PDB-2ru0: Solution structure of actinomycesin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ru0

タイトル

Solution structure of actinomycesin

要素

Arthropod defensin

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / Antimicrobial peptide

機能・相同性

Arthropod defensin / Invertebrate defensins family profile. / Defensin, invertebrate/fungal / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / defense response / Arthropod defensin

機能・相同性情報

生物種

Actinomyces sp. oral taxon 171 (バクテリア)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

Model details

lowest energy, model1

データ登録者

Umetsu, Y. / Gao, B. / Zhu, S. / Ohki, S.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of actinomycesin
著者: Umetsu, Y. / Gao, B. / Zhu, S. / Ohki, S.

履歴

登録	2013年10月17日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年10月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年11月11日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ru0.cif.gz	243.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ru0.ent.gz	203.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ru0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/2ru0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/2ru0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1p0a-d 6nom-d 1rim-d 1ag7-d 6uco-d 2m9f-d 6ji7-d 5lm0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 11537

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Arthropod defensin

4.08 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Arthropod defensin / actinomycesin 分子量: 4078.625 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 31-66 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Actinomyces sp. oral taxon 171 (バクテリア) 株: F0337 / 遺伝子: HMPREF9057_00043 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E7N5J9
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-1H TOCSY
1	2	1	2D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 2 mM actinomycin-1, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 2 mM / 構成要素: actinomycin-1
試料状態	pH: 3 / 圧: ambient / 温度: 303 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CYANA	2.1	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
NMRPipe		Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	解析
Sparky		Goddard	chemical shift assignment
CYANA			精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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