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万見
- PDB-2std: SCYTALONE DEHYDRATASE COMPLEXED WITH TIGHT-BINDING INHIBITOR CARP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2std
タイトルSCYTALONE DEHYDRATASE COMPLEXED WITH TIGHT-BINDING INHIBITOR CARPROPAMID
要素SCYTALONE DEHYDRATASE
キーワードLYASE / MELANINE BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


scytalone dehydratase / scytalone dehydratase activity / melanin biosynthetic process / endosome / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Scytalone dehydratase / : / Scytalone dehydratase / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CRP / Scytalone dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Magnaporthe grisea (菌類)
手法X線回折 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Nakasako, M. / Motoyama, T. / Kurahashi, Y. / Yamaguchi, I.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Cryogenic X-ray crystal structure analysis for the complex of scytalone dehydratase of a rice blast fungus and its tight-binding inhibitor, carpropamid: the structural basis of tight-binding inhibition.
著者: Nakasako, M. / Motoyama, T. / Kurahashi, Y. / Yamaguchi, I.
履歴
登録1997年12月21日処理サイト: BNL
改定 1.01999年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SCYTALONE DEHYDRATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7123
ポリマ－20,2811
非ポリマー4312
水3,135174
1
A: SCYTALONE DEHYDRATASE
ヘテロ分子

A: SCYTALONE DEHYDRATASE
ヘテロ分子

A: SCYTALONE DEHYDRATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,1359
ポリマ－60,8433
非ポリマー1,2926
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area7670 Å2
ΔGint-116 kcal/mol
Surface area19850 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)74.540, 74.540, 71.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321

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要素

#1: タンパク質 SCYTALONE DEHYDRATASE


分子量: 20280.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Magnaporthe grisea (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56221, scytalone dehydratase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CRP / ((1RS,3SR)-2,2-DICHLORO-N-[(R)-1-(4-CHLOROPHENYL)ETHYL]-1-ETHYL-3-METHYLCYCLOPROPANECARBOXAMIDE / CARPROPAMID / (1S)-N-[(R)-4-クロロ-α-メチルベンジル]-3,3-ジクロロ-1β-エチル-2β-メチルシクロプロパンカ(以下略)


分子量: 334.669 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H18Cl3NO
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 % / 解説: THE CRYSTAL IS NEARLY ISOMORPHOUS WITH THAT OF 1STD
結晶化pH: 5.2 / 詳細: pH 5.2
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
116 mg/mlprotein1drop
214.5 %(w/v)PEG33501reservoir
3280 mMammonium sulfate1reservoir
4200 mMsodium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU ULTRAX 18 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年10月18日 / 詳細: DOUBLE MIRROR FOCUSING
放射モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→71.1 Å / Num. obs: 12014 / % possible obs: 85.6 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.18 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.25 Å / 冗長度: 2.51 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 74.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 50287
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.2 Å / % possible obs: 74.6 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
PROCESSデータ削減
PROCESSデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化開始モデル: 1STD

1std


解像度: 2.1→8 Å / Data cutoff high absF: 1000 / Data cutoff low absF: 1 / Isotropic thermal model: GAUSS / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 -10 %
Rwork0.179 --
obs0.179 11759 83.4 %
原子変位パラメータBiso mean: 28.5 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1343 0 25 174 1542
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.264
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.72
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d2.653
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.19 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 -10.5 %
Rwork0.252 1104 -
obs--74.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.72
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.72
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg2.653
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.252

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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