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- PDB-2ux2: High resolution structure of human CD59 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ux2
タイトルHigh resolution structure of human CD59
要素CD59 GLYCOPROTEIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / MAC / MIRL / CD59 / MEMBRANE / GPI-ANCHOR / LIPOPROTEIN / GLYCOPROTEIN / COMPLEMENT REGULATOR
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of activation of membrane attack complex / complement binding / regulation of complement-dependent cytotoxicity / regulation of complement activation / Cargo concentration in the ER / COPII-mediated vesicle transport / tertiary granule membrane / COPI-mediated anterograde transport / specific granule membrane / transport vesicle ...negative regulation of activation of membrane attack complex / complement binding / regulation of complement-dependent cytotoxicity / regulation of complement activation / Cargo concentration in the ER / COPII-mediated vesicle transport / tertiary granule membrane / COPI-mediated anterograde transport / specific granule membrane / transport vesicle / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / Regulation of Complement cascade / ER to Golgi transport vesicle membrane / blood coagulation / vesicle / cell surface receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / Golgi membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD59 antigen, conserved site / Ly-6 / u-PAR domain signature. / Ly-6 antigen / uPA receptor -like domain / u-PAR/Ly-6 domain / Ly-6 antigen/uPA receptor-like / CD59 / CD59 / Snake toxin-like superfamily / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Leath, K.J. / Johnson, S. / Roversi, P. / Morgan, B.P. / Smith, R.A.G. / Lea, S.M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007
タイトル: High-Resolution Structures of Bacterially Expressed Soluble Human Cd59.
著者: Leath, K.J. / Johnson, S. / Roversi, P. / Hughes, T.R. / Smith, R.A.G. / Mackenzie, L. / Morgan, B.P. / Lea, S.M.
履歴
登録2007年3月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CD59 GLYCOPROTEIN
B: CD59 GLYCOPROTEIN
C: CD59 GLYCOPROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3043
ポリマ－27,3043
非ポリマー00
水3,819212
1
A: CD59 GLYCOPROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1011
ポリマ－9,1011
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: CD59 GLYCOPROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1011
ポリマ－9,1011
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: CD59 GLYCOPROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1011
ポリマ－9,1011
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)60.840, 60.840, 107.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.658, -0.753, -0.026), (0.75, 0.658, -0.066), (0.067, 0.024, 0.997)-1.3069, 1.55132, -18.74823
2given(-0.984, -0.18, 0.012), (0.181, -0.983, 0.03), (0.006, 0.031, 0.999)39.78791, 45.91266, -21.2548

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要素

#1: タンパク質 CD59 GLYCOPROTEIN / MEMBRANE ATTACK COMPLEX INHIBITION FACTOR / MACIF / MAC-INHIBITORY PROTEIN / MAC-IP / PROTECTIN / ...MEMBRANE ATTACK COMPLEX INHIBITION FACTOR / MACIF / MAC-INHIBITORY PROTEIN / MAC-IP / PROTECTIN / MEM43 ANTIGEN / MEMBRANE INHIBITOR OF REACTIVE LYSIS / MIRL / 20 KDA HOMOLOGOUS RESTRICTION FACTOR / HRF-20 / HRF20 / 1F5 ANTIGEN


分子量: 9101.303 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 26-102 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET59-06 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): UT5600 DE3 / 参照: UniProt: P13987
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 25% PEG8000, 0.03M POTASSIUM PHOSPHATE

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.24
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月20日
放射モノクロメーター: SI MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.24 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→40 Å / Num. obs: 20934 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.3 % / Biso Wilson estimate: 0.65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 29
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
TNT5.11.2.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2J8C

2j8c


解像度: 1.8→20 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTEGO
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 1038 5 %RANDOM
Rwork0.185 ---
all0.187 20772 --
obs0.187 20772 --
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET SCALING / Bsol: 107 Å2 / ksol: 0.49 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1887 0 0 212 2099
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00419695
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.82726705
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d12.74141
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.01692
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0252745
X-RAY DIFFRACTIONt_it1.256196920
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.193185
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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