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- PDB-2uwb: Crystal structure of the Nasturtium seedling mutant xyloglucanase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2uwb
タイトルCrystal structure of the Nasturtium seedling mutant xyloglucanase isoform NXG1-delta-YNIIG
要素CELLULASE
キーワードHYDROLASE / XYLOGLUCAN-ENDO-TRANSFERASE / GLYCOSIDE HYDROLASE / LOOP MUTANT NXG1- YNIIG / GLYCOSIDASE / FAMILY GH16 / TROPAEOLUM MAJUS XYLOGLUCANASE
機能・相同性
機能・相同性情報


xyloglucan:xyloglucosyl transferase / xyloglucan:xyloglucosyl transferase activity / xyloglucan metabolic process / cell wall biogenesis / apoplast / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / cell wall organization / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Xyloglucan endo-transglycosylase, C-terminal / Xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase / Xyloglucan endo-transglycosylase (XET) C-terminus / Beta-glucanase/XTH / Glycosyl hydrolases family 16 / Glycoside hydrolase family 16 / Glycosyl hydrolases family 16 (GH16) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls ...Xyloglucan endo-transglycosylase, C-terminal / Xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase / Xyloglucan endo-transglycosylase (XET) C-terminus / Beta-glucanase/XTH / Glycosyl hydrolases family 16 / Glycoside hydrolase family 16 / Glycosyl hydrolases family 16 (GH16) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種TROPAEOLUM MAJUS (ノウゼンハレン)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Baumann, M.J. / Eklof, J. / Michel, G. / Kallasa, A. / Teeri, T.T. / Brumer, H. / Czjzek, M.
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2007
タイトル: Structural Evidence for the Evolution of Xyloglucanase Activity from Xyloglucan Endo-Transglycosylases: Biological Implications for Cell Wall Metabolism.
著者: Baumann, M.J. / Eklof, J. / Michel, G. / Kallasa, A. / Teeri, T.T. / Czjzek, M. / Brumer, H.
履歴
登録2007年3月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CELLULASE
B: CELLULASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,9092
ポリマ－60,9092
非ポリマー00
水4,234235
1
A: CELLULASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4551
ポリマ－30,4551
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: CELLULASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4551
ポリマ－30,4551
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)153.894, 153.894, 83.819
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number168
Space group name H-MP6
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: CYS / End label comp-ID: CYS / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 1 - 266 / Label seq-ID: 2 - 267

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.49997, 0.86604, 0.00025), (0.86604, -0.49997, -4.0E-5), (9.0E-5, 0.00024, -1)
ベクター: -76.95838, 133.28055, 41.4879)

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要素

#1: タンパク質 CELLULASE / XYLOGLUCAN HYDROLASE


分子量: 30454.574 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 25-145,151-295 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) TROPAEOLUM MAJUS (ノウゼンハレン)
組織: SEEDLING / プラスミド: PPIC9-NXG1-DELTAYNIIG / 発現宿主: PICHIA PASTORIS (菌類)
参照: UniProt: Q07524, xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase, cellulase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE FIRST RESIDUE (CHAIN K, RESIDUE V) IS DUE TO THE CLONING CONSTRUCTION FOR HETEROLOGOUS ...THE FIRST RESIDUE (CHAIN K, RESIDUE V) IS DUE TO THE CLONING CONSTRUCTION FOR HETEROLOGOUS EXPRESSION. THE RESIDUES IN THE LOOP Y122-G126 HAVE BEEN DELETED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.4 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 1.4 M SODIUM ACETATE AND 100 MM SODIUM-CACODYLATE BUFFER AT PH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→45 Å / Num. obs: 76393 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0.5 / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2UWA

2uwa


解像度: 2→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 2.866 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.213 3844 5 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.194 72537 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.63 Å2-0.31 Å20 Å2
2---0.63 Å20 Å2
3---0.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4312 0 0 235 4547
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0224460
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023702
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5331.9326088
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87538654
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5125530
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.89823.894226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.3215652
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0361522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2608
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025046
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02976
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.2777
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1920.23589
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.190.22090
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.22350
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1560.2252
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1450.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2440.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0680.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1231.53391
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.34724312
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.06732261
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9524.51776
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
1554medium positional0.040.5
2435loose positional0.175
1554medium thermal0.192
2435loose thermal0.3710
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.283 286
Rwork0.246 5338

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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