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万見
- PDB-2rtt: Solution structure of the chitin-binding domain of Chi18aC from S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rtt
タイトルSolution structure of the chitin-binding domain of Chi18aC from Streptomyces coelicolor
要素ChiC
キーワードHYDROLASE / chitin-binding domain / chitinase
機能・相同性
機能・相同性情報


polysaccharide binding / chitin binding / polysaccharide catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #290 / Carbohydrate-binding type-2, conserved site / CBM2a (carbohydrate-binding type-2) domain signature. / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding type-2 domain / CBM2 (Carbohydrate-binding type-2) domain profile. / CBD_II / CBM2, carbohydrate-binding domain superfamily / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site ...Immunoglobulin-like - #290 / Carbohydrate-binding type-2, conserved site / CBM2a (carbohydrate-binding type-2) domain signature. / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding type-2 domain / CBM2 (Carbohydrate-binding type-2) domain profile. / CBD_II / CBM2, carbohydrate-binding domain superfamily / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / : / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailstarget function, model1
データ登録者Okumura, A. / Uemura, M. / Yamada, N. / Chikaishi, E. / Takai, T. / Yoshio, S. / Akagi, K. / Morita, J. / Lee, Y. / Yokogawa, D. ...Okumura, A. / Uemura, M. / Yamada, N. / Chikaishi, E. / Takai, T. / Yoshio, S. / Akagi, K. / Morita, J. / Lee, Y. / Yokogawa, D. / Suzuki, K. / Watanabe, T. / Ikegami, T.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of the Chitin-binding domain of chitinase Chi18aC from Streptomyces coelicolor
著者: Okumura, A. / Uemura, M. / Yamada, N. / Chikaishi, E. / Takai, T. / Yoshio, S. / Akagi, K. / Morita, J. / Lee, Y. / Yokogawa, D. / Suzuki, K. / Watanabe, T. / Ikegami, T.
履歴
登録2013年8月26日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ChiC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6091
ポリマ－10,6091
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 100target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 ChiC / Chi18aC


分子量: 10609.293 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 31-135 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア)
遺伝子: chiC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Z9M8

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-15N HSQC
1323D HN(CA)CB
1423D CBCA(CO)NH
1523D HNCO
1623D HN(CA)CO
1723D HBHA(CO)NH
1813D 1H-15N TOCSY
1922D 1H-13C HSQC
11012D 1H-15N HSQC
11123D C(CO)NH
11223D H(CCO)NH
11313D 1H-15N NOESY
11413D 1H-15N NOESY
11552D DQF-COSY
11652D 1H-1H NOESY
11733D 1H-15N NOESY
11823D 1H-13C NOESY
11932D 1H-15N HSQC
12033D 1H-13C NOESY aromatic
12124D H(CCO)NH
12233D (H)CCH-TOCSY aromatic

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.1 mM [U-15N] Chi18aC_CBD-1, 20 mM potassium phosphate-2, 0.02 % sodium azide-3, 1 mM DTT-4, 90 % H2O-5, 10 % [U-2H] D2O-6, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.64 mM [U-13C; U-15N] Chi18aC_CBD-7, 20 mM potassium phosphate-8, 0.02 % sodium azide-9, 1 mM DTT-10, 90 % H2O-11, 10 % [U-2H] D2O-12, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.71 mM [U-13C; U-15N] Chi18aC_CBD-13, 20 mM potassium phosphate-14, 0.02 % sodium azide-15, 1 mM DTT-16, 100 % [U-2H] D2O-17, 100% D2O100% D2O
40.37 mM [U-15% 13C; U-15N] Chi18aC_CBD-18, 20 mM potassium phosphate-19, 0.02 % sodium azide-20, 1 mM DTT-21, 90 % H2O-22, 10 % [U-2H] D2O-23, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
51.0 mM Chi18aC_CBD-24, 20 mM potassium phosphate-25, 0.02 % sodium azide-26, 1 mM DTT-27, 90 % H2O-28, 10 % [U-2H] D2O-29, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.1 mMChi18aC_CBD-1[U-15N]1
20 mMpotassium phosphate-21
0.02 %sodium azide-31
1 mMDTT-41
90 %H2O-51
10 %D2O-6[U-2H]1
0.64 mMChi18aC_CBD-7[U-13C; U-15N]2
20 mMpotassium phosphate-82
0.02 %sodium azide-92
1 mMDTT-102
90 %H2O-112
10 %D2O-12[U-2H]2
0.71 mMChi18aC_CBD-13[U-13C; U-15N]3
20 mMpotassium phosphate-143
0.02 %sodium azide-153
1 mMDTT-163
100 %D2O-17[U-2H]3
0.37 mMChi18aC_CBD-18[U-15% 13C; U-15N]4
20 mMpotassium phosphate-194
0.02 %sodium azide-204
1 mMDTT-214
90 %H2O-224
10 %D2O-23[U-2H]4
1.0 mMChi18aC_CBD-245
20 mMpotassium phosphate-255
0.02 %sodium azide-265
1 mMDTT-275
90 %H2O-285
10 %D2O-29[U-2H]5
試料状態pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker DRXBrukerDRX6002
Bruker DRXBrukerDRX8003
Bruker AvanceBrukerAVANCE4004

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardpeak picking
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardデータ解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANA精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 30 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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