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万見
- PDB-2rne: Solution structure of the second RNA recognition motif (RRM) of TIA-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rne
タイトルSolution structure of the second RNA recognition motif (RRM) of TIA-1
要素Tia1 protein
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RRM domain
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to cytoplasmic stress granule / nuclear stress granule / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / negative regulation of cytokine production / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / stress granule assembly / RNA splicing / mRNA 3'-UTR binding / cytoplasmic stress granule ...protein localization to cytoplasmic stress granule / nuclear stress granule / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / negative regulation of cytokine production / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / stress granule assembly / RNA splicing / mRNA 3'-UTR binding / cytoplasmic stress granule / mRNA processing / negative regulation of translation / ribonucleoprotein complex / apoptotic process / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TIA-1, RNA recognition motif 3 / TIA-1, RNA recognition motif 1 / TIA-1, RNA recognition motif 2 / TIAR, RNA recognition motif 3 / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA recognition motif / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. ...TIA-1, RNA recognition motif 3 / TIA-1, RNA recognition motif 1 / TIA-1, RNA recognition motif 2 / TIAR, RNA recognition motif 3 / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA recognition motif / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytotoxic granule associated RNA binding protein TIA1 / Nucleolysin TIA-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, molecular dynamics
Model detailsT cell intracellular antigen-1 (TIA-1)
データ登録者Takahashi, M. / Kuwasako, K. / Abe, C. / Tsuda, K. / Inoue, M. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Kobayashi, N. / Kigawa, T. / Taguchi, S. ...Takahashi, M. / Kuwasako, K. / Abe, C. / Tsuda, K. / Inoue, M. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Kobayashi, N. / Kigawa, T. / Taguchi, S. / Guntert, P. / Hayashizaki, Y. / Tanaka, A. / Muto, Y. / Yokoyama, S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Solution structure of the second RNA recognition motif (RRM) domain of murine T cell intracellular antigen-1 (TIA-1) and its RNA recognition mode
著者: Kuwasako, K. / Takahashi, M. / Tochio, N. / Abe, C. / Tsuda, K. / Inoue, M. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Kobayashi, N. / Kigawa, T. / Taguchi, S. / Tanaka, A. / Hayashizaki, Y. / Guntert, P. ...著者: Kuwasako, K. / Takahashi, M. / Tochio, N. / Abe, C. / Tsuda, K. / Inoue, M. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Kobayashi, N. / Kigawa, T. / Taguchi, S. / Tanaka, A. / Hayashizaki, Y. / Guntert, P. / Muto, Y. / Yokoyama, S.
履歴
登録2007年12月19日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tia1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4331
ポリマ－12,4331
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Tia1 protein


分子量: 12432.717 Da / 分子数: 1 / 断片: RRM domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: cell free protein synthesis / 遺伝子: Tia1 / 参照: UniProt: Q80ZW7, UniProt: P52912*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR / 詳細: T cell intracellular antigen-1 (TIA-1)
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-15N NOESY
1213D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細内容: 20mM [U-99% 2H] TRIS, 100mM sodium chloride, 1mM [U-98% 2H] DTT, 0.02% sodium azide, 1mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
20 mMTRIS[U-99% 2H]1
100 mMsodium chloride1
1 mMDTT[U-98% 2H]1
0.02 %sodium azide1
1 mMprotein[U-99% 13C; U-99% 15N]1
試料状態イオン強度: 100M / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称分類
OPAL構造決定
OPAL精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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