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万見
- PDB-2trc: PHOSDUCIN/TRANSDUCIN BETA-GAMMA COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2trc
タイトルPHOSDUCIN/TRANSDUCIN BETA-GAMMA COMPLEX
要素
  • (TRANSDUCIN) x 2
  • PHOSDUCIN
キーワードCOMPLEX (TRANSDUCER/TRANSDUCTION) / PHOSDUCIN / TRANSDUCIN / BETA-GAMMA / SIGNAL TRANSDUCTION / REGULATION / PHOSPHORYLATION / G PROTEINS / THIOREDOXIN / VISION / MEKA / COMPLEX (TRANSDUCER-TRANSDUCTION) / COMPLEX (TRANSDUCER-TRANSDUCTION) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Olfactory Signaling Pathway / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / eye photoreceptor cell development / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / Activation of the phototransduction cascade / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / Activation of G protein gated Potassium channels / G-protein activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma ...Olfactory Signaling Pathway / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / eye photoreceptor cell development / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / Activation of the phototransduction cascade / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / Activation of G protein gated Potassium channels / G-protein activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through PLC beta / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Thromboxane signalling through TP receptor / Presynaptic function of Kainate receptors / G beta:gamma signalling through CDC42 / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G alpha (12/13) signalling events / Glucagon-type ligand receptors / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Ca2+ pathway / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / G alpha (z) signalling events / Extra-nuclear estrogen signaling / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / G alpha (i) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / photoreceptor outer segment / phototransduction / photoreceptor inner segment / visual perception / photoreceptor disc membrane / cellular response to catecholamine stimulus / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / intracellular protein localization / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / sensory perception of taste / signaling receptor complex adaptor activity / GTPase binding / retina development in camera-type eye / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cell population proliferation / G protein-coupled receptor signaling pathway / GTPase activity / synapse / protein-containing complex binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosducin, domain 2 / Phosducin; domain 2 / Phosducin / Phosducin, N-terminal domain superfamily / : / Phosducin, thioredoxin-like domain / Phosducin / Transducin (heterotrimeric G protein), gamma chain / G Protein Gi Gamma 2 / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase ...Phosducin, domain 2 / Phosducin; domain 2 / Phosducin / Phosducin, N-terminal domain superfamily / : / Phosducin, thioredoxin-like domain / Phosducin / Transducin (heterotrimeric G protein), gamma chain / G Protein Gi Gamma 2 / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Few Secondary Structures / Irregular / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / Thioredoxin-like superfamily / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GADOLINIUM ATOM / Guanine nucleotide-binding protein G(T) subunit gamma-T1 / Phosducin / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Gaudet, R. / Bohm, A. / Sigler, P.B.
引用
ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1996
タイトル: Crystal structure at 2.4 angstroms resolution of the complex of transducin betagamma and its regulator, phosducin.
著者: Gaudet, R. / Bohm, A. / Sigler, P.B.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1996
タイトル: Crystal Structure of a Ga Protein Beta Gamma Dimer at 2.1A Resolution
著者: Sondek, J. / Bohm, A. / Lambright, D.G. / Hamm, H.E. / Sigler, P.B.
履歴
登録1997年1月6日処理サイト: BNL
改定 1.01997年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: pdbx_database_status / software / struct_conn
Item: _pdbx_database_status.process_site / _software.classification ..._pdbx_database_status.process_site / _software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42019年8月14日Group: Data collection / カテゴリ: computing
改定 1.52024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: TRANSDUCIN
G: TRANSDUCIN
P: PHOSDUCIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,3468
ポリマ－70,5603
非ポリマー7865
水4,216234
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10920 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area27150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.700, 88.510, 98.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 TRANSDUCIN / GT BETA-GAMMA


分子量: 37430.957 Da / 分子数: 1
断片: LYS-C RESISTANT FRAGMENT, THE GAMMA SUBUNIT CLEAVED AFTER RESIDUE 68
由来タイプ: 天然 / 詳細: PURIFIED FROM BOVINE ROD OUTER SEGMENTS / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 細胞株: B834 / 細胞内の位置: ROD OUTER SEGMENTS / 器官: EYE / 組織: RETINA / 参照: UniProt: P62871
#2: タンパク質 TRANSDUCIN / GT BETA-GAMMA


分子量: 8040.304 Da / 分子数: 1
断片: LYS-C RESISTANT FRAGMENT, THE GAMMA SUBUNIT CLEAVED AFTER RESIDUE 68
由来タイプ: 天然 / 詳細: PURIFIED FROM BOVINE ROD OUTER SEGMENTS / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 細胞株: B834 / 細胞内の位置: ROD OUTER SEGMENTS / 器官: EYE / 組織: RETINA / 参照: UniProt: P02698
#3: タンパク質 PHOSDUCIN / MEKA / PP33


分子量: 25088.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 株: ZIVIC-MILLER SPRAGUE-DAWLEY / 組織: RETINA / 細胞株: B834 / 細胞内の位置: CYTOSOLIC / 器官: PINEAL GLAND, RETINA / 参照: UniProt: P20942
#4: 化合物
ChemComp-GD / GADOLINIUM ATOM / ガドリニウムヒドリド


分子量: 157.250 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Gd
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: THE PROTEIN COMPLEX (10 MG/ML SOLUTION) WAS CRYSTALLIZED FROM 50 MM SODIUM CITRATE (PH 5.0), 150 MM MAGNESIUM ACETATE, 9.5% PEG 8000, BY HANGING DROP METHOD AT 4 DEGREES C., vapor diffusion - ...詳細: THE PROTEIN COMPLEX (10 MG/ML SOLUTION) WAS CRYSTALLIZED FROM 50 MM SODIUM CITRATE (PH 5.0), 150 MM MAGNESIUM ACETATE, 9.5% PEG 8000, BY HANGING DROP METHOD AT 4 DEGREES C., vapor diffusion - hanging drop, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15 mg/mlprotein1drop
20.5 mMDTT1drop
325 mMsodium citrate1drop
475 mMmagnesium acetate1drop
54.75 %PEG80001drop
650 mMsodium citrate1reservoir
7150 mMmagnesium acetate1reservoir
89.5 %PEG80001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9791 / 波長: 0.9791, 1.7109
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年6月6日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97911
21.71091
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 24085 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 37 Å2 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.37→2.44 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Rsym value: 0.301 / % possible all: 97
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.06
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.8 % / Rmerge(I) obs: 0.301

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.8精密化
X-PLOR3.8モデル構築
SHELX精密化
SHELXモデル構築
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
X-PLOR3.8位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.0057 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
詳細: DISORDERED REGION IN PHOSDUCIN FROM RESIDUE 37 - 66 WAS MODELED STEREOCHEMICALLY AS A POLYALANINE CHAIN.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 2358 9.8 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.19 24085 91.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 27.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.102 Å20 Å20 Å2
2---25.642 Å20 Å2
3----29.316 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.56 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a-0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4831 0 5 234 5070
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.5
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.8911.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it4.8532
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it4.3992
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it6.9142.5
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.51 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 234 7.14 %
Rwork0.233 2195 -
obs--74.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2SOLVENT.PARAMTOPOLOGY.ELEMENTS
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.19 / Rfactor Rwork: 0.19
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.5
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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