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万見
- PDB-2rq0: Solution Structure of Mouse Lipocalin-type Prostaglandin D Syntha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rq0
タイトルSolution Structure of Mouse Lipocalin-type Prostaglandin D Synthase Possessing the Intrinsic Disulfide Bond
要素Prostaglandin-H2 D-isomerase
キーワードISOMERASE / Lipocalin / beta-barrel / Cytoplasm / Endoplasmic reticulum / Fatty acid biosynthesis / Glycoprotein / Golgi apparatus / Lipid synthesis / Membrane / Nucleus / Prostaglandin biosynthesis / Pyrrolidone carboxylic acid / Secreted / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


prostaglandin-D synthase / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / prostaglandin-D synthase activity / negative regulation of male germ cell proliferation / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / retinoid binding / prostaglandin biosynthetic process / mast cell degranulation / response to glucocorticoid / rough endoplasmic reticulum ...prostaglandin-D synthase / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / prostaglandin-D synthase activity / negative regulation of male germ cell proliferation / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / retinoid binding / prostaglandin biosynthetic process / mast cell degranulation / response to glucocorticoid / rough endoplasmic reticulum / fatty acid binding / gene expression / nuclear membrane / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Calycin beta-barrel core domain / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Prostaglandin-H2 D-isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Miyamoto, Y. / Nishimura, S. / Inui, T.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural analysis of lipocalin-type prostaglandin D synthase complexed with biliverdin by small-angle X-ray scattering and multi-dimensional NMR.
著者: Miyamoto, Y. / Nishimura, S. / Inoue, K. / Shimamoto, S. / Yoshida, T. / Fukuhara, A. / Yamada, M. / Urade, Y. / Yagi, N. / Ohkubo, T. / Inui, T.
履歴
登録2008年12月24日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月26日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prostaglandin-H2 D-isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6181
ポリマ－18,6181
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 3000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Prostaglandin-H2 D-isomerase / Lipocalin-type prostaglandin-D synthase / Glutathione-independent PGD synthetase / Prostaglandin-D2 ...Lipocalin-type prostaglandin-D synthase / Glutathione-independent PGD synthetase / Prostaglandin-D2 synthase / PGD2 synthase / PGDS2 / PGDS


分子量: 18617.859 Da / 分子数: 1 / 変異: C65A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ptgds / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O09114, prostaglandin-D synthase
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D HN(CA)CB
1513D HBHA(CO)NH
1623D (H)CCH-TOCSY
1713D 1H-15N NOESY
1813D 1H-15N TOCSY
1923D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM [U-13C; U-15N] Prostaglandin-H2 D-isomerase-1, 20 mM [U-2H] acetic acid-2, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5 mM [U-13C; U-15N] Prostaglandin-H2 D-isomerase-3, 20 mM [U-2H] acetic acid-4, 99.9% D2O99.9% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMProstaglandin-H2 D-isomerase-1[U-13C; U-15N]1
20 mMacetic acid-2[U-2H]1
0.5 mMProstaglandin-H2 D-isomerase-3[U-13C; U-15N]2
20 mMacetic acid-4[U-2H]2
試料状態イオン強度: 0.02 / pH: 4 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
CNS1.2構造決定
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 3000 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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