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- PDB-2rnl: Solution structure of the EGF-like domain from human Amphiregulin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rnl
タイトルSolution structure of the EGF-like domain from human Amphiregulin
要素Amphiregulin
キーワードSIGNALING PROTEIN / AR / Colorectum cell-derived growth factor / EGF-like domain / CRDGF / Cytokine / Glycoprotein / Membrane / Polymorphism / Transmembrane / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


dichotomous subdivision of terminal units involved in mammary gland duct morphogenesis / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR / positive regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / positive regulation of keratinocyte proliferation / mammary gland branching involved in thelarche / clathrin-coated vesicle membrane / COPII vesicle coating / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / Signaling by EGFR ...dichotomous subdivision of terminal units involved in mammary gland duct morphogenesis / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR / positive regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / positive regulation of keratinocyte proliferation / mammary gland branching involved in thelarche / clathrin-coated vesicle membrane / COPII vesicle coating / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / Signaling by EGFR / membrane organization / Cargo concentration in the ER / COPII-mediated vesicle transport / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / epidermal growth factor receptor binding / negative regulation of osteoblast differentiation / GAB1 signalosome / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / mammary gland alveolus development / glial cell proliferation / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / response to glucocorticoid / response to cAMP / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / EGFR downregulation / cytokine activity / epidermal growth factor receptor signaling pathway / growth factor activity / ER to Golgi transport vesicle membrane / response to hydrogen peroxide / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / response to peptide hormone / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / MAPK cascade / PIP3 activates AKT signaling / neuron projection development / Clathrin-mediated endocytosis / response to estradiol / cell-cell signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / Extra-nuclear estrogen signaling / membrane => GO:0016020 / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / G protein-coupled receptor signaling pathway / Golgi membrane / positive regulation of cell population proliferation / endoplasmic reticulum membrane / cell surface / signal transduction / extracellular space / extracellular region / nucleus
類似検索 - 分子機能
Laminin / Laminin / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Qin, X. / Hayashi, F. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Watanabe, S. / Kigawa, T. / Yabuta, N. / Nojima, H. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of the EGF-like domain from human Amphiregulin
著者: Qin, X. / Hayashi, F. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Watanabe, S. / Kigawa, T. / Yabuta, N. / Nojima, H. / Yokoyama, S.
履歴
登録2008年1月11日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amphiregulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,5841
ポリマ－5,5841
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Amphiregulin / AR / Colorectum cell-derived growth factor / CRDGF


分子量: 5584.219 Da / 分子数: 1 / 断片: EGF-like domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: E. coli CELL-FREE / 遺伝子: AREG, SDGF / 発現宿主: CELL-FREE PROTEIN SYNTHESIS / 参照: UniProt: P15514

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-15N NOESY
1213D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細内容: 20mM [U-100% 2H] TRIS; 100mM sodium chloride; 0.02% sodium azide; 10% [U-100% 2H] D2O; 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
20 mMTRIS[U-100% 2H]1
100 mMsodium chloride1
0.02 %sodium azide1
10 %D2O[U-100% 2H]1
試料状態イオン強度: 120 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Varian INOVAVarianINOVA9002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1CVariancollection
NMRPipe20030801Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRView5.0.4Johnson, One Moon Scientificデータ解析
KUJIRA0.982Kobayashi,N.データ解析
KUJIRA0.982Kobayashi,N.chemical shift assignment
KUJIRA0.982Kobayashi,N.peak picking
CYANA2.0.17Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANA2.0.17Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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