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万見
- PDB-2rt8: Structure of metallo-dna in solution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rt8
タイトルStructure of metallo-dna in solution
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*TP*TP*GP*TP*CP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*GP*AP*CP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
キーワードDNA / METALLO-BASE-PAIR / T-HG(II)-T BASE-PAIR
機能・相同性: / DNA
機能・相同性情報
手法溶液NMR / SIMMULATED ANNEALING
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Yamaguchi, H. / Sebera, J. / Kondo, J. / Oda, S. / Komuro, T. / Kawamura, T. / Dairaku, T. / Kondo, Y. / Okamoto, I. / Ono, A. ...Yamaguchi, H. / Sebera, J. / Kondo, J. / Oda, S. / Komuro, T. / Kawamura, T. / Dairaku, T. / Kondo, Y. / Okamoto, I. / Ono, A. / Burda, J.V. / Kojima, C. / Sychrovsky, V. / Tanaka, Y.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: The structure of metallo-DNA with consecutive thymine-HgII-thymine base pairs explains positive entropy for the metallo base pair formation.
著者: Yamaguchi, H. / Sebera, J. / Kondo, J. / Oda, S. / Komuro, T. / Kawamura, T. / Dairaku, T. / Kondo, Y. / Okamoto, I. / Ono, A. / Burda, J.V. / Kojima, C. / Sychrovsky, V. / Tanaka, Y.
履歴
登録2013年6月18日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*TP*TP*GP*TP*CP*C)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*CP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,4744
ポリマ－6,0732
非ポリマー4012
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)17 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*TP*TP*GP*TP*CP*C)-3')


分子量: 3011.966 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*AP*CP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')


分子量: 3061.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION / HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
1222D 1H-1H NOESY
1312D DQF-COSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12.0 mM 5'-D(*CP*GP*CP*GP*TP*TP*GP*TP*CP*C)-3'-1, 2.0 mM 5'-D(*GP*GP*AP*CP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3'-2, 4.0 mM Mercury(II) perchlorate-3, 100 mM Sodium perchlorate-4, 100 % [U-100% 2H] D2O-5, 100% D2O100% D2O
22.0 mM 5'-D(*CP*GP*CP*GP*TP*TP*GP*TP*CP*C)-3'-6, 2.0 mM 5'-D(*GP*GP*AP*CP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3'-7, 4.0 mM Mercury(II) perchlorate-8, 100 mM Sodium perchlorate-9, 95 % H2O-10, 5 % [U-100% 2H] D2O-11, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
2.0 mM5'-D(*CP*GP*CP*GP*TP*TP*GP*TP*CP*C)-3'-11
2.0 mM5'-D(*GP*GP*AP*CP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3'-21
4.0 mMMercury(II) perchlorate-31
100 mMSodium perchlorate-41
100 %D2O-5[U-100% 2H]1
2.0 mM5'-D(*CP*GP*CP*GP*TP*TP*GP*TP*CP*C)-3'-62
2.0 mM5'-D(*GP*GP*AP*CP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3'-72
4.0 mMMercury(II) perchlorate-82
100 mMSodium perchlorate-92
95 %H2O-102
5 %D2O-11[U-100% 2H]2
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 283 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: BRUKER DRX800 / 製造業者: Bruker / モデル: DRX800 / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.851構造決定
X-PLOR3.851精密化
Sparky3.1Goddard解析
Sparky3.1Goddardchemical shift assignment
Sparky3.1Goddardpeak picking
MARDIGRASThomas L. James構造決定
精密化手法: SIMMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 628
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 17 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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