+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ruu | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Solution structures of the DNA-binding domain (ZF3) of immune-related zinc-finger protein ZFAT | ||||||
![]() | Zinc finger protein ZFAT | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / ZFAT / zinc finger | ||||||
機能・相同性 | ![]() spongiotrophoblast layer development / hematopoietic progenitor cell differentiation / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of DNA-templated transcription / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing | ||||||
Model details | lowest energy, model1 | ||||||
![]() | Tochio, N. / Umehara, T. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Solution structures of the DNA-binding domains of immune-related zinc-finger protein ZFAT 著者: Tochio, N. / Umehara, T. / Nakabayashi, K. / Yoneyama, M. / Tsuda, K. / Shirouzu, M. / Koshiba, S. / Watanabe, S. / Kigawa, T. / Sasazuki, T. / Shirasawa, S. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 211.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 174.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 383.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 451.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2rutC ![]() 2ruvC ![]() 2ruwC ![]() 2ruxC ![]() 2ruyC ![]() 2ruzC ![]() 2rv0C ![]() 2rv1C ![]() 2rv2C ![]() 2rv3C ![]() 2rv4C ![]() 2rv5C ![]() 2rv6C ![]() 2rv7C C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | |
その他のデータベース |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-
要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3813.328 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 297-325 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
NMR実験 |
|
-
試料調製
詳細 | 内容: 1.09 mM [U-13C; U-15N] protein-1, 20 mM [U-2H] TRIS-2, 100 mM sodium chloride-3, 1 mM [U-2H] DTT-4, 0.02 % sodium azide-5, 50 uM zinc chloride-6, 90 % H2O-7, 10 % [U-2H] D2O-8, 90% H2O/10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
試料 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料状態 | イオン強度: 120 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 296 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz |
---|
-
解析
NMR software |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1 |