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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2tpr | ||||||
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タイトル | X-RAY STRUCTURE OF TRYPANOTHIONE REDUCTASE FROM CRITHIDIA FASCICULATA AT 2.4 ANGSTROMS RESOLUTION | ||||||
要素 | TRYPANOTHIONE REDUCTASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 trypanothione-disulfide reductase / trypanothione-disulfide reductase (NADPH) activity / glutathione-disulfide reductase (NADPH) activity / glutathione metabolic process / cell redox homeostasis / flavin adenine dinucleotide binding / cellular response to oxidative stress / mitochondrion / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Crithidia fasciculata (真核生物) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Kuriyan, J. / Kong, X.-P. / Krishna, T.S.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1991 タイトル: X-ray structure of trypanothione reductase from Crithidia fasciculata at 2.4-A resolution. 著者: Kuriyan, J. / Kong, X.P. / Krishna, T.S. / Sweet, R.M. / Murgolo, N.J. / Field, H. / Cerami, A. / Henderson, G.B. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990 タイトル: Preliminary Crystallographic Analysis of Trypanothione Reductase from Crithidia Fasciculata 著者: Kuriyan, J. / Wong, L. / Guenther, B.D. / Murgolo, N.J. / Cerami, A. / Henderson, G.B. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1986 タイトル: Purification and Characterization of Trypanothione Reductase from Crithidia Fasciculata, a Newly Discovered Member of the Family of Disulfide-Containing Flavoprotein Reductases 著者: Shames, S.L. / Fairlamb, A.H. / Cerami, A. / Walsh, C.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2tpr.cif.gz | 202.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2tpr.ent.gz | 161.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2tpr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2tpr_validation.pdf.gz | 947.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2tpr_full_validation.pdf.gz | 970.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2tpr_validation.xml.gz | 40.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2tpr_validation.cif.gz | 57.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tp/2tpr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tp/2tpr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO A 42 / 2: CIS PROLINE - PRO A 369 / 3: CIS PROLINE - PRO A 461 / 4: CIS PROLINE - PRO B 42 / 5: CIS PROLINE - PRO B 369 / 6: CIS PROLINE - PRO B 461 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53127.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Crithidia fasciculata (真核生物) / 参照: UniProt: P39040, EC: 1.6.4.8 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.84 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / Num. obs: 42201 / % possible obs: 88 % / Num. measured all: 131449 / Rmerge(I) obs: 0.079 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | Rfactor Rwork: 0.18 / Rfactor obs: 0.18 / 最高解像度: 2.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.4 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. reflection obs: 33134 / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 2.7 |