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- PDB-2rsl: REFINEMENT OF GAMMA DELTA RESOLVASE REVEALS A STRIKINGLY FLEXIBLE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rsl
タイトルREFINEMENT OF GAMMA DELTA RESOLVASE REVEALS A STRIKINGLY FLEXIBLE MOLECULE
要素GAMMA DELTA-RESOLVASE
キーワードSITE-SPECIFIC RECOMBINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA strand exchange activity / DNA integration / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Resolvase, N-terminal catalytic domain / Site-specific recombinases signature 2. / Resolvase, HTH domain / Helix-turn-helix domain of resolvase / Recombinase, conserved site / Site-specific recombinases active site. / Resolvase/invertase-type recombinase catalytic domain profile. / Resolvase, N-terminal catalytic domain / Resolvase-like, N-terminal catalytic domain superfamily / Resolvase, N terminal domain ...Resolvase, N-terminal catalytic domain / Site-specific recombinases signature 2. / Resolvase, HTH domain / Helix-turn-helix domain of resolvase / Recombinase, conserved site / Site-specific recombinases active site. / Resolvase/invertase-type recombinase catalytic domain profile. / Resolvase, N-terminal catalytic domain / Resolvase-like, N-terminal catalytic domain superfamily / Resolvase, N terminal domain / Resolvase, N terminal domain / Homeobox-like domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transposon gamma-delta resolvase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Rice, P.A. / Steitz, T.A.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1994
タイトル: Refinement of gamma delta resolvase reveals a strikingly flexible molecule.
著者: Rice, P.A. / Steitz, T.A.
#1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1990
タイトル: The Crystal Structure of the Catalytic Domain of the Site-Specific Recombination Enzyme Gamma Delta Resolvase at 2.7 Angstroms Resolution
著者: Sanderson, M.R. / Freemont, P.S. / Rice, P.A. / Goldman, A. / Hatfull, G.F. / Grindley, N.D.F. / Steitz, T.A.
#2: ジャーナル: Embo J. / 年: 1993
タイトル: Protein-Protein Interactions Directing Resolvase Site-Specific Recombination: A Structure-Function Analysis
著者: Hughes, R.E. / Rice, P.A. / Steitz, T.A. / Grindley, N.D.F.
#3: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1990
タイトル: Cooperativity Mutants of the Gamma Delta Resolvase Identify an Essential Interdimer Interaction
著者: Hughes, R.E. / Hatfull, G.F. / Rice, P. / Steitz, T.A. / Grindley, N.D.F.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989
タイトル: Preparation of Heavy-Atom Derivatives Using Site-Directed Mutagenesis. Introduction of Cysteine Residues Into Gamma Delta Resolvase
著者: Hatfull, G.F. / Sanderson, M.R. / Freemont, P.S. / Raccuia, P.R. / Grindley, N.D.F. / Steitz, T.A.
履歴
登録1993年9月8日処理サイト: BNL
置き換え1994年4月30日ID: 1RSL
改定 1.01994年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32015年9月16日Group: Other
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GAMMA DELTA-RESOLVASE
B: GAMMA DELTA-RESOLVASE
C: GAMMA DELTA-RESOLVASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8366
ポリマ－46,5473
非ポリマー2883
水2,972165
1
A: GAMMA DELTA-RESOLVASE
B: GAMMA DELTA-RESOLVASE
C: GAMMA DELTA-RESOLVASE
ヘテロ分子

A: GAMMA DELTA-RESOLVASE
B: GAMMA DELTA-RESOLVASE
C: GAMMA DELTA-RESOLVASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,67112
ポリマ－93,0956
非ポリマー5766
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)76.800, 191.300, 63.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-743-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.72553, 0.07192, -0.68442), (-0.0001, -0.99454, -0.1044), (-0.68819, -0.07568, 0.72157)68.86822, 81.59939, 32.52771
2given(-0.48659, -0.12903, 0.86405), (-0.04274, 0.99136, 0.12397), (-0.87258, 0.02339, -0.48791)16.80315, 52.67612, 73.88525
3given(-0.24741, 0.03908, 0.96812), (0.01498, -0.99891, 0.04415), (0.96879, 0.02542, 0.24656)-0.80348, 131.60529, -2.98717
詳細THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON MTRIX RECORDS BELOW WERE CALCULATED BY A LEAST-SQUARES FITTING OF RESIDUES 1 - 36 AND 46 - 115 OF EACH MONOMER. THE TWIST OF THE CENTRAL BETA SHEET OF MONOMER A IS DIFFERENT THAN THAT OF THE OTHER TWO, SO THE CHOICE OF WHICH ATOMS TO SUPERIMPOSE IS SOMEWHAT ARBITRARY. THE TRANSFORMATION PRESENTED AS *MTRIX 1* BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN B WHEN APPLIED TO CHAIN A. THE TRANSFORMATION PRESENTED AS *MTRIX 2* BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN C WHEN APPLIED TO CHAIN A. THE TRANSFORMATION PRESENTED AS *MTRIX 3* BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN C WHEN APPLIED TO CHAIN B.

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要素

#1: タンパク質 GAMMA DELTA-RESOLVASE


分子量: 15515.833 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03012
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.83 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: microdialysis
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
14 mg/mlprotein1drop
240 %sat1reservoir(NH4)2SO4
340 mMTris-borate-EDTA1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
PROLSQ精密化
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.3→8 Å / σ(F): 1
詳細: THE TURN CONSISTING OF RESIDUES 38 - 44 IN CHAIN A AND THE C-TERMINUS OF EACH CHAIN (RESIDUES A 123 - A 140, B 121 - B 140, AND C 120 - C 140) ARE DISORDERED IN THE CRYSTAL. NO COORDINATES ...詳細: THE TURN CONSISTING OF RESIDUES 38 - 44 IN CHAIN A AND THE C-TERMINUS OF EACH CHAIN (RESIDUES A 123 - A 140, B 121 - B 140, AND C 120 - C 140) ARE DISORDERED IN THE CRYSTAL. NO COORDINATES ARE INCLUDED IN THIS ENTRY FOR THESE RESIDUES.
Rfactor反射数
obs0.2 18445
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2683 0 15 165 2863
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d1.42
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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