PDB-2uuv: alkyldihydroxyacetonephosphate synthase in P1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2uuv

タイトル

alkyldihydroxyacetonephosphate synthase in P1

要素

ALKYLDIHYDROXYACETONEPHOSPHATE SYNTHASE

キーワード

TRANSFERASE / RHIZOMELIC CHONDRODYSPLASIA PUNCTATA / BIOSYNTHESIS OF PHOSPHOLIPIDS / FLAVOPROTEIN / LIPID SYNTHESIS / PEROXISOMAL DISORDER / FAD / FLAVIN / PEROXISOME / PLASMALOGENS

機能・相同性

機能・相同性情報

alcohol binding / alkylglycerone-phosphate synthase / alkylglycerone-phosphate synthase activity / ether lipid biosynthetic process / FAD binding / peroxisome / flavin adenine dinucleotide binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

DICTYOSTELIUM DISCOIDEUM (キイロタマホコリカビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Razeto, A. / Mattiroli, F. / Carpanelli, E. / Aliverti, A. / Pandini, V. / Coda, A. / Mattevi, A.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: The Crucial Step in Ether Phospholipid Biosynthesis: Structural Basis of a Noncanonical Reaction Associated with a Peroxisomal Disorder.
著者: Razeto, A. / Mattiroli, F. / Carpanelli, E. / Aliverti, A. / Pandini, V. / Coda, A. / Mattevi, A.

履歴

登録	2007年3月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2uuv.cif.gz	447.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2uuv.ent.gz	365.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2uuv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2uuv_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2uuv_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	2uuv_validation.xml.gz	91.2 KB	表示
CIF形式データ	2uuv_validation.cif.gz	127.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/2uuv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/2uuv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2uuuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2uuu-1 4bby-2 5i17-d 4lz7-d 2uuu-2 3il1-d 3t93-d 3d45-d 3t9u-d 4x2d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: ALKYLDIHYDROXYACETONEPHOSPHATE SYNTHASE

B: ALKYLDIHYDROXYACETONEPHOSPHATE SYNTHASE

C: ALKYLDIHYDROXYACETONEPHOSPHATE SYNTHASE

D: ALKYLDIHYDROXYACETONEPHOSPHATE SYNTHASE

ヘテロ分子

268 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ALKYLDIHYDROXYACETONEPHOSPHATE SYNTHASE

B: ALKYLDIHYDROXYACETONEPHOSPHATE SYNTHASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
134 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: ALKYLDIHYDROXYACETONEPHOSPHATE SYNTHASE

D: ALKYLDIHYDROXYACETONEPHOSPHATE SYNTHASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
134 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.800, 98.000, 107.000
Angle α, β, γ (deg.)	114.00, 93.00, 103.00
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.444, -0.807, 0.39), (-0.813, -0.546, -0.203), (0.377, -0.227, -0.898)	36.42632, 104.92245, 83.61928
2	given	(0.28262, -0.87511, 0.39283), (0.40034, 0.26455, 0.87735), (-0.8717, 0.40522, 0.27557)	75.39948, 57.13317, -11.05769
3	given	(-0.78132, -0.46603, -0.41516), (0.18214, 0.46598, -0.86584), (0.59697, -0.75211, -0.2792)	21.53529, 15.7892, 109.62514

#1: タンパク質	ALKYLDIHYDROXYACETONEPHOSPHATE SYNTHASE / ALKYL-DHAP SYNTHASE / ALKYLGLYCERONE-PHOSPHATE SYNTHASE 分子量: 66104.734 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 9-587 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) DICTYOSTELIUM DISCOIDEUM (キイロタマホコリカビ) 株: KASSX-3 解説: ACADEMIA DNA SEQUENCING CENTER IN COLLABORATION WITH DICTYOSTELIUM CDNA PROJECT プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYS / 参照: UniProt: O96759, alkylglycerone-phosphate synthase
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-PL3 / HEXADECAN-1-OL / 1-ヘキサデカノ-ル分子量: 242.441 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE SEQUENCE GIVEN CORRESPONDS TO THE CONSTRUCT (9-587) WITH THE ADDITIONAL AA AT THE N-TERM GAMGS ...THE SEQUENCE GIVEN CORRESPONDS TO THE CONSTRUCT (9-587) WITH THE ADDITIONAL AA AT THE N-TERM GAMGS (COMING FROM THE VECTOR)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.53 %
結晶化	詳細: 12% PEG4K, 200MM LI2SO4, 100MM TRISCL PH=8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 273 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→48.4 Å / Num. obs: 176351 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.4
反射シェル	解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 89

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHELXD		位相決定
SHELXE		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.99→19.98 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9 / SU B: 10.583 / SU ML: 0.165 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.204 / ESU R Free: 0.179
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOODWITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.264	8878	5 %	RANDOM
R_work	0.226	-	-	-
obs	0.228	167473	92.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.95 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.14 Å²	-0.2 Å²	0.03 Å²
2-	-	-0.12 Å²	-0.32 Å²
3-	-	-	-0.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.99→19.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16529	0	263	1134	17926

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	17252
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.683	1.967	23389
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.233	5	2051
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.845	23.622	751
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.077	15	2949
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.486	15	95
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.128	0.2	2572
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	12806
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	8445
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.311	0.2	11651
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.179	0.2	1177
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.206	0.2	71
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.14	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.026	1.5	10540
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.654	2	16727
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.592	3	7896
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.146	4.5	6657
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.99→2.04 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.319	506	-
R_work	0.3	9330	-
obs	-	-	70.46 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8446	0.3266	-0.0545	2.0526	0.0518	1.287	0.1208	0.1868	-0.1135	-0.4495	0.067	0.4001	0.1995	-0.1882	-0.1877	0.0311	0.0417	-0.1197	-0.1224	-0.0172	-0.0363	-4.703	34.638	5.257
2	0.4315	-0.2883	0.3345	1.1519	-0.1067	0.9887	0.0512	0.0196	-0.0931	-0.0797	-0.0414	-0.0451	0.1485	0.1453	-0.0098	-0.0641	0.079	-0.0089	-0.0538	0.0199	-0.0131	15.831	25.413	30.243
3	0.9272	-0.4325	0.0302	0.896	0.0836	0.5827	-0.0048	-0.0507	0.0467	0.0118	-0.0001	0.0198	-0.0125	0.0037	0.0049	-0.0925	0.0315	-0.0113	-0.0683	0.0279	-0.0219	4.214	44.275	38.881
4	0.7994	-0.3719	0.1126	0.9368	0.543	0.9837	-0.0547	0.0497	0.0487	-0.2138	0.0666	0.0656	-0.0991	0.0506	-0.012	-0.0056	0.0014	-0.055	-0.0992	0.0355	-0.0786	-1.408	55.526	13.42
5	1.1964	0.4868	-0.0388	2.3417	-0.6151	1.2233	0.0756	-0.0168	0.3836	0.206	-0.0395	0.189	0.0183	-0.0122	-0.036	-0.0664	-0.0583	0.0176	-0.0719	-0.045	-0.025	8.696	88.982	68.358
6	1.0493	-0.0237	-0.21	1.0547	0.5625	1.0407	-0.0191	-0.1349	0.0203	0.0669	0.0948	-0.3029	0.016	0.2271	-0.0758	-0.1351	0.0068	-0.0353	0.0238	-0.0118	0.0576	34.8	72.032	56.665
7	1.1318	-0.4707	0.2713	1.0349	0.11	0.8687	0.0369	0.0247	-0.0561	-0.0933	-0.0157	-0.0319	-0.025	0.0227	-0.0212	-0.0944	-0.0037	0.015	-0.0594	0.0032	-0.0111	17.763	69.293	40.172
8	0.6941	0.0302	0.7546	1.1379	0.6723	1.6422	0.054	-0.0419	0.0958	0.1988	-0.2151	0.2175	0.0922	-0.1605	0.161	-0.116	-0.0402	0.0716	-0.0511	-0.0582	0.0005	-3.745	73.26	58.557
9	1.6332	0.4696	1.1784	5.6421	-2.5626	3.9916	0.2119	-0.3758	0.2361	0.9035	0.1111	0.091	-1.3365	-0.1874	-0.3229	0.5927	-0.023	0.2239	-0.0363	-0.0854	-0.1632	-37.629	98.756	24.331
10	0.3576	-0.1337	-0.7963	0.6906	0.7989	2.6808	-0.0067	-0.017	-0.0694	0.2468	-0.0755	0.0785	0.3577	-0.3652	0.0821	0.056	-0.0993	0.058	-0.0198	0.0126	-0.1069	-41.263	66.947	15.983
11	0.9851	0.1732	-0.5092	1.1738	0.5339	2.1358	0.0556	-0.0426	0.0242	0.0386	0.0174	0.0089	-0.0678	0.1955	-0.0729	-0.0234	-0.0356	-0.0153	-0.0577	0.0174	-0.1202	-23.628	74.48	2.05
12	0.6835	0.1467	-0.2142	1.5949	0.3572	1.3193	-0.0065	-0.0876	-0.0025	0.0074	0.0559	0.0732	-0.5949	-0.0166	-0.0494	0.3242	0.0257	0.0959	-0.1931	-0.0353	-0.1639	-31.133	101.513	1.727
13	1.6826	0.3346	0.0832	1.5358	-0.2686	1.7663	0.0933	0.0615	0.0683	-0.0832	-0.0565	-0.0832	-0.2283	0.3711	-0.0367	-0.1132	-0.0281	0.0222	0.0393	0.0356	-0.0694	-0.561	70.3	-46.81
14	0.8269	0.1758	-0.0623	0.4046	0.0941	0.964	-0.0036	0.0694	-0.0855	-0.053	0.0056	-0.0157	0.0034	-0.0757	-0.0019	-0.0965	0.0129	-0.0234	-0.0592	-0.0082	-0.032	-31.747	59.929	-39.389
15	0.8059	0.4018	-0.321	1.137	0.1569	1.1524	0.1101	-0.0533	0.02	0.0309	-0.0426	0.012	-0.2498	-0.0126	-0.0674	-0.0311	0.0118	-0.0065	-0.0787	0.0106	-0.0587	-28.799	78.958	-25.485
16	0.3824	0.0399	-0.6438	1.0389	0.4817	1.7543	0.0821	-0.1961	-0.0093	0.0322	-0.0449	-0.0466	-0.1613	0.5531	-0.0371	-0.1306	-0.1036	-0.0156	0.1429	0.0121	-0.0624	-0.056	76.777	-24.984

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	25 - 79
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	80 - 198
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	199 - 317
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	318 - 514
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	25 - 79
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	80 - 198
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	199 - 317
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	318 - 514
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	25 - 79
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	80 - 198
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	199 - 317
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	318 - 514
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	25 - 79
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	80 - 198
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	199 - 317
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	318 - 514

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)