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- PDB-2rop: Solution structure of domains 3 and 4 of human ATP7B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rop
タイトルSolution structure of domains 3 and 4 of human ATP7B
要素Copper-transporting ATPase 2
キーワードHYDROLASE / Wilson protein / mobility / protein-protein interaction / Alternative splicing / ATP-binding / Copper / Copper transport / Cytoplasm / Disease mutation / Golgi apparatus / Ion transport / Magnesium / Membrane / Metal-binding / Mitochondrion / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Polymorphism / Transmembrane / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


protein maturation by copper ion transfer / P-type divalent copper transporter activity / copper ion export / copper ion transmembrane transporter activity / copper ion import / P-type Cu+ transporter / P-type monovalent copper transporter activity / sequestering of calcium ion / copper ion transport / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane ...protein maturation by copper ion transfer / P-type divalent copper transporter activity / copper ion export / copper ion transmembrane transporter activity / copper ion import / P-type Cu+ transporter / P-type monovalent copper transporter activity / sequestering of calcium ion / copper ion transport / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / intracellular zinc ion homeostasis / response to copper ion / Ion transport by P-type ATPases / intracellular copper ion homeostasis / lactation / trans-Golgi network membrane / establishment of localization in cell / late endosome / monoatomic ion transmembrane transport / copper ion binding / viral translational frameshifting / Golgi membrane / Golgi apparatus / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Heavy metal-associated domain, copper ion-binding / P-type ATPase, subfamily IB / Heavy-metal-associated, conserved site / Heavy-metal-associated domain. / Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / Alpha-Beta Plaits - #100 / E1-E2 ATPase ...Heavy metal-associated domain, copper ion-binding / P-type ATPase, subfamily IB / Heavy-metal-associated, conserved site / Heavy-metal-associated domain. / Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / Alpha-Beta Plaits - #100 / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Copper-transporting ATPase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Banci, L. / Bertini, I. / Cantini, F. / Rosenzweig, A.C. / Yatsunyk, L.A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Metal binding domains 3 and 4 of the Wilson disease protein: solution structure and interaction with the copper(I) chaperone HAH1
著者: Banci, L. / Bertini, I. / Cantini, F. / Rosenzweig, A.C. / Yatsunyk, L.A.
履歴
登録2008年4月4日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Copper-transporting ATPase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1441
ポリマ－21,1441
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 400target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Copper-transporting ATPase 2 / Copper pump 2 / Wilson disease-associated protein / WND/140 kDa


分子量: 21143.512 Da / 分子数: 1
断片: HMA 3 and HMA 4, third soluble domain and fourth soluble domain
由来タイプ: 組換発現
詳細: the construct used in the experiment is 202 aa long and contains the soluble domains 3 and 4 of ATP7B named also Wilson protein, the inter-domain linker (31 aa), a 17 aa portion of the linker ...詳細: the construct used in the experiment is 202 aa long and contains the soluble domains 3 and 4 of ATP7B named also Wilson protein, the inter-domain linker (31 aa), a 17 aa portion of the linker connecting domains 2-3, a 12 aa portion of the linker connecting domains 4-5, and no tags.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATP7B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35670, Cu2+-exporting ATPase
配列の詳細THE SEQUENCE IS OF VARIANT AND THE RESIDUE IS ALA REFERRED IN ATP7B_HUMAN.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D CBCA(CO)NH
1313D HN(CA)CB
1413D (H)CCH-TOCSY
1513D 1H-15N NOESY
1613D 1H-13C NOESY
171R1
181R2

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試料調製

詳細内容: 0.1-0.4mM [U-99% 13C; U-99% 15N] third soluble domain; 0.1-0.4mM [U-99% 13C; U-99% 15N] fourth soluble domain; 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.1 mMentity_1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
0.1 mMentity_2[U-99% 13C; U-99% 15N]1
試料状態イオン強度: 20mM Na Pi + 150mM NaCl / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE9001
Bruker AvanceBrukerAVANCE7002
Bruker AvanceBrukerAVANCE5003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichデータ解析
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichchemical shift assignment
Amber8Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollmデータ解析
Amber8Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollmchemical shift assignment
CYANA2.1Keller and Wuthrichデータ解析
CYANA2.1Keller and Wuthrichchemical shift assignment
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The construct investigated consists of domains 3 and 4 of the soluble N-terminal tail of ATP7B and of a inter-domain linker of 31 aa being essentially in a random coil form. The two domains ...詳細: The construct investigated consists of domains 3 and 4 of the soluble N-terminal tail of ATP7B and of a inter-domain linker of 31 aa being essentially in a random coil form. The two domains reorient in solution independently of one another and the coordinates of the linker have been omitted.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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