HB8 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)GOLD / 参照: UniProt: Q5SIE3

-
非ポリマー , 5種, 528分子

#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE


分子量: 456.344 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#4: 化合物
ChemComp-COA / COENZYME A


分子量: 767.534 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 509 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 65 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ARG 65 TO ALA ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 65 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ARG 65 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, ARG 65 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, ARG 65 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, ARG 65 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, ARG 65 TO ALA
非ポリマーの詳細COENZYME A (COA): BOUND AS TRIMERS ALONG THE THREEFOLD SYMMETRY AXES FLAVIN MONONUCLEOTIDE (FMN): ...COENZYME A (COA): BOUND AS TRIMERS ALONG THE THREEFOLD SYMMETRY AXES FLAVIN MONONUCLEOTIDE (FMN): BOUND AS DIMERS ALONG THE TWOFOLD SYMMETRY AXES

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.08 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.4 M AMMONIUM PHOSPHATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.9774
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→14.88 Å / Num. obs: 87239 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル解像度: 1.4→1.44 Å / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 96.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1MOG

1mog


解像度: 1.4→14.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 1.603 / SU ML: 0.034 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.061 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. NO NONCRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY RESTRAINTS USED DURING REFINEMENT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.193 1575 1.8 %RANDOM
Rwork0.17 ---
obs0.17 85624 98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→14.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3159 0 493 509 4161
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0223788
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022462
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4272.1275184
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87636031
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7175419
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.58924.342152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.1115634
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.1871525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2545
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023836
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02659
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.2575
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2010.22785
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1820.21736
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.21977
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1630.2408
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1890.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2740.2121
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.180.297
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6541.52011
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.22423203
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7532010
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8424.51971
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.44 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.228 126
Rwork0.214 6090
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8628-0.63550.10010.9605-0.16740.18330.02610.08170.065-0.0015-0.0447-0.0515-0.00470.07510.0186-0.0397-0.00520.00310.00640.006-0.007832.656429.9959-7.4769
20.64970.2316-0.45920.5557-0.3841.16860.02430.0105-0.0783-0.052800.01130.12940.0828-0.0243-0.0180.0207-0.0176-0.0249-0.0073-0.007117.01532.0909-6.8191
30.55630.2652-0.51980.3582-0.41331.38940.0045-0.03040.10120.04580.0377-0.0233-0.04580.0453-0.0422-0.01490.016-0.0059-0.0239-0.0232-0.00826.542532.44214.8392
40.7102-0.49650.20710.8603-0.33780.31960.01960.0611-0.07530.0053-0.00720.05350.0321-0.0308-0.0125-0.02810.0035-0.0126-0.0061-0.0063-0.0102-1.73613.9504-13.9386
52.12390.2880.58640.31170.12810.5405-0.05620.16580.0382-0.06770.0429-0.00460.00210.05190.0133-0.0290.00500.01190.0036-0.030519.33119.6256-20.8801
60.46-0.0730.210.87340.51970.84050.0091-0.0113-0.0140.05380.0185-0.04240.04110.0352-0.0276-0.01980.0162-0.0015-0.0193-0.0064-0.013931.226211.27885.6207
70.0634-0.1033-0.69611.2983-0.531110.10280.0302-0.04840.26990.024-0.197-0.2817-0.31550.12930.1668-0.01660.01080-0.0350.01270.051925.263643.0419-3.1836
81.5649-3.08440.66929.43765.616614.6098-0.1322-0.227-0.09590.4060.13020.1717-0.02860.18330.0020.01160.01620.0143-0.01570.0005-0.023621.564920.001621.9283
919.3875-4.3196-2.35347.1893.46971.67890.35470.39530.4918-0.3844-0.04610.0329-0.15020.2197-0.3086-0.01150.00960.0057-0.00190.0462-0.02260.815727.8421-19.5711
104.08391.9756-4.46054.3405-3.045.1017-0.05770.0876-0.1144-0.0085-0.0342-0.1510.11950.23720.0919-0.04930.0142-0.00970.0348-0.0134-0.013931.704915.1409-12.5412
111.5237-0.3952-0.78199.045-0.08272.13980.02160.06080.0201-0.09220.0186-0.21350.24220.0924-0.0403-0.01220.0149-0.00580.0003-0.0177-0.029130.49979.6583-9.4172
123.4157-2.03622.44396.3882-3.11765.3299-0.0174-0.0794-0.3046-0.06790.08740.38280.1618-0.2613-0.07-0.0298-0.01220.0136-0.02440.01620.00253.78430.92111.4797
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 67
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 67
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 69
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 69
5X-RAY DIFFRACTION5E2 - 67
6X-RAY DIFFRACTION6F2 - 69
7X-RAY DIFFRACTION7A1069
8X-RAY DIFFRACTION8C1073
9X-RAY DIFFRACTION9D1070
10X-RAY DIFFRACTION10E1069
11X-RAY DIFFRACTION11E1070
12X-RAY DIFFRACTION12B1070

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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