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万見
- PDB-2rqk: NMR Solution Structure of Mesoderm Development (MESD) - closed co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rqk
タイトルNMR Solution Structure of Mesoderm Development (MESD) - closed conformation
要素Mesoderm development candidate 2
キーワードCHAPERONE
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / protein localization to cell surface / low-density lipoprotein particle receptor binding / mesoderm development / phagocytosis / ossification / Wnt signaling pathway / protein folding / endoplasmic reticulum / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
LRP chaperone MESD / Chaperone for wingless signalling and trafficking of LDL receptor / ACT domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LRP chaperone MESD
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsNMR based model structure of the conserved core region of mesoderm development (D45-K184). Flexible ...NMR based model structure of the conserved core region of mesoderm development (D45-K184). Flexible loop region (D71-K103) is ommitted.
データ登録者Koehler, C. / Lighthouse, J.K. / Werther, T. / Andersen, O.M. / Diehl, A. / Schmieder, P. / Holdener, B.C. / Oschkinat, H.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: The Structure of MESD45-184 Brings Light into the Mechanism of LDLR Family Folding
著者: Kohler, C. / Lighthouse, J.K. / Werther, T. / Andersen, O.M. / Diehl, A. / Schmieder, P. / Du, J. / Holdener, B.C. / Oschkinat, H.
履歴
登録2009年8月6日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mesoderm development candidate 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1481
ポリマ－16,1481
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Mesoderm development candidate 2


分子量: 16148.112 Da / 分子数: 1 / 断片: D45-K184 conserved core region, UNP residues 45-184 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mesdc2 / プラスミド: pET-30 Xa/LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9ERE7

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: NMR based model structure of the conserved core region of mesoderm development (D45-K184). Flexible loop region (D71-K103) is ommitted.
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1132D 1H-15N HSQC
1242D 1H-15N HSQC
1312D 1H-13C HSQC
1423D CBCA(CO)NH
1523D CBCANNH
1623D HNCO
1723D HN(CA)CO
1813D (H)CCH-TOCSY
1913D (H)CCH-COSY
11023D H(CCCO)NH-TOCSY
11123D (H)CC(CO)NH-TOCSY
11233D 1H-15N NOESY
11313D 1H-13C NOESY
11432D 1H-15N HSQC coupled
11532D 1H-15N HSQC 15N T1-edited
11632D 1H-15N HSQC 15N T2-edited

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM [U-100% 13C; U-100% 15N] MESD, 20mM sodium phosphate, 50mM sodium chloride, 0.02% sodium azide, 0.1mM EDTA, 100% D2O100% D2O
21mM [U-100% 13C; U-100% 15N] MESD, 20mM sodium phosphate, 50mM sodium chloride, 0.02% sodium azide, 0.1mM EDTA, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
31mM [U-100% 15N] MESD, 20mM sodium phosphate, 50mM sodium chloride, 0.02% sodium azide, 0.1mM EDTA, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
41mM [U-100% 15N] MESD, 20mM sodium phosphate, 50mM sodium chloride, 0.02% sodium azide, 0.1mM EDTA, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMMESD[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMsodium phosphate1
50 mMsodium chloride1
0.02 %sodium azide1
0.1 mMEDTA1
1 mMMESD[U-100% 13C; U-100% 15N]2
20 mMsodium phosphate2
50 mMsodium chloride2
0.02 %sodium azide2
0.1 mMEDTA2
1 mMMESD[U-100% 15N]3
20 mMsodium phosphate3
50 mMsodium chloride3
0.02 %sodium azide3
0.1 mMEDTA3
1 mMMESD[U-100% 15N]4
20 mMsodium phosphate4
50 mMsodium chloride4
0.02 %sodium azide4
0.1 mMEDTA4
試料状態pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 300 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVBrukerAV9001
Bruker DRXBrukerDRX6002
Bruker DMXBrukerDMX7503

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3.5Bruker Biospincollection
XwinNMR3.5Bruker Biospin解析
Sparky3.1Goddardchemical shift assignment
Sparky3.1Goddardpeak picking
TopSpin2Bruker Biospincollection
TopSpin2Bruker Biospin解析
CYANA2Guntert, Mumenthaler, Wuthrich構造決定
X-PLOR NIH2.14Schwieters, Kuszewski, Tjandra, Clore構造決定
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges, Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 656 / NOE intraresidue total count: 0 / NOE long range total count: 252 / NOE medium range total count: 108 / NOE sequential total count: 296 / Hydrogen bond constraints total count: 106 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 113 / Protein psi angle constraints total count: 113
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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