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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2scu | ||||||
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タイトル | A detailed description of the structure of Succinyl-COA synthetase from Escherichia coli | ||||||
要素 | (PROTEIN (SUCCINYL-COA LIGASE)) x 2 | ||||||
キーワード | LIGASE / CITRIC ACID CYCLE / HETEROTETRAMER | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 succinate-CoA ligase complex (ADP-forming) / succinate-CoA ligase (GDP-forming) activity / succinate-CoA ligase complex / succinate-CoA ligase (ADP-forming) / succinate-CoA ligase (ADP-forming) activity / succinyl-CoA metabolic process / tricarboxylic acid cycle / nucleotide binding / magnesium ion binding / ATP binding ...succinate-CoA ligase complex (ADP-forming) / succinate-CoA ligase (GDP-forming) activity / succinate-CoA ligase complex / succinate-CoA ligase (ADP-forming) / succinate-CoA ligase (ADP-forming) activity / succinyl-CoA metabolic process / tricarboxylic acid cycle / nucleotide binding / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Fraser, M.E. / Wolodko, W.T. / James, M.N.G. / Bridger, W.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999 タイトル: A detailed structural description of Escherichia coli succinyl-CoA synthetase. 著者: Fraser, M.E. / James, M.N. / Bridger, W.A. / Wolodko, W.T. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1994 タイトル: The Crystal Structure of Succinyl-Coa Synthetase from Escherichia Coli at 2.5 Angstroms Resolution 著者: Wolodko, W.T. / Fraser, M.E. / James, M.N.G. / Bridger, W.A. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1984 タイトル: Crystallization of Succinyl-Coa Synthetase from Escherichia Coli 著者: Wolodko, W.T. / James, M.N.G. / Bridger, W.A. #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999 タイトル: A Dimeric Form of Escherichia Coli Succinyl-Coa Synthetase Produced by Site- Directed Mutagenesis 著者: Bailey, D.L. / Fraser, M.E. / Bridger, W.A. / James, M.N.G. / Wolodko, W.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2scu.cif.gz | 269.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2scu.ent.gz | 216.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2scu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2scu_validation.pdf.gz | 891.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2scu_full_validation.pdf.gz | 953.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2scu_validation.xml.gz | 60.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2scu_validation.cif.gz | 85.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sc/2scu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sc/2scu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29758.213 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: RESIDUES A246 AND D246 ARE PHOSPHOHISTIDINES / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CR63 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P07459, UniProt: P0AGE9*PLUS, succinate-CoA ligase (ADP-forming) #2: タンパク質 | 分子量: 41438.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: RESIDUES A246 AND D246 ARE PHOSPHOHISTIDINES / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CR63 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P07460, UniProt: P0A836*PLUS, succinate-CoA ligase (ADP-forming) #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | SO4 400 IS ASSOCIATED | 配列の詳細 | AMINO-TERMINAL ANALYSIS OF THE ALPHA SUBUNIT INDICATES THAT THE FIRST RESIDUE IS A SERINE (W. A. ...AMINO-TERMINAL ANALYSIS OF THE ALPHA SUBUNIT INDICATES THAT THE FIRST RESIDUE IS A SERINE (W. A. BRIDGE, ENZYMES, 1974, 3RD ED. 10, 581-606). IN THE GENE SEQUENCING | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 23 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.35 % / 解説: DATA WERE COLLECTED USING THE WEISSENBERG METHOD. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.2 / 詳細: pH 7.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 21 ℃ / pH: 7.3 / 手法: microdialysis / 詳細: Wolodko, W.T., (1984) J. Biol. Chem., 259, 5316. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 283 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 |
検出器 | 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年3月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→100 Å / Num. obs: 417950 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.45 |
反射 | *PLUS Num. obs: 83411 / Num. measured all: 417950 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.3→8 Å / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / バージョン: 5EB / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor all: 0.195 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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